В премьерном эпизоде, когда заключенный, попросивший убежища, сообщает правительству США, что морской контейнер с ячейкой террористов отплыл на американскую землю, Фрэнки отправляется на поиски правды. Вернувшись в "хранилище" в Форт-Миде, команда Килмера приступает к выполнению задания, но после того, как оно срывается и Фрэнки пускается в бега в Джакарте, Килмер разрывается между заботой о своей бывшей жене и протоколом, который он поклялся соблюдать.
Конечные последствия домашнего наркомании становятся гораздо более очевидными, когда Килмер и команда обнаруживают ветерана Вьетнама и агента DEA, которые торгуют и употребляют кристаллический мет из небольшой местной лаборатории.
Война микробов становится личной, когда Килмер рискует подвергнуться воздействию чрезвычайно смертоносного газа, чтобы остановить широкомасштабную катастрофу. Шон Хэннити приглашен на роль самого себя. Главная героиня, сыгранная британской актрисой Мариной Сиртис, возможно, основана на реальном "докторе Микробе" Рихабе Таха, руководителе программы Саддама Хусейна по созданию биооружия.
Когда трио молодых отступников отправляется в Лас-Вегас, неся с собой заразный и смертельный вирус, команда Килмера рискует заразиться вспышкой, чтобы не дать им добраться до места назначения.
Килмер и его команда ищут террориста, совершившего взрыв в нескольких крупных университетах. Но когда друг всей жизни Мо, Амир, становится подозреваемым, а его карьера оказывается под угрозой, Мо вынужден усомниться в правильности собственного выбора, а также в жизнеспособности Патриотического акта.
Команда должна работать вместе в Африке и на территории США, чтобы предотвратить падение авиалайнера со смертельно опасными ядерными отходами на Восточное побережье США.
Пытаясь предотвратить покушение на крупного политического деятеля, Фрэнки допрашивает единственного человека, который знает личность потенциального подозреваемого. Когда ее задержанный умирает в заключении, Килмеру предстоит найти потенциального убийцу, чтобы очистить имя Фрэнки.
Когда обезумевший снайпер совершает серию убийств в Сан-Диего, команда "Матрицы угроз" совместно с ФБР пытается остановить удивительно молодого и проблемного стрелка.
Аткинс воссоединяется с русским агентом и американским двойным агентом из своего прошлого, когда команда пытается предотвратить попадание отравленных денег в широкое обращение.
Мо играет роль двойного агента, чтобы задержать торговца стрелковым оружием, который переправляет ракеты на территорию США. Между тем, доверие Аткинса предано сенатором, который ведет дела в год выборов.
Захват банка в Мексике заставляет команду и посла Мексики работать вместе, когда тайные союзы создают смертельно опасную ситуацию, которая ставит жизнь Фрэнки под реальную угрозу.
Один из команды "Матрицы угрозы" погибает при попытке предотвратить похищение дочери премьер-министра Северной Кореи.
Килмер и команда пытаются остановить террориста и его маленькую дочь до того, как они покинут страну, и обезвредить потенциально смертоносную бомбу до того, как будет нанесен непоправимый ущерб.
Чтобы предотвратить смертоносный радиоактивный взрыв, команде "Матрицы угрозы" приходится работать с неуверенным подозреваемым, чтобы идентифицировать террористов, у которых после пластической операции теперь новые лица. Это был последний эпизод, показанный ABC перед отменой сериала.
Команда проникает на химический завод, который, как они подозревают, является целью террористической атаки. Происходит перестрелка, а затем команда Национальной безопасности предстает перед судом. Фрэнки с помощью других агентов переступает черту и проводит собственное расследование.
Килмер отправляется в Камбоджу и находит следы своего отца, который пропал без вести во время войны во Вьетнаме. Килмер разыскивает друга своего отца и узнает, что его отец мертв.
Собака из Конго, зараженная вирусом Эбола, попадает в Техас, и элитные силы должны предотвратить распространение инфекции.