Космический корабль, отправленный с Земли к одной из звёзд созвездия Ориона с околосветовой скоростью, совершает посадку на неизвестной планете. Члены экипажа во главе с командиром Тейлором (Чарлтон Хестон) отправляются на поиски жизни и вскоре находят группу диких людей. Но разобраться, что к чему, они не успевают. Внезапно появляются разумные, одетые и вооружённые обезьяны, которые ловят людей, как диких животных. Космонавта Доджа (Джефф Бертон) убивают. У Тейлора, одного из выживших, повреждены голосовые связки, из-за чего он на некоторое время теряет возможность говорить. Вместе с другими дикими людьми он попадает в исследовательскую лабораторию к доктору-шимпанзе Зире (Ким Хантер). Вскоре она, обнаружив, что Тейлор значительно умнее местных людей, начинает симпатизировать разумному человеку, а позже помогает ему сбежать на волю. Но на воле Тейлора ждёт очень печальное открытие: оказывается, что планета обезьян — Земля через две тысячи лет.
Новая группа астронавтов улетает с Земли в поисках предыдущей группы, о которой говорилось в первой части. Но их корабль также терпит крушение, и выживает только один — сержант Брент.
Буквально сразу после крушения он находит Нову и пытается узнать у неё, где Тейлор, так как у той был его армейский значок. По понятным причинам Нова не смогла ему ответить, и они вместе поехали в город обезьян, где, встретившись с Зирой и Корнелиусом, узнали, куда примерно пошёл Тейлор — а именно в так называемый «Заброшенный Город», который является Нью-Йорком.
Попав в этот город, Брент оказывается в странном подземелье. Он обнаруживает, что это — некогда метрополитен Нью-Йорка. Его буквально ошарашивает страшная догадка: "Они взорвали её", "...эти переговоры за круглым столом ни к чему не привели". Он встречает колонию уцелевших разумных людей, которые общались друг с другом с помощью телепатии и поклонялись ракете-носителю с кобальтовой боеголовкой (кобальтовая бомба (она же «грязная бомба»). Этим людям свойственна жестокость и хладнокровие. По завершении молитвы нужно было (перевод различный) "показать своё лицо своему Богу". "Люди" снимают с себя "человеческие" маски, обнаруживается, что это уже не люди, а отвратительного вида мутанты, кардинально изменившиеся за столетия в результате облучения.
В это же время обезьяны пошли войной на город, и люди, использовав их единственное оружие — иллюзии — не смогли с ними справиться. Брента отвели к Тейлору. Брент рассказал свою историю путешествия, и что на ракете указаны две греческие буквы "Альфа" и "Омега". Тейлор понимает, что эта бомба при взрыве разрушит всю Землю и даже больше. Вскоре с помощью своей телепатии мутант Онгаро Негро заставил их сражаться насмерть. Но телепата отвлекла Нова, и Брент с Тейлором убили телепата. А потом в город пришли обезьяны и тем самым отвлекли остальных людей-мутантов. Брент и Тейлор смогли выбраться из клетки, попав в самое пекло битвы. Нову убивают обезьяны, а женщина-мутант Альбина (Натали Транди) приняла яд, чтобы не стать добычей обезьян.
Воины-гориллы стремительно захватывают город людей-мутантов. Они разбивают изваяния династии Мендезов — правителей города.
Последний уцелевший мутант, глава подземного города Mendez XXVI (Мендез 26-oй), пытается устрашить обезьян "орудием Бога" , но предводитель обезьян, генерал Урсус, смеётся над ним и приказывает его убить. Гориллы-солдаты сваливают ракету и пытаются её атаковать. Орангутанг доктор Заюс предупреждает, что это орудие человека, способного нести только зло. Брент погибает в бою с обезьянами. Смертельно раненый Тейлор, упав возле «красной кнопки»,нажимает её, производя взрыв ракеты.
Далее в финале голос за кадром повествует, что в одной из бесчисленных галактик во Вселенной лежит средних размеров звезда, и один из её спутников, незначительная зелёная планета, прекратил своё существование.
1973 год. У берегов США совершает посадку космический аппарат, на борту которого обнаруживают трёх обезьян. Сначала это вызывает недоумение, ведь когда-то на этом звездолёте улетели люди. А потом обезьяны заговорили, вызвав ещё большее смятение. Оказывается, на землю прилетели обезьяны-учёные — Зира, Корнелиус и доктор Майло. Послушав их рассказы, люди поняли, что речь идёт об их будущем. А тут ещё выясняется, что Зира беременна. Это вызывает у властей панику, ведь если разумные обезьяны начнут плодиться, то человеческой цивилизации придёт конец. На обезьян начинают охоту.
Действие фильма разворачивается в 1991 году, 18 лет спустя после событий предыдущей картины. В 1983 году эпидемия убивает всех собак и кошек, оставив человечество без домашних любимцев. Тогда люди заводят обезьян в качестве домашних животных. Со временем животные адаптируются к условиям домашней жизни и начинают выполнять небольшие поручения своих хозяев. США в этот период времени становится державой с фашистскими взглядами, строгим классовым разделением, основанным на рабовладельческой системе.
Армандо и Цезарь, молодой шимпанзе в цирке Армандо, прибывают в крупный город, и скоро всем его жителям становится известно, что в город приехал карнавал. Армандо предупреждает Цезаря, чтобы тот был осторожнее: если кто-то узнает, что он — сын Корнелиуса и Зиры, то им обоим грозит смерть. На улицах они видят обезьян, убирающих мусор, работающих курьерами, и т. д. И Армандо, и Цезарь приходят в ужас от того, что сделали люди с обезьянами. Увидев, как полицейский бьёт его сородича, Цезарь не выдерживает и кричит на служителя закона. Армандо берёт на себя вину, и постепенно их окружает разбушевавшаяся толпа — и Цезарю приходится пуститься в бега…
Земля находится под безраздельным господством обезьян. Остатки человеческой расы скрываются в подземельях и ведут партизанскую войну за утраченную цивилизацию. Среди властителей планеты наметился раскол — одни хотят найти компромисс с людьми и закончить надоевшее всем кровопролитие, другие мечтают уничтожить людей навсегда. Уступать не собираются ни обезьяны, ни люди. А между тем будущее приносит всё новые и новые опасности как одним, так и другим. На карту поставлена сама возможность существования обоих биологических видов. И только совместные усилия дадут шанс планете в надвигающейся череде катастроф.
2029 год. Космическая станция Оберон. Идёт подготовка к эксперименту по пилотированию космических модулей обезьянами. Руководитель проекта капитан Лео Дэвидсон (Марк Уолберг) занимается с шимпанзе по кличке Перикл. Экипаж станции обнаруживает невдалеке неизвестную электромагнитную аномалию и отправляет туда модуль с Периклом, который растворяется в ней. Спустя несколько минут, игнорируя приказ командира, капитан Дэвидсон на другом модуле отправляется вслед за шимпанзе. Во время пересечения электромагнитной бури модуль терпит аварию и совершает посадку на ближайшей планете земного типа. Модуль падает в озеро; выбравшись из него, Лео обнаруживает, что находится в толпе бегущих дикарей, которых преследует отряд одетых в униформу говорящих обезьян. Дэвидсон попадает в центр охоты, где людей загоняют в клетки и переправляют к торговцу рабами-людьми — орангутану Лимбо (Пол Джиаматти). Внешность и поведение Лео привлекают внимание дочери сенатора Сандера (Дэвид Уорнер), Ари (Хелена Бонэм Картер) — шимпанзе, горячей последовательницы «Общества защиты людей». Она покупает Лео и дикарку Даэну (Эстелла Уоррен) и уводит их к себе домой.
Ари непонятен поступок Лео, который смог легко освободить себя и других из клеток и организовать побег. В планах Лео добраться до космического модуля и завладеть технологиями и оружием XXI века, которые бы обезопасили его в этом средневековом обезьяньем обществе. Во время побега к группе людей примыкают торгаш Лимбо, человек-слуга Тивалл (Эрик Авари), сама Ари и её слуга Крулл (Кэри-Хироюки Тагава), который раньше являлся генералом армии, но стал жертвой заговоров, в результате чего его заменил на посту бывший друг военачальник Тэйд (Тим Рот). Тэйд вместе с помощником Аттаром (Майкл Кларк Дункан) начинает преследование беглецов.
Во время бегства убит отец Даэны — Каруби (Крис Кристофферсон), его смерть помогает группе оторваться от преследователей и достичь озера с модулем. Лео ведёт свою группу в запрещённый для обезьян район, называемый Калима. Здесь, по словам Ари, кроется тайна происхождения обезьян, здесь Всевышний вдохнул душу в первую из обезьян — святого Симоса. В запрещённом районе Дэвидсон находит древнюю космическую астрофизическую базу ВВС США «Оберон». Выясняется, что это та самая запретная тысячелетняя Калима. При пересечении электромагнитной бури модуль капитана Дэвидсона перекинуло далеко в будущее. Последние записи бортового журнала свидетельствуют о том, что спустя несколько дней после исчезновения Перикла и капитана Дэвидсона было принято решение последовать за ними, в результате чего станция также совершила аварийную посадку на этой планете, но затем выпущенные на волю обезьяны под руководством шимпанзе Симоса начали убивать людей.
Лео становится для homo sapiens этого мира пророком — символом освобождения. Армия людей бросает вызов прибывшим сюда войскам генерала Тэйда. Начинается жестокий бой в котором погибают множество людей и обезьян. Крулла убивают в схватке с Аттаром. В центр сражения опускается посадочный модуль, из которого появляется астронавт шимпанзе Перикл. Все обезьяны, кроме Тэйда, считают его самим Симосом. Тэйд пытается убить и Перикла и Лео, но оказывается заточённым в одном из отсеков «Оберона».
Происходит братание людей и обезьян, погибших хоронят. Аттар объявляет, что нигде не будет отмечено, где похоронены люди или обезьяны, потому что они все жертвы. Дэвидсон, поцеловав на прощанье Даэну и Ари, на модуле отправляется обратно к электромагнитному феномену. Он добирается до своей родины — Земли, в аварийном порядке приземляется посреди Вашингтона около здания Конгресса и подходит к статуе Авраама Линкольна с лицом генерала Тэйда. Надпись гласит, что именно великому Тэйду страна обязана своей свободой и демократией. К месту посадки прибывают полицейские автомобили, из которых выбегают обезьяны в синей полицейской форме.
Действие происходит в современном городе Сан-Франциско в ближайшем будущем. Молодой учёный Уилл Родман в ходе поиска эффективного лекарства (в форме вируса Альц-112) от болезни Альцгеймера, проводит генетические эксперименты над обезьянами. Но одна из подопытных шимпанзе, самка по кличке Ясноглазка, становится агрессивной, выходит из-под контроля и крушит лабораторию. Её убивают, а после этого случая начальство принимает решение приостановить эксперимент и усыпить всех обезьян. Коллега Уилла Роберт Франклин обнаруживает, что Ясноглазка была беременна (у обезьян это не так заметно, как у людей), родила уже в лаборатории и потому просто защищала от людей своего ребёнка. Роберт уговаривает Уилла взять детёныша к себе, сказав, что поищет ему питомник. Вскоре Уилл обнаруживает у шимпанзе удивительные для его возраста способности и понимает, что лекарство, которое вводили его матери, повлияло и на ребёнка. Учёный решает оставить у себя дома шимпанзе, которого называет Цезарем. Он также делает отчаянный шаг и крадёт из лаборатории лекарство, которое даёт своему отцу Чарльзу, страдающему синдромом Альцгеймера.
Через несколько лет проявились последствия лечения — организм Чарльза научился бороться с вирусом Альц-112, и болезнь проявилась с новой силой. Тем временем Цезарь легко освоил язык жестов и свободно на нём изъяснялся, а также научился понимать человеческую речь. Один раз он напал на человека, защищая Чарльза, и служба по контролю над животными забрала его в питомник. Условия там были ужасны, и Уилл пообещал Цезарю, что скоро заберёт его. Учёный тяжело переживает разрыв, понимая, что теряет и отца, и Цезаря. Он разрабатывает новую формулу лекарства (Альц-113), которая мощнее и быстрее воздействует на организм, но не успевает дать его отцу, так как Чарльз умирает. Зато управляющий компании, где работает Уилл, заинтересовывается новым лекарством и заказывает новую партию подопытных обезьян, опыты с которыми проходят успешно.
В это время Цезарь, пользуясь своим интеллектом, занимает место вожака среди обезьян в питомнике. У него появляются друзья — самец гориллы, которого он выпускает из клетки с помощью собственноручно сделанной отмычки, шимпанзе, который раньше был вожаком, и орангутан из цирка. Ночью Цезарь выбирается на свободу и крадёт у Уилла образцы лекарства, которое даёт другим обезьянам. После подготовки обезьяны непреднамеренно убивают одного надсмотрщика, сажают в клетку другого и вырываются из питомника. В это же время обнаруживается, что новое лекарство по-другому влияет на людей — Роберт Франклин, случайно заразившийся Альц-113, умирает. Но теперь это никого не волнует — обезьяны освобождают сородичей из зоопарка и лаборатории и устраивают настоящую революцию. Цезарь решает отправить своих подопечных в заповедник, где он в детстве гулял с Уиллом. Но на мосту «Золотые Ворота» на обезьян устраивают облаву полицейские, погибают несколько животных (в том числе горилла), но обезьяны добиваются своего и завоёвывают заповедник. Уилл срочно приезжает туда, чтобы остановить революцию, и говорит Цезарю, чтобы он поехал домой. Цезарь (уже не жестами, а словами) отвечает ему: «Цезарь дома», и Уилл понимает, что это действительно так.
После титров показана сцена в аэропорту, где у соседа Уилла, который контактировал с Франклином незадолго до смерти последнего, пошла кровь из носа — этот симптом также появлялся у Франклина. Опаснейший для человечества вирус начал стремительно распространяться. После чего умерло много людей. В живых остались лишь несколько тысяч человек.
Также во время фильма параллельно развивается сюжет об астронавтах, отправленных на Марс и потерянных в космосе. Это видно из сюжета новостей и заголовков газет, показанных в фильме.
Действие фильма происходит через 10 лет после событий «Восстания планеты обезьян».
В результате эпидемии «Обезьяньего гриппа», охватившей за 10 лет весь мир, на Земле осталось всего несколько колоний, включая колонию Сан-Франциско. Тем временем группа обезьян во главе с Цезарем основала свою деревню. Обезьяны издревле способны понимать язык жестов, на котором и общаются, однако обладают человеческой речью, которой редко пользуются. После охоты на оленей сын Цезаря Синеглаз и сын Ракеты Эш натыкаются на группу людей из колонии Сан-Франциско. Один из них ранит Эша. На звук выстрела сбегаются другие обезьяны. Цезарь отпускает людей, чем вызывает недовольство Кобы.
Позже группа обезьян на лошадях приходит к воротам колонии, где Цезарь объявляет о том, что ни один человек не должен посещать лес, тогда обезьяны не будут нарушать границу колонии. После этого обезьяны возвращаются в деревню. Малкольм, один из участников группы, а также один из двух основателей данной колонии, собирает новую группу и отправляется на ГЭС, способную снабдить колонию электричеством на всё время. С ним отправляются его жена Элли и сын от первого брака Александр. После этого Дрейфус, второй основатель, приказывает подготовить вооружение для обороны.
Как только группа пересекает мост, Малкольм выходит из машины и приходит в деревню. Его замечают обезьяны и приводят к Цезарю. Цезарь разрешает Малкольму провести работы в ГЭС и остаться в деревне, но только при условии отсутствия оружия, чем снова вызывает недовольство Кобы, который испытывает ненависть к человечеству, проводившему над ним опыты. Коба и двое лояльных к нему обезьян отправляются на разведку в колонию, где обнаруживают, что люди тренируются в стрельбе. Разъярённый Коба возвращается в деревню, где объявляет о том, что люди собираются атаковать обезьян, чему Цезарь отказывается верить. Коба обвиняет Цезаря в большей любви к людям, чем к обезьянам. Впоследствии в ГЭС происходит драка между Цезарем и Кобой, в которой Цезарь одерживает верх, но отказывается добить Кобу со словами «Обезьяна не убьет обезьяну».
Позже Малкольм возвращает доверие к себе после того, как Элли вылечивает жену Цезаря Корнелию, тяжело заболевшую после рождения второго сына.
На следующий день Коба возвращается в колонию, где убивает двоих охранников, забирает огнестрельное оружие и возвращается в деревню. Ночью Малкольм обнаруживает, что ГЭС заработала, в то время как Коба убивает одного из членов группы, Карвера. Позже Коба достает оружие и стреляет в Цезаря, тяжело ранив его, и поджигает деревню. Позже он обвиняет людей в убийстве Цезаря и поджоге деревни, объявляет себя новым лидером, снабжает обезьян оружием и нападает на колонию людей.
Утром сбежавшая группа находит раненого Цезаря, после чего Элли вылечивает его, а Малкольм отвозит его в колонию, так как Цезарь один способен остановить обезьян, однако Цезарь останавливает Малкольма у дома Уилла Родмана, учёного из предыдущего фильма.
Во время битвы обезьяны прорываются в колонию. Позже Коба приказывает Эшу убить двух мирных жителей. Эш отказывается, в итоге Коба выбрасывает его с ворот колонии, убив его. Ночью Синеглаз приходит к Цезарю и рассказывает о Кобе, а также о том, что Коба посадил в клетку мирных жителей, а также лояльных к Цезарю обезьян: Мориса, Ракету и других. Вечером Синеглаз выпускает обезьян и приводит их к дому Уилла.
Утром отряд Цезаря и группа Малкольма отправляется в колонию, где Малкольм встречается с Дрейфусом, который собирается взорвать башню, на которой сидят обезьяны. Малкольм берёт оружие и нацеливается на Дрейфуса, приказав не взрывать башню. В это время Цезарь, забравшись на башню, вступает в схватку с Кобой, во время которой Коба случайно ранит Мориса, выстрелив в него. В это время Дрейфус взрывает башню, вызвав частичное разрушение башни, отчего погибает много обезьян. Цезарь отталкивает Кобу к краю башни, после чего Коба говорит: «Обезьяна не убьёт обезьяну», на что Цезарь говорит: «но Коба не обезьяна» и отпускает его руку, тот падает вниз.
Малкольм говорит Цезарю, что восстановив радиосвязь, Дрейфус вызвал военных, на что Цезарь отвечает, что люди им этого не простят и поэтому войны не избежать, советуя Малкольму и его семье уходить. Последняя сцена фильма — Цезарь в окружении обезьян готовится к неизбежной войне.
Действие фильма происходит через 2 года после событий «Планеты обезьян: Революция».
Через некоторое время после того, как американские военные были призваны сражаться со всё более умнеющим и опасным племенем обезьян, клан, возглавляемый шимпанзе Цезарем, подвергается в лесу нападению военизированной группы, известной как Альфа-Омега. У них на службе находятся обезьяны, которых они называют «шавками», и которые ранее были последователями Кобы, который возглавил неудачный переворот против Цезаря, и был убит. Во время атаки боевики AO встретили сопротивление обезьян, а несколько солдат, включая гориллу Красного, попадают в плен. Их отводят на секретную базу внутри пещеры, скрытой водопадом. Цезарь сообщает пленникам, что не он начал войну, и что теперь он борется за защиту своей семьи и остальных обезьян. Затем Цезарь узнаёт от заключённых, что Альфа-Омегой командует беспощадный Полковник. Цезарь приказывает, чтобы Красный был заключён в тюрьму за свои преступления, но освобождает остальных заключённых в качестве предложения мира Альфа-Омеге. Однако Красный убегает, ранив гориллу-альбиноса по имени Зима. Затем Цезарь планирует перевести свой клан через пустыню, не желая больше жертв обезьян. В ночь перед переходом Альфа-Омега проникает на базу обезьян, а Полковник убивает жену Цезаря и их старшего сына, Синеглаза. После боя Зима предаёт Цезаря и убегает служить Альфе-Омеге.
Оставив своего младшего сына Корнелиуса на попечение подруге Синеглаза, Озеро, Цезарь отправляется мстить Полковнику. Его сопровождают Морис, орангутан и советник Цезаря, горилла Лука и Ракета, шимпанзе-адъютант Цезаря, тогда как другие обезьяны направляются через пустыню. Во время своего путешествия обезьяны сталкиваются с дезертиром, живущим в заброшенной деревне, и Цезарь стреляет в него, когда тот пытается достать свою винтовку. Увидев его дочь, которая, по-видимому, не может говорить, Морис настаивает на том, чтобы взять её с собой.
По пути команда Цезаря встречает Зиму в лагере Альфа-Омеги, и узнаёт, что Полковник отправился в место, обозначенное как «граница». Цезарь непреднамеренно убивает Зиму, что заставляет его задуматься о том, что он становится похожим на Кобу. Далее они обнаруживают нескольких расстрелянных солдат Альфа-Омеги. Осмотр ещё живого солдата показывает, что он, как и девочка, не может говорить. Позже группа встречает Плохую обезьяну, умного отшельника-шимпанзе, который жил в зоопарке Сьерра до пандемии. Он показывает, что солдаты расположились лагерем на границе, в бывшем складе оружия, который был превращён в карантинную зону, когда вирус впервые начал распространяться, и где они теперь держат обезьян в плену.
Когда группа прибывает на пограничный объект, Лука погибает, защищая Цезаря от патруля Альфа-Омеги, из-за чего Цезарь злится и решает продолжить путь в одиночку. Однако он попадает в руки Красного после того, как обнаруживает, что остальная часть его клана обезьян была захвачена в плен, и становится свидетелем того, что они вынуждены строить стену без пищи и воды. Полковник показывает Цезарю, что вирус мутировал и теперь заставляет людей неметь и возвращаться к первобытному состоянию, а Цезарь понимает, что Полковник забаррикадировался на объекте, чтобы отбивать атаки американских военных, которые собираются победить его, потому что он предпочитает убивать всех инфицированных людей, включая его собственного сына, чтобы остановить распространение вируса. Полковник высоко оценивает интеллект Цезаря и объясняет, что он ведёт «священную войну» за выживание человечества.
Пока Цезарь мучается от голода, немая девочка, которую Морис называет Нова, пробирается на территорию лагеря, чтобы дать ему еду и воду. Чтобы предотвратить её обнаружение, Ракета отвлекает внимание, и его захватывают. Вместе Цезарь и Ракета пытаются найти средства для побега через подземный туннель, который выходит из объекта. Морис и Плохая обезьяна используют туннель для спасения обезьян, и Цезарь приказывает остальным бежать, а сам идет навстречу Полковнику. Когда объект подвергается атаке военных, Цезарь находит Полковника, но видит, что он заражён мутировавшим вирусом (через контакт с найденной куклой Новы). После намёков Цезарю, что хочет, чтобы Цезарь сам убил Полковника добровольно, тот отказался, проявляя жалость. В итоге, Цезарь уходит от Полковника, который совершает самоубийство, не желая жить как примитивное животное.
Во время битвы между Альфа-Омегой и военными обезьяны попадают под огонь Альфа-Омеги. Цезарь пытается атаковать Альфа-Омегу сзади, но в него стреляет из арбалета Причер, один из боевиков, которых он ранее освободил. Красный спасает Цезаря, убивая Причера, и его самого тут же убивают. Цезарь взрывает запасы топлива для объекта, вызывая каскадный взрыв, который уничтожает Альфа-Омегу и позволяет военным победить в битве. Однако военные были тут же похоронены под лавиной, которую Цезарь и другие обезьяны (вместе с Новой) переживают, поднимаясь на близлежащие деревья.
Оставшиеся обезьяны покидают объект и пересекают пустыню, чтобы найти оазис. В то время как другие обезьяны радуются новому дому, Морис обнаруживает рану Цезаря. Затем Морис говорит, что Корнелиус будет знать, во что верил его отец и за что воевал. Цезарь умирает, и Морис скорбит над ним, наблюдая за другими обезьянами.