1492 год, Рим. Смерть Папы Римского знаменует собой начало борьбы за власть, и вице-канцлер Родриго Борджиа использует все свое влияние, деньги и связи, чтобы занять место почившего слуги господа. Несмотря на испанское происхождение, он добивается своего, и в первый же день своего правления в новой должности назначает новым вице-канцлером кардинала Сфорца, вызвав гнев других священнослужителей, которым была обещана эта должность. Благодаря прозорливости старшего сына Борджиа Чезаре, новому Папе удается избежать мести одного из оскорбленных священнослужителей, а сам Чезаре получает в услужение профессионального убийцу по имени Микелетто.
Подозревая кардиналов в будущих кознях против Папы, Чезаре дает своему помощнику задание стать доверенным лицом одного из них, кардинала делла Ровере. Благодаря приобретенному лазутчику, вскоре Чезаре становится известно о готовящемся свержении Папы на основании закона о запрете на прелюбодеяние, о котором начали подозревать в связи с появлением в стенах собора Джулии Фарнезе. Пока Чезаре дает указания новому помощнику предотвратить возможную трагедию, Папа использует церковные законы для укрепления своих позиций.
Придумав новый план по свержению Папы, делла Ровере отправляется в Неаполь, где просит у короля покровительства и поддержки своей задумки. Зная, что кардинал не отступится, Чезаре отправляет вслед за ним своего помощника, и, хотя у того не получается исполнить приказ, появление убийцы в королевстве подрывает благосклонность двора к священнослужителю. Тем временем по соглашению Папы и султана Константинополя в Рим переезжает принц Джем, а Лукрецию Борджиа готовят к замужеству, однако вопрос о приданном меняет планы Папы в отношении турецкого гостя.
Потеряв друга, Лукреция лишается покоя, однако вскоре ее ждет еще одно потрясение, связанное с предстоящей свадьбой. Тем временем делла Ровере встречается с Пьеро де Медичи для заключения сделки о свержении главы духовенства, Ванноцци навещает старый знакомый, а Чезаре пытается обойти несправедливое решение отца. На свадебном балу Чезаре ждет знакомство с прекрасной дамой, а первая брачная ночь Лукреции показывает ей ненависть и жестокость супруга по отношению ко всему роду Борджиа.
Папа, тревожась за благополучие дочери и будучи не уверен в лояльности семьи Сфорца, намекает вице-канцлеру о возможных последствиях в случае неоказания поддержки папскому престолу и плохого обращения с Лукрецией. Чтобы узнать о планах ближайших соседей и предложить им сделки, Папа отправляет одного из сыновей во Флоренцию к банкиру Медичи, а вице-канцлера – в Милан, к герцогу Людовико Сфорца, которому уже нанес визит делла Ровере. Исповедь недавней знакомой заставляет Чезаре искать с ней встречи, а тем временем Лукреция находит способ остановить жестокость мужа.
В благодарность за заботу раненый Джованни поручает супруге ухаживать за своим конем, и это еще сильней сближает ее с Паоло. В ответ на предложение короля Неаполя о союзе его дочери Сансии с сыном семьи Борджиа, Папа соглашается женить на ней Джоффре, а Хуан отправляется убедиться в полезности этого брака. Вскоре делла Ровере склоняет короля Франции к началу войны, Джоффре сочетается браком с Сансией, а узнавшая о злодеянии своего любовника Урсула решает полностью изменить свою жизнь.
Пытаясь вернуть Урсулу, Чезаре обнаруживает, что та приняла монашеский постриг, однако личные проблемы меркнут перед вестью о намечающемся вторжении в Рим короля Франции. Узнав об отказе некоторых подданных рисковать своими армиями в грядущем противостоянии, Папа просит Джулию Фарнезе лично посетить Лукрецию и узнать о планах Джованни. Тем временем французские войска полностью разоряют город Лука, чем вынуждают Медичи выполнить все условия короля ради спасения Флоренции. Узнав о намерениях семейства Сфорца по отношению к судьбе Рима и раскрыв причину недомогания Лукреции, Джулия решается на рискованную аферу, а тем временем король Неаполя умирает.
Попытка Джулии вернуть Лукрецию к отцу проваливается, когда женщин настигает отряд французских солдат, однако король обещает пленницам доставить их до Рима и продемонстрировать мощь своей армии, вынуждая Лукрецию применить все свое очарование, чтобы завоевать расположение короля и попытаться спасти семью. Тем временем Хуан разрабатывает план атаки, который позволит им одержать верх над французами, но дальнейшие события складываются не в пользу римской армии. Оставленный всем своим окружением, Папа решает поступить, как подсказывает Бог, для чего меняет облачение.
Выбор Папы и умелые действия его дочери делают свое дело, и король находит общие интересы с правителем духовенства. Узнав о секрете Лукреции, Чезаре отправляет ее к сестре Марте и вместе с отцом вынуждает Джованни подтвердить причину, по которой брак с его сестрой оказывается недействителен. Между тем Папа находит способ наказать предавшее его окружение, а также предупреждает отправляющегося с королем сына об опасности, таящейся в стенах Неаполя. Вскоре секрет Лукреции становится поводом для радости всей ее семьи, а у короля появляется причина для волнений.
Чезаре находит ставшего простым священником делла Ровере и дает ему еще один шанс принять верное решение. Во время охоты Папа обнаруживает неподалеку от города живописные руины, что наталкивает его на неожиданный поступок, а Джулия Фарнезе изобретает оригинальный способ нейтрализовать возможную соперницу. Противостояние Хуана и Чезаре становится все ожесточеннее и изобретательнее, а в это же время королю Франции раскрывается секрет подвалов предыдущего правителя Неаполя.
Желая лично убедиться в происходящем на улицах Рима, Папа при поддержке Джулии и Виттории отправляется в бедные районы города, после чего решает заняться двумя, на его взгляд, насущными проблемами. В надежде увидеть ребенка, Паоло отправляется в Рим, где ему удается встретиться с любимой. Не в силах отказать Лукреции, Чезаре помогает ей с новой встречей, однако не желающий мириться с позором сестры Хуан избавляется от причины своего недовольства.
Обнаружив тело возлюбленного, Лукреция понимает, кто стоит за этим злодеянием. Отказавшись кормить ребенка, она вынуждает отца похоронить Паоло вопреки христианским канонам, а также дает ему знать о своих подозрениях. Зная о безнаказанности брата, девушка решает отомстить ему самостоятельно, а Папа делает все, чтобы погасить разгорающийся конфликт. Тем временем делла Ровере пытается найти новых союзников, а король Франции решает осадить Рим, но, благодаря совместной идее Чезаре и нового подмастерье, битвы удается избежать.
Не успевает улечься радость от победы у стен города, как Микелетто сообщает хозяину о трагическом происшествии, случившемся в монастыре. Снедаемый жаждой мести Чезаре собирает отряд наемников и находит виновников произошедшего, информация от которых заставляет Папу с сыном и кардиналом Сфорца отправиться в незамедлительное путешествие. Оставшись заместителем Папы в Ватикане, Лукреция начинает собственную компанию по восстановлению облика Рима, а тем временем действия ее брата помогают Папе победить в еще одной битве.
По приказу отца Чезаре прибывает с посланием к Катерине Сфорца, однако та пытается использовать сложившуюся ситуацию в свою пользу, вызвав в качестве подкрепления Джованни. Прорабатывая новый план по убийству Папы, делла Ровере находит добровольца для его исполнения, а Папа тем временем решает, как устранить Савонаролу. Лукреция, Ванноцци и Джулия Фарнезе навещают публичные дома и заключают тайную сделку, а между тем Ватикан ждет внезапное происшествие.
Власть Савонаролы над народом Флоренции становится все сильней, а отказ от предложения вице-канцлера заставляет Папу разработать более действенный план. Чезаре приносит Папе вести из Форли, что вынуждает того вновь задуматься о замужестве Лукреции ради блага семьи и церкви, однако отказ девушки вновь проходить через последствия выгодного брака приводит священнослужителя к Ванноцци. Чтобы показать отцу свои силы, Чезаре совершает рискованный поступок без его ведома, однако это не приводит к нужному результату, а тем временем тренировка добровольца делла Ровере приносит первые плоды.
Двор отмечает приезд Хуана, который привозит невиданные дары и рассказывает об изменениях, произошедших в его жизни. Недолго думая, Папа отправляет вновь прибывшего сына на осаду Форли, где тот использует для достижения цели нечестный прием. Выполняющий свою миссию во Флоренции Чезаре узнает о приближающемся подкреплении для армии Сфорца, когда во дворце Лукреция озвучивает отцу свои пожелания насчет будущего замужества, а делла Ровере практически завершает подготовку своего плана.
Новый день приносит Папе две новости — о смерти короля Франции и о поражении Хуана, по словам которого его армию взяли врасплох. Исказив правду о том, что на самом деле случилось на поле боя, Хуан не знает, что Чезаре предоставляют доказательство его лжи. Церковный доктор предлагает Хуану новое лекарство, способное облегчить его страдания, а Ванноцци помогает дочери сделать выбор суженого, который устроит как ее, так и всех остальных. Между тем Антонелло совершает первые шаги в своей борьбе против Борджиа.
После внезапного отказа жениха Лукреции от своего предложения, Папе сообщают о гибели его личного дегустатора, что вынуждает его отложить заботы о браке и выбрать себе нового слугу. Между тем посланный во Флоренцию Чезаре использует религию, с помощью которой Савонарола управлял народом, против него самого, а Антонелло делает попытку исполнить свое предназначение. Волнующийся за судьбу своего внука Папа решает его окрестить, что вызывает приступ ярости у Хуана, чьи действия окончательно настраивают против него брата с сестрой и приводят к трагической развязке.
Чтобы вытянуть из Савонаролы признание, Микелетто прибегает к различным пыткам, однако вскоре Чезаре придумывает свой способ добиться желаемого. Лукреция знакомится с новым претендентом на ее руку, которому решает ответить согласием, однако радостное событие сменяется трагедией для ее отца, когда встревоженный долгим отсутствием Хуана Папа обнаруживает его тело среди утопленников и бродяг. Убитый горем Папа отказывается хоронить сына, не найдя перед этим его убийцу, что толкает Чезаре на рискованный поступок, а последующий разговор отца с сыном становится роковым.
Пытаясь найти виновного в случившейся трагедии, Чезаре отдает приказ закрыть ворота города и, вычислив отравителя, бросается в монастырь по его следам. Между тем кардиналы во главе с вернувшимся в Ватикан делла Ровере начинают бороться за папский престол, когда Папа неожиданно приходит в себя. Полагая, что все налаживается, Микелетто случайно узнает о готовящемся покушении на семью его хозяина, Асканио рассказывает Чезаре о наемнике по имени Руфио, а Катерина Сфорца тем временем разрабатывает новый план по уничтожению Борджиа.
Разгневанный предательством кардиналов Папа принимает решение обезопасить себя от их дальнейших посягательств на папское кресло, а Руфио тем временем собирает представителей сильнейших итальянских семей с целью объединить их против Борджиа, о чем прознает Чезаре. Поручив вице-канцлеру найти виновных среди других кардиналов, Папа вскоре добивается желаемого, а Джулия Фарнезе получает откупную за расставание с любовником. Обескураженные своим смещением, кардиналы тем не менее вынуждены подчиниться приказу высшего духовенства, однако реакция одного из них заставляет Папу сойти с праведного пути.
Во время изгнания кардиналов одному из них удается крепко насолить Папе, устроив пожар в казначействе Ватикана. Между тем Чезаре наносит визит королю Фердинанду II для урегулирования проблемы с ребенком Лукреции, Руфио укрепляет позиции Катерины Сфорца, а Папа раздумывает о новом союзе, который укрепит его позиции. Узнав о проблеме короля Франции, Папа решает использовать свою власть для ее устранения в обмен на выгодную ему сделку. Наступает день бракосочетания Лукреции и Альфонсо, который оказывается непростым как для молодоженов, так и для остальных членов семьи Борджиа.
Брат Джулии Фарнезе, едва получив должность кардинала, становится новым заведующим казначейства, однако чтобы разобраться во всех бумагах, ему приходится прибегнуть к помощи сестры. Посланник из Венеции приносит тревожные новости о нападениях с турецкой стороны, чем Папа решает воспользоваться для собственной выгоды, и, чтобы быть уверенным в верности новых кардиналов, дает разрешение на проведение тайной аферы. Между тем король Фердинанд II ставит под сомнение консуммацию брака Лукреции и своего племянника.
У Папы возникает проблема, когда оказывается, что его новая любовница, замужняя дама, уже давно лишилась рассудка. Прибыв во Францию и заручившись поддержкой местного архиепископа, Чезаре склоняет короля к принятию своих условий и получает от него не только армию и титул, но и супругу. Между тем, потеряв надежду добиться от короля Фердинанда II признания для своего сына, Лукреция решается на коварство, однако Миколетто находит другой способ исполнить намерение госпожи.
Задумавшись о праздновании юбилейного года от Рождества Христова, Папа дает кардиналам задание разработать план торжеств с привлечением капитала в церковную казну, как вдруг приходит весть о приближении французских войск. Чтобы договориться с Ватиканом о свободной торговле в стенах Рима, еврейская община предлагает Папе сделку, которую пытаются опротестовать некоторые кардиналы. Тем временем Катерина Сфорца отправляет в Ватикан мирный договор, а Чезаре находит способ переманить часть неприятелей на свою сторону.
После смерти Фердинанда II Альфонсо оказывается третьим в очереди на трон короля Неаполя после своих кузенов Рафаэля и Фредериго. Выяснив, кто из претендентов готов оставить ее ребенка при дворе, Лукреция использует ситуацию, чтобы помочь ему стать правящим монархом. Узнав о побеге Людовико Сфорца, Чезаре получает разрешение Папы на преследование беглеца, параллельно спасая Рим от послания Катерины Сфорца. В то же время Миколетто предается страсти с выходцем из Милана по имени Паскаль, а тот оказывается не так прост, как кажется.
Наступает юбилейный год, и новоприобретенная реликвия вкупе с возможностью получить прощение Папы привлекает в Ватикан множество паломников. Оплакивающая потерю Катерина Сфорца разрабатывает план, как насолить врагу, а тем временем Маттай предлагает Папе способ уничтожить турецкую армию в обмен на отмену налога на торговлю. Благодаря прозорливости Миколетто, Чезаре становится известно о намерениях нового короля Неаполя, а также о роли, которую должна будет сыграть его сестра в грядущем противостоянии.
Узнав о своей участи, Лукреция прибегает к помощи знахарки для осуществления плана побега, а тем временем Миколетто, не в силах вынести содеянное, покидает Чезаре, оставив ему прощальное послание. Направляясь в Милан за сестрой, Чезаре встречает ее карету на полпути к городу, и их бурная встреча зарождает подозрения у Альфонсо, которые усугубляются с приездом в Рим. Между тем Папа и Маттай втайне начинают бизнес по скупке серы, заставив Чезаре и Катерину Сфорца подозревать в этом друг друга.
Чезаре объединяется с отцом для решающего удара по укреплениям Катерины Сфорца, а также узнает о планах Папы на его будущее. Не в силах дать бой, Катерина решает держать осаду, однако Чезаре удается ее перехитрить и начать наступление гораздо раньше, чем планировалось. Вскоре он получает еще один подарок от Миколетто, благодаря которому решается исход сразу нескольких битв, а тем временем Лукреция начинает всерьез опасаться за жизнь супруга и свою дальнейшую судьбу.