Спустя девять месяцев и несколько неудачных пересадок сердца папа Пий XIII по-прежнему пребывает в коме, в то время как образовавшийся вокруг него культ последователей почитает Ленни как святого. Чтобы пресечь идолопоклонство, кардинал Войелло по совету Бауэра, посла Святого Престола, решает избрать нового папу. Понимая, что конклав никогда не выберет его на этот пост, Войелло с верными ему кардиналами саботирует голосование, чтобы должность не досталась его оппоненту Эрнандесу. Выбор падает на скромного кардинала Томмасо Вильетти, преданного поклонника Франциска Ассизского, в надежде контролировать его через представителя. Взяв имя Франциска II, Вильетти быстро входит во вкус власти и принимает ряд радикальных реформ, направленных на благотворительность. Он предоставляет беженцам убежище в Ватикане, берёт полный контроль над ватиканскими архивами и финансами с целью поделиться ими с общественностью, а также заставляет коллегию кардиналов сдать свои ценности. Эти реформы и намерение Вильетти лишить кардинальского сана Войелло заставляют последнего вступить в сговор с Эрнандесом, чтобы найти папе замену в лице умеренного во взглядах сэра Джона Брэннокса, который занял третье место в голосовании. У Франциска II случается сердечный приступ с летальным исходом, не без участия Бауэра. Тем временем папа Пий XIII после многих месяцев подаёт слабые признаки жизни.
Делегация кардиналов в лице Войелло, Ассенте, Гутьерреса и Агирре, а также Софии отправляется в Англию, чтобы встретиться с Джоном Брэнноксом и убедить его занять должность папы до начала конклава. Представитель британской аристократии и почитатель Джона Генри Ньюмена, Брэннокс известен в церковных рядах обращением англикан в католицизм и написанием теологического труда «Золотая середина». Кардиналы считают, что такая центристская философия поможет восстановить порядок в Ватикане после смерти Франциска II и ситуации с Пием XIII. По прибытии в поместье Брэннокса ночью перед сном каждый из них, включая хозяина, чувствует присутствие Пия XIII. В это время в Ватикане муж Софии Томас проводит встречу с министром экономики и финансов Италии Гвиччардини и кардиналом Спаллетта, который сообщает, что он сможет манипулировать Брэнноксом, поскольку знает его единственную тайну. На следующее утро Брэннокс представляет Войелло своих пожилых родителей, проживающих в отдельном крыле замка, чтобы не видеть Джона, так как считают его виновным в смерти брата-близнеца Адама, которого они ежедневно оплакивают. Эксцентричность и откровенность Брэннокса застают делегацию врасплох, однако вечерняя трапеза, на которой кардинал подробно излагает свою философию, укрепляет их решение в выборе. Сэр Джон объявляет, что примет своё решение к утру. В Ватикане по телевизору транслируется антихристианское сообщение из неизвестного исламского халифата, после чего прерывается вещание.
Джон Брэннокс обсуждает возможность стать папой с Софией и Гутьерресом. После этого он говорит со своими родителями, замечая иронию в том, что их обожаемый и давно погибший сын Адам не смог стать заметной духовной фигурой, тогда как ему, нелюбимому ребёнку, предлагают высшую позицию в Церкви. Джон в ярости из-за их пренебрежения к нему и считает, что именно поэтому заслуживает быть папой. И всё же, наутро Брэннокс сперва отклоняет предложение, однако Войелло быстро удаётся его окончательно переубедить. Делегация возвращается в Рим, где Брэннокс становится папой Иоанном Павлом III и проводит свою первую проповедь. Тем временем находящаяся в тяжёлом материальном положении Эстер знакомится со вдовцом Фабиано, с которым вступает в любовные отношения. Фабиано сообщает, что знает, где достать деньги — его богатая знакомая предлагает вознаграждение за ночь с её сыном Аттаназио, страдающим гирсутизмом. Эстер сперва возмущается, но отправляется на встречу, с которой в итоге сбегает. Аббатиса монастыря и сестра Лизетт просят у дона Кавалло денег, чтобы Лизетт смогла совершить со своей смертельно больной матерью паломничество в Лурд, но тот игнорирует их. Папа доносит до кардиналов свою речь о том, что нежность предпочтительнее страсти, и Церкви следует научиться правильно любить. Войелло обнаруживает в домике садовника молодого беженца Файсала, но не трогает его. Файсал позднее встречается в монастыре с сестрой Катериной.
Папа Иоанн Павел III проводит встречу с Мэрилином Мэнсоном, который предлагает тому навестить папу Пия XIII в Венеции. Кардинал Спаллетта дарит папе новый Bentley, намекая, что хочет повышения. Дон Кавалло сообщает Войелло, что монахини заняли Сикстинскую капеллу и объявили забастовку, требуя уважения к своим правам от других церковников. Войелло принимает у себя аббатису и сестру Лизетт, возглавляющую протест, и советует не становиться его врагами, после чего монахини просят об аудиенции с папой. Иоанн Павел навещает Пия в Венеции; когда он покидает больницу, лидер почитателей молодого папы останавливает его, чтобы что-то прошептать на ухо. По возвращении в Ватикан папа Иоанн Павел III оставляет за Войелло и Софией их должности, назначает Гутьерреса своим советником, а Спаллетта — личным секретарём по творческим вопросам. Спаллетта советует папе не становится врагом Войелло, несмотря на его предполагаемое участие в убийстве папы Франциска II. Гутьеррес встречается с Фредди и вступает с ним в связь, о чём позднее признаётся папе. Правительство Италии сообщает Ватикану, что намерено перестать поддерживать Церковь средствами налогоплательщиков. Спаллетта уверяет папу, что сможет убедить министров отложить эту меру. Эстер возвращается к Аттаназио и проводит с ним ночь.
Иоанну Павлу III наносит визит другой его кумир — Шэрон Стоун, в ходе беседы с которой поднимается вопрос легализации однополых браков среди католиков. Сам понтифик между делом всё больше сближается с Софией. До Ватикана доходят новости о террористическом акте в Лурде. Файсал и сестра Катерина занимаются любовью, после чего девушка выясняет, что она беременна. Войелло и Бауэр обсуждают, как быть с союзом Спаллетта и Альтбрука. Иоанн Павел III отправляется в Лурд почтить память погибших, чем приводит в восторг верующих и прессу. Тем временем в Венеции репортёры начинают транслировать по радио дыхание Пия XIII. Эстер платит Фабиано его долю за посредничество, расстаётся с ним и вместе с сыном покидает церковный приход, служивший ей пристанищем.
София знакомится с Леопольдом Эссенсом, помощником Бауэра, который загадочно говорит, что следуя путём любви, она придёт к неудаче. Эстер возвращается к Аттаназио и заключает сделку с его матерью — за деньги оказывать любовные услуги и другим нуждающимся юношам. Софии становится известно, что её муж вместе со Спаллетта и Гвиччардини устраивает оргии с несовершеннолетней школьницей, о чём она рассказывает Войелло, а тот в свою очередь доносит новость до папы. Позднее Спаллетта объясняет Иоанну Павлу, что таким образом пытался задобрить министра, а также советует назначить нового государственного секретаря. Папе ничего не остаётся, как предложить Войелло подать в отставку. Перед уходом Войелло встречается с монахинями и исполняет их требования. Новым госсекретарём становится кардинал Ассенте. Спустя некоторое время мать Аттаназио сообщает Эстер, что её услуги больше не нужны, и тогда Эстер в гневе убивает её, после чего отправляется в Венецию просить прощения у Пия XIII. Иоанн Павел III проводит телевизионное интервью с Эмори Китсвортом, которое он вынужден покинуть, не дождавшись конца из-за наркотической ломки.
Папа Пий XIII выходит из комы, что скрывается от всех, включая Иоанна Павла III. Ленни остается в доме доктора Линдегарда в Венеции и молится за его физически неполноценного сына. Тем временем в Ватикане происходит теракт, в котором погибает собака папы Иоанна Павла III. София обращается за советом к Войелло, как помочь папе Иоанну справиться с депрессией. Папа Иоанн Павел III исповедуется Гутьерресу в том, что после смерти брата-близнеца он издал его работу под своим именем.
Бауэр встречается с Войелло и сообщает ему, что Пий XIII очнулся. Ассенте велит Гутьерресу не возобновлять отношения с Пием XIII. По наставлению Войелло сёстры и Кавалло собирают компромат на Ассенте, после чего он вынужден снять с себя полномочия государственного секретаря и отправиться служить в Кабул, куда ранее был отправлен Эрнандес. Войелло снова становится государственным секретарем. Пий XIII тайно возвращается в Рим и встречается с Гутьерресом. Джироламо внезапно умирает и Войелло организует похороны, на которых мессу читает сам папа Иоанн Павел III. Папа Иоанн Павел III уединяется в шале в Альпах, куда к нему приезжает София. Там он рассказывает, как погиб его брат.
София уходит с поста маркетолога Святого Престола, потому что влюбилась в сэра Джона. В начальной школе в Вентотене террористы берут в заложники шестерых детей и священника. Ленни в одеянии священника встречается с папой Иоанном Павлом III и предлагает вести жёсткую политику с преступниками. Он убеждает Иоанна Павла III, действующего папу, перейти в публичной речи от смирения к угрозам. В ответ на жесткое заявление Папы, взятого в заложники священника убивают выстрелом в голову. После случившегося Иоанн Павел III отрекается от папского престола и возвращается домой. Пий XIII в сане Папы Римского лично приезжает в школу с заложниками. Террористами оказываются его идолопоклонники, одна из которых — Эстер. На площади Святого Петра Пий XIII произносит речь, а затем спускается к толпе, чтобы обнять всех и каждого. Толпа поднимает его на руки. Во время этого шествия Пий XIII внезапно умирает. Родители сэра Джона примиряются с ним. Бауэр уезжает в Корею и решает жениться. Доктор Линдегард с женой ждут ребенка. Сестра Катерина рожает ребенка, покидает монастырь и воссоединяется с освобожденным из тюрьмы Файсалом. София приезжает к сэру Джону в его дом в Англии. Войелло при поддержке кардиналов становится новым папой. Сын попавшей в тюрьму Эстер, малыш Пий, воспитывается в Ватикане под присмотром Войелло. Гутьеррес наконец обрел внутреннюю гармонию.