Мартин делится с Теллером последними числами, которые передал ему Джейк, что дает пожилому ученому надежду найти свою давно пропавшую пациентку. Между тем Клеа сообщают, что ее больная шизофренией мать была задержана в связи с кражей детского лекарства, а Бом, узнав, что у одного из его клиентов пропал малолетний сын, получает неожиданную подсказку к возможному местонахождению мальчика. В то же время двум случайно встретившимся друг с другом в аэропорту людям предстоит изменить собственное будущее, а также повлиять на жизни окружающих их людей.
Надеясь восполнить пробел в видеозаписи последнего визита Артура к Джейку, Бом и Клеа обнаруживают последнюю подсказку ученого – номер и ключ, которые приводят Мартина сначала в подпольное казино, а позже и к тайному партнеру Теллера, вместе с которым мужчина работал над теорией всей своей жизни. Тем временем городской житель пытается получить наследство отца-фермера, стараясь выполнить необычную просьбу покойного, а старания ведущей видео-блог девушки воссоединить два влюбленных сердца неожиданно находят мировую поддержку.
Для Мартина наступает решающий этап, по итогам которого решится судьба последующей опеки над Джейком. Однако последний вновь игнорирует просьбы отца и указывает тому на новое задание, цель которого, как оказывается впоследствии, объединить несколько разлученных людей, не дать астронавту погибнуть из-за неполадок связи, помочь разоблачить преступника, а также невольно поддержать стремление подпольного радиоведущего принести хоть какую-то пользу своим немногочисленным слушателям. Между тем карьера Клеи оказывается под угрозой, а попытка женщины докопаться до правды о комнате номер 6 оканчивается провалом.
Отправляясь с Джейком в парк, Мартин и не подозревает, что вскоре они вновь окажутся в самом центре очередной головоломки, кусочки которой мужчине предстоит сложить. Надеясь, что с помощью нового гаджета Джейк сможет разговаривать с ним при помощи цифр и букв, Бом узнает, что есть дети, которым начать общаться гораздо важней, чем его собственному ребенку. Между тем на другом конце земли уличный музыкант решается на отчаянный шаг ради любви, а Клеа знакомится со старым другом Теллера, которому известно о работе покойного и о его неудачном эксперименте.
Чтобы не дать государству официально забрать у него Джейка, Мартин решает наладить отношения с Эбигейл и попросить у нее помощи в восстановлении Клеа в должности. Между тем, благодаря новому числовому заданию сына, Бом оказывается в самой гуще криминальной переделки, а молодой израильский юноша решается на рискованный поступок ради совей палестинской возлюбленной. Клеа же обнаруживает, что работа Теллера продолжается, а новым подопытным корпорации, на которую тот когда-то работал, стал Джейк.
Узнав от Эбигейл о давнем интересе корпорации к Джейку, Мартин получает от нее повторное предложение о совместной борьбе против органов опеки. В то же время, узнав от Аврама о связи сына с первой пациенткой, «гибель» которой была подстроена корпорацией специально, чтобы скрыть ее от мира, Бом начинает поиски пропавшей. Тем временем на отдаленном океанском побережье мужчина собирает обломки вещей, выброшенных туда после недавно прошедшего цунами, но его действиям начинает мешать женщина с еще более туманными мотивами. В Японии же мальчик пытается побить мировой рекорд, а Клеа вынуждена выбрать сторону в борьбе за будущее Джейка.
Узнав, что Джейка перевозят в другую клинику, Мартин решает пойти на крайние меры, чтобы воссоединиться с сыном, и, благодаря нежданной помощи со стороны, у мужчины появляется такая возможность. Тем временем молодой звукооператор отправляется на поиски пострадавших от действий его отца музыкантов, чтобы дать им второй шанс донести свою музыку до слушателей. Рэндалл же находит новую цель – координаты некоего места, где мужчину ждет неожиданная, но долгожданная встреча.
Волею случая Мартин оказывается в своем родном городке, откуда он когда-то уехал покорять Нью-Йорк. Стараниями сына Бому приходится задержаться здесь подольше и навестить старых знакомых: женщину, с которой у него могло бы быть совместное будущее, и бывшего босса – редактора местной газеты, который оказывается замешан в темных делах, связанных с городской стекольной фабрикой. Тем временем у потерявшей дочь пары появляется возможность двигаться дальше, но смогут ли супруги закрыть дверь в прошлое ради будущего?
Встретившись с матерью Амелии, Люси, Мартин объединяется с ней, чтобы отыскать Амелию и узнать ответы на мучающие его вопросы. Следуя новым подсказкам Джейка, Бом со спутницей нападают на след связанного с корпорацией частного детектива. Между тем загадочный человек по имени Гильермо Ортиз начинает священную миссию по поиску и искоренению таких же одаренных людей, как он сам, в то время как Келвин Норбург, не желая продавать свои разработки корпорации, хранит тайну, которая все больше жаждет вырваться из-под его контроля.
Мартин замечает серьезные перемены в поведении и пристрастиях сына, в то время как последний все больше привязывается к Люси. Между тем Бом получает новую зацепку в лице вчерашнего незнакомца, единственный доступ к которому оказывается возможен только через его нового инвестора, чья попытка вывести активы из корпорации не встречает понимания у членов правления. Тем временем Ортиз продолжает исполнять свою миссию, а библиотекарю по имени Френсис приходится оставить привычную жизнь ради задания чрезвычайной важности.
Взяв псевдоним, Мартин заручается поддержкой Тревора и возвращается к старой профессии, которая дает возможность получить информацию об Амелии. Между тем Норбург рассказывает Бому о способе проникнуть внутрь корпорации. Однако для того, чтобы завладеть ключом высшего доступа, Мартину придется помочь разочарованной в организации сотруднице, оказавшейся по ложному обвинению в пакистанской тюрьме. Тем временем Люси с Джейком встречаются с планирующей суицид сестрой убитой женщины, а Френсис пытается найти общий язык с новой подопечной.
Получив карту доступа ко всем помещениям корпорации, Мартин отправляется добывать для Норбурга необходимые файлы. Несмотря на просьбу последнего об избегании бывшего друга, Бом решает изменить тактику и использовать их отношения для достижения цели. Люси собирает информацию об убитых гениях, а Аврам встречает Ортиза и сразу признает в нем убийцу. Джейка тем временем ждут первые школьные дни, в отношениях между Мартином и Люси происходит разлад, а Амелия подвергается серии экспериментов над собственным разумом.
Надеясь встретиться вживую, Джейк с Амелией находят способ связи, однако об их планах становится известно слишком большому количеству людей. Тем временем Мартин с Люси пытаются узнать причину, по которой Норбург выкрал девочку. Вскоре им удается обнаружить местоположение похищенной, но последующие обстоятельства толкают Люси на отчаянный поступок. Ортиз между тем пытается вымолить отпущение грехов, ставя перед молодым святым отцом непростую дилемму: сохранить тайну исповеди или сдать серийного убийцу властям?
Отчаяние толкает Люси на преступление, однако Норбург предлагает ей сделку, пытаясь использовать дружбу с Мартином для получения Джейка. Тем временем Бом, подозревая, что Люси могла обратится в полицию, решает сменить убежище. Узнав об истинных планах женщины, он пытается найти ее и остановить, не подозревая, что идея оставить сына на попечение друга окажется ошибочной. Ортиз, находясь в поисках знака от Бога, отправляется в национальный парк, где встречает еще одного заблудшего путника. Между тем Амелия срывает злость на Френсис.
На город надвигается шторм. Накануне Тревора с Мартином навещает старый товарищ из спецназа, которого Бом просит о помощи. Тем временем попытка Люси отправиться на самостоятельные поиски дочери проваливается. Стараниями Джейка и непогоды она возвращается к своим попутчикам и, как оказывается, не зря. Между тем добравшийся до нужного здания Ортиз решает воспользоваться погодными условиями, чтобы захватить и уничтожить свою главную цель — мальчика, способного общаться телепатически.
Случившееся не проходит даром для Мартина с Люси: их легенду раскрывают, в связи с чем Бом спешно задумывается о новом жилище. Однако вскоре беглецы натыкаются на старого знакомого, чья аппаратура позволяет каждой из сторон получить желаемое. Теперь, когда у Мартина оказываются координаты расположения Амелии, ему с Люси приходится придумать план, как попасть внутрь охраняемого здания, и, выбравшись оттуда с девочкой, оторваться от неминуемого преследования людей корпорации.
В то время как Амелия изо всех сил пытается бежать от преследователей, Мартин начинает поиски человека из записки сына. Впрочем, долго искать ему не приходится: бывшим пациентом клиники Теллера оказывается убийца трех человек, казнь которого назначена на сегодняшний день и широко освещается в прессе. Пытаясь спасти мужчину от гибели и выяснить причину его поступка, Бом встречается с дочерью старика и узнает о работе его жизни, ключ к которой способен помочь отыскать оставшихся в живых гениев.
Мысленно связавшись с Амелией, Джейк сообщает отцу не только цифры, но и произносит свои первые слова, желая, чтобы Мартин спас от рук Ортиза очередного саванта. Пока Тревор с Бомом ищут вероятную жертву, Джейк с вызвавшимся приглядывать за ним Аврамом находят Амелию и вместе оправляются на поиски важного груза, связанного с женщиной, на которую и охотится маньяк. Норбург тем временем получает заманчивое предложение вернуться к своим разработкам на более комфортных условиях, что вкупе с текущим состоянием брата заставляет мужчину отойти от первоначального плана.
Найдя убежище в доме друга, Мартин видит знак в том, что второе убийство расследует один и тот же детектив, и принимает решение раскрыть полиции правду об Амелии и творимых корпорацией бесчинствах. Тем временем, пока Бом и девочка беседуют с полицейским, Джейк отправляется на поиски страдающего бессонницей хирурга-гения, пропавшего несколько месяцев назад. Стараниями Фарингтон показания Мартина оборачиваются против него самого, Норбург демонстрирует Бому свои истинные намерения, а Аврам становится жертвой обстоятельств.
Узнав о похищении Аврама, Мартин пытается найти хоть какую-то зацепку к личностям похитителей, однако вместо этого становится свидетелем жуткого инцидента с уже знакомым Джейку доктором. Пообщавшись со случайно встреченной Нелл Плимптон, Бом с Тревором организуют проникновение в клинику сна с целью добыть компрометирующие сведения и закрыть отделение. Тем временем Фарингтон делится с Норбургом своими причинами ускорить процесс добывания информации из пациентов, Аврам пытается узнать причину его похищения, а очередное предсказание Амелии оказывается слишком запоздалым.
Придя в сознание, Мартин незамедлительно начинает поиски зацепок к похитителям сына и Амелии. Вскоре ему улыбается удача в виде информации на одного из киллеров корпорации. Тем временем детей перевозят в расположенную на корабле лабораторию, чтобы здесь, на борту, завершить опыты и добыть так необходимое Фарингтон число. Норбург оказывается перед непростым выбором между спасением жизни брата и плененных детей, в то время как последние, в надежде на помощь, пытаются устроить побег. Аврам раскрывает личность похитителя, а также узнает о своем предназначении и будущем близких ему людей.