1327 год. В уединенное бенедиктинское аббатство для участия в теологической дискуссии между представителями императора Людовика Баварского и папы Иоанна XXII направляется в сопровождении молодого послушника Адсона влиятельный монах-францисканец Вильгельм Баскервильский. В ночь перед их прибытием в этом отгороженном от мира монастыре загадочная смерть настигает одного из лучших иллюстраторов книг – брата Адельма. По просьбе аббата Вильгельм Баскервильский, в прошлом инквизитор, ведет расследование. Но следующий день приносит еще одно страшное известие – найдено окровавленное тело монаха Венанция…
Мотив убийцы, повергшего в скорбь бенедиктинское аббатство, остается загадочным. Вильгельм устанавливает, что последняя смерть произошла вследствие отравления ядом, похищенным из коллекции брата-травника. А следы обоих преступлений ведут в известную всему христианскому миру библиотеку монастыря, куда доступ имеют единицы. Несмотря на запрет аббата, францисканец с послушником проникают в ее лабиринт. Тем временем послание Папы Иоанна XXII возвещает о прибытии в обитель для участия в дискуссии инквизитора ордена доминиканцев Бернардо Гуи.
Жизнь и смерть идут рядом и за стенами обители. Адсон влюбляется в девушку, бежавшую от войны в Окситании и живущую в ближайшем лесу. По дороге в аббатство на жизнь папского посланника Бернардо покушается выжившая дочь еретиков Анна. У аббата с Вильгельмом неотложные задачи: на должном уровне провести диспут и найти убийцу. Ведь если что-то станет известно о местных злодеяниях, делегаты Святого престола будут опасаться заговора. Францисканец догадывается, что истоки последних событий следует искать в какой-либо темной истории, связанной с еретическим прошлым одного из монахов. Расшифровывая записи Венанция, Вильгельм понимает, что близок к раскрытию преступлений. И тут исчезает брат Беренгар. Его тело обнаруживают в купальне…
Папу римского предостерегли об угрозе возвращения еретической заразы в местность, окружающую аббатство. Выясняется конфликт между еретиками и знатью. Настоятель опасается, что Бернардо заподозрит в предательстве обитель, где продолжают происходить загадочные несчастья. Вильгельм с Адсоном тайно проникают в библиотеку, чтобы отыскать редкую книгу, хранящую разгадку преступлений. Прибывают участники диспута: посланники папы, а за ними и францисканцы. Напряженность в монастыре нарастает с приездом инквизитора Бернардо Гуи в окружении воинов…
Девушке из леса в один день выпадает спасти раненную Анну, вступить в любовную близость с Адсоном и попасть в ловушку сладострастника Сальваторе. Открывается преданность брата Малахии Папе Римскому и его посланнику Бернардо. Начавшийся мирно теологической диспут о бедности церкви и плате за отпущение грехов перерастает в потасовку между его участниками. Вильгельм узнает нерадостную новость: в аббатстве есть два последователя еретика Дольчино – келарь Ремиджо и Сальваторе. Если о них узнает Бернардо, он использует это, чтобы обвинить францисканцев в ереси. Тем временем инквизитор выставляет часовых у входа в башню, подвергает брата Ремиджо жестокому допросу и обращает пристальное внимание на Адсона…
Анна проникает в монастырь с тем, чтобы забрать у брата Ремиджо письма отца и покарать свирепого инквизитора Бернардо Гуи. Дискуссия, прерванная после перебранки, возобновляется в верном духе, но ненадолго. Найдено окровавленное тело брата Северина, незадолго до этого сообщившего Вильгельму о подозрительной находке – странной чужой книге в его лаборатории. На месте убийства задержан Ремиджо. Вильгельм разыскивает таинственную книгу, а Бернардо допрашивает обвиняемого. Неудачей оборачивается попытка Адсона и Анны освободить попавшую в ловушку девушку из леса…
В руки Бернардо попадают Сальваторе, девушка из леса и тайные письма Ремиджо. Инквизитор применяет к монахам испытанный метод. Не выдержав пытки, Ремиджо сознается в том, что он еретик и главный преступник аббатства. Теперь обитель может жить в покое. Но на общей молитве, испытывая нестерпимые боли, замертво падает брат Малахия…
Инквизитор Бернардо Гуи, несмотря на очередное злодеяние в аббатстве, не намерен продолжать расследование. Ему остается только сжечь ведьму и увезти на суд в Авиньон Ремиджо и Сальваторе. Ценой своей жизни Анна спасает от костра инквизиции девушку из леса. А Вильгельм Баскервильский раскрывает цепь преступлений: всё вертится вокруг кражи и жажды обладания запретной книгой из тайной комнаты в башне. В конфликт вовлечены настоятель и его сообщник. Аббат гибнет в ловушке на потайной лестнице. Францисканец с послушником устремляются в библиотеку и обнаруживают все, что так долго искали. И в этот момент пожар охватывает башню: пылает библиотека, гибнут монахи. Вильгельм и Адсон покидают аббатство…