В ходе серии формируется новая оперативная группа 20-го отдела военной разведки.
Сержант SAS Томас Макаллистер (Уоррен Браун (англ.)русск.) — единственный выживший при неудачной эксфильтрации на сирийско-иорданской границе международного террориста Омара Идризи (Дон Хани (англ.)русск.). По возвращении на базу он избивает офицера и его ждёт военный трибунал. Руководитель 20-го отдела полковник Адина Донован (Нина Сосанья) как альтернативу суду предлагает ему стать сотрудником отдела.
Первым заданием Макаллистера становится сержант JSOC Самуэль Уайетт (Даниэль Макферсон[en]), которого нужно освободить из ливийской военной тюрьмы.
В ходе дальнейших событий к группе присоединяются младший капрал SOCOMD (англ.)русск. Грейси Новин (Алин Сумарвата (англ.)русск.) и капитан SRR (англ.)русск. Натали Робертс (Роксанна Макки).
События продолжаются в Ливии, где группа выслеживает сбежавшего в начале первой серии Омара Идризи, его британскую жену и верную сообщницу Джейн Лоури (Кэтрин Келли) и работающего на них торговца оружием Айвза (Тревор Ив). В конце серии Омар Идризи вероятнее всего уничтожен, но его жене удаётся скрыться. Следы её обнаруживаются в Будапеште.
Группа направляется в Будапешт для поимки Джейн Лоури. Для выполнения задания Макаллистер и Уайетт проникают в группу венгерских правых экстремистов «Мадьяр Ультра» (Magyar Ultra). Неоднократно всплывает имя загадочного мужчины по имени или кличке Зарин (Дэниел Серкейра). Его преследованием завершается эпизод.
События продолжаются развиваться в Венгрии. Удаётся выяснить, что Зарин — это бежавший из России специалист по химическому оружию Карим Марков. Он изобрёл особо мощное необнаружимое нервно-паралитическое вещество «Новичок» и потому интересен сразу нескольким террористическим группам. К концу серии группе 20-го отдела удаётся схватить Маркова, но по требованию начальства его передают венгерским властям. На военный конвой с Марковым нападают боевики Джейн Лоури и тот вновь оказывается на свободе.
Через флешбэк раскрывается предыдущая карьера Карима Маркова. Работая в военной биолаборатории под Владивостоком, тот в 1998 был поставлен перед перспективой увольнения. Как месть начальству и коллегам Марков уничтожает всех в лаборатории изобретённым им «Новичком» и бежит за границу. Сюжет возвращается к текущим событиям. Группа 20-го отдела выслеживает Карима Маркова, пока тот по заказу Джейн Лоури не воссоздал «Новичок» для планируемой ею масштабной террористической атаки. Марков находится в Белоруссии, на тайной базе, которую предоставил местный наркобарон Милош Борисо́вич (Питер Ферт).
События продолжаются в Белоруссии, где группа предотвращает террористический акт с использованием «Новичка» в аэропорту Минска. Однако террористический акт оказывается провокацией, которую Борисович поручил своему киллеру Юрию (Урс Рехн). Подтвердилась возможность проноса через таможню бинарного «Новичка» в виде отдельных компонентов. Также ожидалось появление в аэропорту группы 20-го отдела — и таким образом её обнаружение.
Появляются данные, что Омар Идризи всё же не был убит во второй серии. Его поиски приводят группу в Германию. Там свою пока не до конца ясную игру ведёт владелец ЧВК Иоганнес Кригер (Адриан Буше (нем.)русск.). Выясняется, что о местонахождении Омара Идризи знает некая Рэчел Шеридан (Дервла Кирван).
Выясняется, что Омар Идризи жив и содержится в некой тайной тюрьме на территории Польши, куда и перемещается действие. Тюрьма оказывается расположенной на подземной базе, являющейся частью загадочного Проекта «Тенебра». Группе удаётся проникнуть на базу и вывести Омара Идризи оттуда.
Группа пытается вывести Омара Идризи, отбиваясь от атаки боевиков, организованной Айвзом. Появляются данные, что Джейн Лоури — бывший или действующий высокопоставленный агент британской разведки, обладающая «Атласом». Тот содержит описания всех прошлых и текущих тайных операций британской разведки. Полковник Донован получает приказы сверху заморозить деятельность 20-го отдела. В камео появляются агенты 20-го отдела прежних сезонов Майкл Стоунбридж (Филип Уинчестер) и Дамьен Скотт (Салливан Степлтон). В конце серии Джейн Лоури убита, Идризи и Айвз захвачены появившимся русским спецназом.
Выясняется, что «Атлас» хранится на острове Авет (Avet Island, вымышленная локация). Группа проникает на остров и захватывает жёсткий диск с зашифрованным «Атласом». Появляются русский спецназ, КГБ и ГРУ, от которых группа укрывается на старой базе КГБ. Там они находят данные, которые предлагают в обмен на уход с острова. В конце серии группа, отстреливаясь, уходит от погони.