Спецназовец Олег Рубцов был вынужден оставить свою любимую жену, чтобы стать секретным агентом глубоко законспирированного отряда бойцов под эгидой одной из спецслужб. В отряде Рубцов получил позывной Пилигрим, еще не зная, что псевдоним станет для него пророческим. Коварный злоумышленник рассекречивает данные агентов и Рубцову с коллегами приходится подаваться в бега…
Укрывшись на конспиративной квартире, уцелевшие агенты во главе с Рубцовым пытаются понять, как им выйти на того, кто хочет их уничтожить. И не находится ли предатель прямо сейчас в этой квартире? Идя по следам посланных за ним киллеров, Рубцов выясняет, что за всем стоит криминальный хакер под ником Нотарикон…
Перемещаясь по просторам России, Рубцов получает от своей бывшей жены Жанны зашифрованное сообщение, что его присутствие необходимо в городе Рудногорске. Рубцов приезжает туда и узнаёт, что службу безопасности градообразующего предприятия возглавляет его старый знакомый, которому он обязан жизнью…
Рубцов, идя по следу боевиков, готовящих диверсию, спасает похищенную ими девушку Ирину. Раненная Ирина, теряя сознание, успевает назвать Олегу только свою фамилию, которая ничего ему не говорит. Поскольку Рубцову приходится убить боевика, охранявшего пленницу, теперь ему самому придётся выяснить, с какой целью преступники похитили именно Ирину…
Рубцов, работая на стройке в Пензенской области, узнаёт из криминальных новостей по телевизору, что при ограблении магазина в Санкт-Петербурге он только что убил двух человек. Олег глазам своим не верит — с экрана телевизора на него смотрит он сам! Но Рубцов абсолютно уверен, что брата-близнеца у него никогда не было. Хотя…
Рубцов подозревает, что Чабан готовит операцию по возвращению крупной партии кокаина, которую два месяца назад изъяла полиция. Скорей всего, Чабан попытается напасть на хранилище вещдоков до того, как кокаин утилизируют по решению суда. Рубцов находит подтверждение своим подозрениям, но ему неизвестно самое главное — точные дата и время нападения…
Три года назад спецслужбы отпустили насильника и убийцу Карасёва, которого задержал Рубцов. Он понадобился для сложной оперативной игры с целью поимки более значимых злодеев. Рубцов тогда предупредил Карасёва, что лично найдёт и убьёт его, если получит информацию о его новом преступлении. Рубцов приезжает в портовый город, чтобы выполнить своё обещание…
Пилигрим предупреждает журналистку Алису о том, что в городе готовится мощный теракт — он нашёл следы завезённой взрывчатки. Но Алиса принимает его за сумасшедшего. Рубцов удивляется, что журналистка отказывается от сенсационной информации, и говорит, что будет ждать её звонка на турбазе. Но местонахождение Рубцова становится известно не только Алисе…
Скитаясь по стране, Рубцов узнаёт, что в Санкт-Петербурге от сердечного приступа умерла его теща Анастасия Павловна. Непосредственно перед этим она перевела телефонным мошенникам крупную сумму денег, вырученную с продажи квартиры. Вот сердце старой женщины и не выдержало. Желая наказать виновных, Пилигрим начинает собственное расследование, но даже он не мог представить, насколько масштабные разрушительные планы вынашивает организатор этой мошеннической схемы.
Несколько лет назад Рубцов накрыл крупный канал контрабанды в Киндеевске. И помогли ему в этом местный опер Бояркин и перешедший на сторону закона контрабандист Денисов. Тогда они договорились, что если ситуация в городе вновь потребует вмешательства Пилигрима, они подадут ему условный знак, понятный лишь им троим. И вот в городе начинают исчезать люди, причастные к контрабанде. Неизвестные пришли и за Бояркиным. Денисову не остается ничего другого, как позвать Пилигрима на помощь…
В Петербурге убивают криминального авторитета Подкову и его любовницу. При этом делают это весьма изощренным способом — добавив выделяющийся при нагревании яд в аромасвечку, которую любовница имела привычку зажигать во время встреч с Подковой. Подобный сценарий был описан в «программе „Грешник“» — особом плане агентов 0-18 по ликвидации бандитских главарей. И выполнить его должен был не кто иной как Пилигрим.
На Рубцова начинается охота, усиливающаяся после гибели второго авторитета из «программы „Грешник“». Кто-то хочет подставить Пилигрима? Или злодеи преследуют какие-то другие цели?
Рубцов продолжает путешествовать по стране и влипать в приключения. Но даже Пилигриму иногда хочется покоя. И такой шанс наконец представляется. Жанна под новыми именем и биографией обжилась в закрытом городе Новотоцке рядом с обсерваторией. Рубцов отправляется к ней.
Но оказывается, не только бывший агент выбрал тихий городок в качестве убежища. Появление Рубцова мешает планам злодеев — они уверены, что суперагент Пилигрим прибыл в их город по их души и начинают свою контригру.
Несколько лет назад Контора вела охоту на опаснейшего террориста Белиала, но операция прошла неудачно. Майя получает сведения, что Белиал снова объявился в Санкт-Петербурге и готовит теракт. Белиал решает в этот раз уничтожить агентов, идущих по его следу. Пилигрим, Майя и Идальго оказываются в ловушке профессиональных наемников без шансов на выживание.
По пути в небольшой городок в Самарской области на Пилигрима нападает группа уголовников, принимая его за курьера. Позже он садится в машину к местному автомеханику, который после этого найден убитым с фальшивыми купюрами в машине. Пилигрим объявлен по ориентировке как подозреваемый. Сможет ли он уйти не только от бандитов, но и от полиции, раскрыв преступную сеть фальшивомонетчиков?
В Новороссийске Пилигрим спасает гречанку Нику, но на следующий день его ориентировка появляется в СМИ в связи с ее убийством. Майя с группой в Питере пытается задержать опасного контрабандиста с его загадочными клиентами. Пилигриму предстоит связать эти два дела и раскрыть в Новороссийске нелегальную операцию по перевозке контрабанды.
Пилигрим и Майя сопровождают в Саратовской области перевозку секретного химического оружия «маркер триста десять». В результате нападения на конвой оружие похищают, а Пилигрима чуть не убивает профессиональный киллер. Через семь лет этот Призрак, как и секретный «маркер», объявляются в Екатеринбурге.