Когда командир Джонатан Форд вынужден освободить капитана Мэрилин Старк от службы за неподчинение приказам, корабль SeaQuest DSV остается без капитана. Новая Объединенная организация океанов Земли нанимает неохотно отставного капитана Натана Бриджера, чтобы принять командование; однако Бриджер не испытывает энтузиазма по поводу возвращения в армию. Но когда пиратская подводная лодка-перебежчик начинает подвергать опасности жизни людей, Бриджер не может не втянуться в ту жизнь, от которой он пытался убежать, особенно когда капитан подлодки-перебежчика оказывается недавно уволенным Старком, решившим отомстить за уничтожение SeaQuest.
Во время расследования дела о черном курильщике Дарвин серьезно заболевает. Бриджеру приходится задуматься о том, чтобы освободить своего давнего водного друга, чтобы спасти ему жизнь.
Морской квест" обнаруживает затонувшую под водой Александрийскую библиотеку. Однако, когда окружающие народы не могут договориться о мирном способе разделить это открытие, Бриджер должен выступить в роли посредника, пока эскалация напряженности не привела к уничтожению библиотеки.
Массовый убийца доктор Рубин Зеллар (Алан Скарф) невольно попадает на борт "Морского квеста". Поместив его под стражу, Зеллар сумел сбежать и сообщил Бриджеру, что спрятал где-то на борту корабля токсин, замороженный во льду... токсин, который, несомненно, тает с каждой секундой.
Пока "SeaQuest" проходит инспекцию, лейтенант Бенджамин Криг сталкивается с неизвестной формой жизни, находясь в морском крабе во впадине Тонга. Когда существо отпускает его, Криг обнаруживает сокровищницу таинственных светящихся камней, которые могут означать большие деньги. Однако, что представляет большую угрозу для SeaQuest - жадность, овладевшая экипажем, или неизвестная форма жизни?
SeaQuest получает приказ затопить склад боеприпасов, который считается заброшенным. Однако когда команда обнаруживает, что внутри живут дети, Бриджер должен убедить их последовать за ним в безопасное место.
Вирус, найденный на борту затонувшей космической станции, заражает экипаж. В то время как Бриджер бросается на поиски изобретателя патогена, прибывает военная подводная лодка из противоборствующей конфедерации, чтобы скрыть свои преступления, даже если это означает уничтожение "Морского квеста". Специально приглашенная звезда: Удо Кир
Когда Бриджер оказывается переброшен через свою каюту неизвестной силой, это приводит "Морской квест" к обнаружению затонувшего столетнего корабля, в древнем корпусе которого обитают духи погибших, один из которых вселился в доктора Вестфалена.
Командор Форд, доктор Вестфален, Лукас и лейтенант Криг оказываются в ловушке на поверхности океана, когда над ними бушует ураган. Тем временем, получив серьезные повреждения от удара молнии, судно SeaQuest должно отчаянно искать затонувшую французскую подводную лодку, пока у его пассажиров - всех детей - не закончился воздух.
Когда в каюте экипажа ломается кондиционер, Кригу ничего не остается, как обратиться к "Регулятору" - жестокому торговцу с черного рынка, скрывающему постыдное прошлое, с которым знаком Бриджер и которому, как выясняется, симпатизирует Лукас.
Когда "SeaQuest" посещает шахтерскую колонию "Broken Ridge", один из колонистов отчаянно умоляет команду помочь ему выбраться из опасной ситуации прямо со Старого Запада.
Чувствуя себя изолированным, нежеланным и неоцененным на борту "Морского квеста", Лукас посещает "Узел три" - колонию связи, населенную другими компьютерными гениями-подростками во главе с легендарным компьютерным хакером Мартином Клеменсом по прозвищу "Майкрофт". Однако вскоре Лукас оказывается втянутым в фальсификацию глобальных финансов - фальсификацию, которая имеет больше мотивов, чем кажется.
Первая экспедиция на Марс с экипажем возвращается домой на Землю под руководством командира Скотта Келлера, старого друга Бриджера. Однако из-за неисправности во время входа в атмосферу капсула падает в океан, где коррумпированный генерал из иностранной конфедерации пытается вернуть астронавтов до того, как это сможет сделать "Морской квест".
В ходе подготовки к эксперименту экипаж эвакуирует "Морской квест", оставив на борту только командира Форда, лейтенанта Хичкока, лейтенанта Крига, шефа Крокера и Лукаса. Однако экологические экстремисты используют уязвимое состояние SeaQuest, чтобы захватить контроль над судном.
Когда магматический буй доктора Роли Янга, запущенный с корабля SeaQuest несколькими месяцами ранее, вылетает из моря и разбивается на острове, группа охотников за сокровищами считает, что НЭО направляется к ним, чтобы украсть состояние, которое они надеются найти.
Когда экологический радикал начинает топить китобойные суда, УЭО приказывает Бриджеру найти злоумышленника и уничтожить его. Однако Бриджер отказывается по моральным соображениям и уходит с поста капитана "Морского квеста".
Лукас и капитан-лейтенант Хичкок участвуют в конкурсе на разработку нового революционного вида одноместного подводного аппарата. Однако во время испытаний Лукас попадает под обстрел, а подлодку захватывает конкурирующий разработчик.
Во время визита доктора Вестфалена к Малькольму Лэнсдауну их двоих захватывает свергнутый диктатор и сбежавший из тюрьмы UEO Милош Тёзлов, который хочет получить дельфинов Малькольма для тренировки в милитаристских целях. Однако когда Кристин замечает, что аутичному сыну Тезлова Цезарю очень нравятся дельфины, она заключает сделку по своему освобождению, предоставляя Тезлову проход на борт корабля SeaQuest.
Генеральный секретарь UEO Андреа Дре отправляется на борту SeaQuest на конференцию, где приглашает Лукаса присоединиться к ней, чтобы рассказать о его работе с Дарвином. Однако вскоре Лукас оказывается в заложниках вместе с лидерами других конфедераций УЭО.
Когда командир Форд верит, что видел русалку на дне океана, капитан Бриджер приказывает ему уйти на берег, но во время отпуска Форд снова встречает ту же женщину и вскоре оказывается втянутым в противоестественный эксперимент таинственного ученого. Тем временем Лукас тайком отправляется на вечеринку, где Джулианна и он могут пойти "до конца".
Морской квест" делает крупнейшее открытие в истории человечества, обнаружив инопланетный звездолет, замурованный в подводной скале; он пробыл там в ловушке более миллиона лет. Когда выездная команда проникает внутрь корабля, они обнаруживают, что могут быть не единственными, кто находится на его борту.
SeaQuest обманом торпедирует корабль с десятками детей-беженцев во главе с Синтией Вестфален, дочерью Кристин. Когда их корабль поврежден, командир Форд, Шан и Вестфалены вынуждены укрыться в Амазонской конфедерации, жестокий лидер которой считает, что "Морской квест" послал за ним убийц.
Эмоциональное время подходит к концу, когда срок службы "Морского квеста" подходит к концу; шеф Крокер сталкивается с отставкой и концом своего брака, командиры Форд и Хичкок получают одинаковое командование, а капитан Бриджер и доктор Вестфален начинают романтические отношения. Больше всех переживает Лукас, который осознает, что его отец больше не является частью его жизни. Однако когда под электростанцией его отца начинает трескаться земная кора, миру угрожает неудержимое повышение температуры океана, которое приведет к таянию полярных шапок. Когда лава просачивается в море, Бриджер должен пожертвовать "Морским квестом", чтобы спасти мир.
Экипаж нового корабля SeaQuest отчаливает от Нового мыса Квест, штат Флорида, но их плавание прерывается, когда генетически созданные формы жизни (ГСФ) поднимают восстание и захватывают контроль над своей островной колонией, а также космической базой оборонительного оружия и угрожают уничтожить человеческую расу.
Инженеры инопланетного космического корабля, обнаруженного кораблем SeaQuest перед его уничтожением, получают сообщение от экипажа и передают через Дарвина свои намерения установить первый контакт с человеческой расой. В то время как экипаж в восторге, генерал Томас и горячий лейтенант НЛО видят ситуацию только с военной точки зрения.
Парапсихологический эксперимент пошел ужасно неправильно и довел жителей мирной колонии Миранда почти до безумия, включая бывшую девушку капитана Бриджера, которая умоляет его о помощи. Когда прибывает корабль "Морской квест", они тоже оказываются поражены.
Находясь на берегу, капитан Бриджер и доктор Смит борются с возможным романом после того, как слухи об их личной жизни распространяются по морскому квесту. Тем временем Хендерсон и О'Нил отправляются на свидание, а командор Форд, Броуди и Ортис пытаются найти себе пару. На берегу Пикколо, Лукас и Дагвуд откликаются на мольбу отца Пикколо о помощи.
Далекий призыв о помощи протаскивает корабль SeaQuest через подводную аномалию, перенося его на 225 лет в будущее, где они обнаруживают, что человечество уничтожило себя, оставив на Земле только двух детей-подростков.
Программист получает компьютерную копию личности капитана Бриджера и использует ее для автоматизации экспериментальной подводной лодки. Когда проект проваливается, подлодка вырывается на свободу и начинает атаковать базы UEO. Бриджер должен выйти один на один с самим собой, прежде чем подлодка сможет уничтожить SeaQuest и сравнять с землей Новый Кейп-Квест ракетной атакой, которая убьет всех жителей города.
Сигнал бедствия из подводной садоводческой колонии заставляет SeaQuest и ее экипаж начать расследование. Однако кажущаяся доброкачественной колония оказывается не такой, какой кажется, когда цветок, сорванный Хендерсоном, возвращается на корабль и начинает мутировать.
Мать лейтенанта Броуди внезапно появляется в жизни сына после криогенной заморозки на двадцать два года, но их воссоединение может оказаться недолгим, так как вскоре на нее нападает убийца - убийца, связанный с кем-то, с кем команда "Морского квеста" хорошо знакома.
Когда доктор Смит проводит психологическую экспертизу экипажа, командир Форд разрешает Дагвуду уйти на берег. Вскоре возникают проблемы, когда его обвиняют в убийстве человека, который его создал, причем он не помнит, чтобы делал это. Приговоренные к пожизненному заключению, Форд и Броуди пытаются дать Дагвуду почувствовать вкус жизни, которой у него никогда не было и, похоже, никогда не будет.
Лукас, Броди, О'Нил и Хендерсон оказываются под поверхностью Земли в пещере во время морского старта. Поскольку для возвращения на поверхность им не хватает воздуха, они вынуждены рискнуть в лотерее. Когда Лукас оказывается в выигрыше, ему приходится смириться с тем, что он обречен на смерть.
Подводные горные работы повышают температуру в Южной Атлантике, выпуская из своей ледяной гробницы огромного доисторического крокодила, который угрожает жизни местных жителей, включая команду подводных фермеров во главе с семьей коммандера Форда.
Во время глубоководного погружения командор Форд обнаруживает древний золотой шлем, доказывающий, что затерянный континент Атлантида когда-то существовал. Однако, когда капитан Бриджер и Ортис примеряют шлем, их охватывает древнее проклятие, запечатанное в нем, и они начинают злиться на команду.
Находясь в открытом мире, Лукас влюбляется в красивую женщину и просит уволить его с борта судна. Однако вскоре он оказывается втянутым в хитроумный план по захвату контроля над SeaQuest и нанесению сокрушительного удара по UEO.
Когда комета падает в воду неподалеку от места нахождения SeaQuest, она таинственным образом распадается на частицы, которые окутывают судно и пропитывают его агрессивным инопланетным хищником, который выводит судно из строя и нападает на экипаж.
Паранормальное существо, известное как "Аватар", начинает угрожать миру своей способностью вводить в кому правительственных чиновников, включая генерального секретаря Макгата. Поскольку UEO помещает всех известных экстрасенсов в концентрационные лагеря, чтобы попытаться остановить "Аватара", доктор Смит должна использовать свои собственные экстрасенсорные способности, чтобы противостоять ему, пока не стало слишком поздно.
Выполняя задание по сопровождению рок-звезды Сары Тоенин на шоу USO, Лукас и О'Нил обнаруживают, что близлежащий остров Солитэр на самом деле является древней пирамидой. После открытия Сара заговорила на странном языке, который О'Нил признает древнегреческим, предвещая приход Нептуна, бога моря.
Экипаж защищает группу исследователей на заброшенной шахтерской заставе, пока они изучают древний сундук, найденный в Средиземном море. Однако сундук оказывается ящиком Пандоры, из которого на команду SeaQuest обрушивается демон.
Легендарный компьютерный хакер, известный как "Мародер", вызволяет Марию из тюрьмы, чтобы использовать ее желание отомстить капитану Бриджеру и уничтожить SeaQuest, оставив море свободным для добычи топлива для доисторических насекомых, которые, по мнению "Мародера", являются недостающим элементом холодного синтеза. Тем временем, чувствуя застой на борту корабля, О'Нил берет отпуск, но вскоре оказывается в лапах Мэрайи.
Когда Пикколо и Дагвуд загадочным образом переживают кошмар, доктор Смит отводит их в парапсихологический центр, чтобы попытаться помочь им, которым руководит ее бывшая любовь, Клэй Маршалл. Однако Маршалл подбрасывает сны, пытаясь получить доступ к "Морскому квесту".
Когда его самолет терпит крушение в джунглях Южной Америки, Пикколо похищает безжалостный диктатор из воинствующей конфедерации, тайно создающей замаскированные искусственные формы жизни, вышедшие из-под контроля.
Получив мольбу о помощи от командира Келлера, огромный инопланетный звездолет поднимает "Морской квест" из воды и уносит команду на миллиарды световых лет в далекий мир Гиберион, где они оказываются в центре гражданской войны, которая грозит уничтожить корабль и всех, кто находится на его борту.
За десять лет, прошедших с тех пор, как капитан Натан Бриджер и команда "SeaQuest" таинственно исчезли с лица Земли, капитан Оливер Хадсон возглавляет поиски пропавшей подводной лодки, в то время как фашистская австралийская конфедерация расширяет сферу своего влияния над и под водой. Когда SeaQuest вновь появляется на Земле, это может оказаться именно тем чудом, которое необходимо UEO, чтобы остановить намерение Альянса Макронезии установить мировое господство.
В то время как экипаж корабля борется с жесткой позицией капитана Хадсона, Ларри Деон из компании Deon International замышляет отправить айсберг размером с Новую Англию в сторону Саудовской Аравии, который, растаяв, затопит саудовскую пустыню, увеличив спрос на его технологии очистки воды. Чтобы помешать Хадсону уничтожить айсберг, Деон высаживает на его поверхность беженцев-макронезийцев во главе с бывшим членом экипажа SeaQuest: лейтенант Бенджамин Криг.
Когда транспортные корабли UEO начинают таинственно исчезать, seaQuest получает приказ стоять на страже и защищать корабли. Однако эта миссия воссоединяет Хадсона с его давно потерянной любовью. Тем временем, когда Дагвуд сталкивается с группой Даггеров в открытом мире, он решает покинуть SeaQuest, а Лукас должен узнать об обязанностях офицера.
Когда новый революционный подводный поезд отправляется в свой первый рейс, капитан Хадсон приказывает Лукасу отправиться вместе с ним и наблюдать, а командор Форд и Хендерсон также отправляются на тайное свидание. Однако, когда Deon International замышляет сохранить бизнес авиаперевозок на первом месте, они саботируют поезд и убивают инженера, оставляя Лукаса остановить локомотив до того, как он потерпит крушение.
Когда ракеты НРБ запускаются против форпоста Макронезии, капитан Хадсон получает приказ освободить своего бывшего командира, адмирала Ваналдена, который захватил контроль над секретной военной базой и планирует ввергнуть человечество в состояние ядерной войны.
Накануне подписания нового устава УЕО президент Александр Борн и Ларри Деон вступают в сговор с целью получить контроль над психическим имплантом лейтенанта Фредерикс, чтобы запрограммировать ее на убийство генерального секретаря Макгата и вывести УЕО из строя.
После спасения группы детей от нападения макронезийцев Хендерсон попадает в плен и приговаривается к смерти президентом Александром Борном. Не желая мириться с этим, капитан Хадсон организует спасательную операцию, в ходе которой жизнь лейтенанта Броуди оказывается под угрозой.
Обнаружив вирусную вспышку, вызванную спасательной операцией, проведенной оригинальным кораблем SeaQuest более десяти лет назад, Лукас разрабатывает метод борьбы с агентом. Однако, когда на место событий прибывает капитан Бриджер и предлагает дать патогену распасться естественным путем, SeaQuest вскоре оказывается в смертельной схватке со своим бывшим капитаном.
Радикал Макс Скалли, инсценировавший свою смерть, снова сталкивается с кораблем SeaQuest и планирует использовать лазерные установки корабля для взрыва подводного ядерного боезапаса, который уничтожит человеческую расу, за исключением избранных в его экологическом раю Экотопии.
Капитан Бриджер, Лукас, коммандер Форд и Дагвуд проникают на бывшую базу UEO, которая теперь находится в руках Макронезии, чтобы найти набор сверхсекретных кристаллов данных, содержащих информацию о преступлениях против человечества - преступлениях, к которым причастны Бриджер и Форд.
Причудливый дисбаланс в одной из активных зон реактора корабля SeaQuest создает вокруг него сферу перемещения во времени, которая возвращает корабль в октябрь 1962 года, где они обнаруживают, что все человечество было уничтожено в результате Кубинского ракетного кризиса. Не имея выбора, экипаж вынужден отправиться еще дальше в прошлое, чтобы попытаться предотвратить это событие.
Во время дипломатической миссии Хендерсон обнаруживает, что ее бывшая любовь теперь в плену и вынуждена работать в качестве рабыни. Она также узнает, что Мейсон Фриман, наемный убийца Ларри Деона, также находится в плену. Устроив побег из тюрьмы и угнав подводную лодку, они захватывают научный аванпост UEO и берут в заложники научную команду.
Пока SeaQuest патрулирует зону свободной торговли между UEO и Макронезией, сетевой роман лейтенанта О'Нила оказывается перебежчиком из неуловимой азиатской державы, известной как Чаодай; державы, которая атакует и UEO, и Макронезию с помощью своих впечатляющих подводных истребителей. В этом последнем приключении один из членов команды SeaQuest не доживет до следующего дня.