Одолев в Смертельной Битве Шан Цзуна, Кун Лао начинает осознавать: победа — не конец, а лишь начало пути.
Едва избежав казни, Кун Лао вместе с Си?ро и Та?жей бросается в погоню, чтобы спасти свою возлюбленную от нового смертоносного врага — Скорпиона.
На Кун Лао и его друзей нападают Лин Куэй и самый сильный воин клана — Саб-Зиро.
Из-за колдовства Шан Цзуна Сиро и Тажа начинают быстро стареть. Теперь Кун Лао необходимо не только найти лекарство, но и сразиться с самим колдуном. Когда Кун Лао добирается до леса, он встречает Оме?джис — бессмертную волшебницу, у которой есть то, что он ищет. Однако сперва Омеджис не отдаёт ему искомое. Когда же Кун Лао возвращается к постаревшим Сиро и Таже, он вынужденно сражается с Шан Цзуном. Поединок вызывает у Райдэна гнев, поскольку Кун Лао нарушил священные правила.
Кун Лао встречает Китану — загадочную принцессу Эдении, которая прибыла на Землю, чтобы найти символ своего мира.
Сиро и Тажа встречают провидицу по имени Ки?ри, которая рассказывает им о подземном городе и храме, который охраняют два могучих воина. Кири продолжает: если одолеть этих воинов, Сиро и Тажа станут сильнее. Однако на самом деле Кири надеется, что Сиро и Тажа освободят Нуб Сайбота, чтобы тот убил Кун Лао.
В Чжу Цзине появляется «Чёрный Дракон» — бесчестная преступная организация. Они заявляют права собственности на факторию/таверню и приказывают Кун Лао, Сиро и Таже уйти. Пока трио оказывает сопротивление Чёрному Дракону, представительница организации по имени Джо?ла заключает сделку с Шан Цзуном: способности в обмен на месть. Шан наделяет Джолу способностями Чёрного Дракона. Однако из-за высокомерия, Джола злоупотребляет своей новой способностью (метание огня) и почти погибает. Шан телепортирует Джолу назад в шахты, где теперь она и будет находится.
Тажа встречает силуэт погибшего отца. Затем фигура хватает и утягивает Тажу в портал, который переносит её в Кобальтовые Шахты — в плен к Шан Цзуну. Кун Лао и Сиро отправляются спасать Тажу, даже несмотря на то, что направляются в ловушку.
Куан Чи посылает трио женщин заразить зельем Кун Лао, Тажу и Сиро. Зелье усиливает недостатки нашего трио: Кун Лао одолевает ярость, Сиро становится пьяницей, а Тажа возвращается к воровству. Когда все трое теряют контроль, Райдэн должен найти способ разрушить это заклинание, пока не стало слишком поздно.
Чтобы победить Кун Лао, Шан Цзун заключает невероятный союз с Куан Чи. Колдуны договариваются: если Куан Чи сумеет заманить Кун Лао в их совместно созданную ловушку, Шан научит Куан Чи, как забирать души воинов. Колдуны заманивают Кун Лао в совместно созданный мир, в котором есть всё, что чемпион только может пожелать. Более того, Шан Цзун продумал ловушку так, что после захвата Кун Лао Земной мир останется беззащитным. В начале же серии Тажа заключила пари с Сиро — день рабского труда, если она сумеет уложить Сиро с одного удара.
В Чжу Цзине появляется Ха?нна — бывшая возлюбленная Сиро, и ищет у него помощи. Ханна рассказывает, что она вышла замуж за брата Сиро — Касса?ра, который сейчас пропал. Сиро неохотно помогает, пока не узнаёт, что Скорпион сделал Кассара одним из своих воинов.
Кун Лао получает серьёзное ранение в битве с Рейном. Пока чемпион практически беззащитен, Шао Кан посылает Милину в облике Принцессы Китаны — добить ослабленного Кун Лао. Однако, после того как она потратила слишком много времени, Кан наказывает «новую дочь» — удлиняя ей передние зубы и вручая маску, которая будет скрывать её природное уродство.
Приходит воин по имени Тома?с и заявляет, что хочет присоединиться к Кун Лао и защищать Земной мир. Выглядит всё хорошо. Однако позднее выясняется, что Томас убил нескольких барменш. Неужели это он? Или происходит нечто большее?
В Чжу Цзин прибывает кочующий цирк во главе с Ка?ли. Кун Лао, Тажа и Сиро подозревают, что что-то не так, и оказываются правы. Выясняется, что цирк для Куан Чи — способ создать армию.
Чтобы уничтожить Кун Лао, Шао Кан объединяет Саб-Зиро и Скорпиона, между которыми сразу же возникает неприязнь.
Императрица Кри?я прибывает в Земной мир, чтобы нарастить свою армию. Её главная цель — Внешний мир. Во?рпакс, которая, оказывается, работает на Крию, приглашает Кун Лао, Тажу и Сиро присоединиться к ним.
Давным-давно (4 века назад) Шан Цзун предал Мастера Чо, чтобы сражаться на стороне Шао Кана. В настоящим времени, когда в Земном мире Шан Цзун обретает свободу, Мастер Чо намеревается свести счёты.
Крия возвращается. На этот раз она объединилась с Рептилией.
Шао Кан нанимает Куан Чи, чтобы тот нашёл пропавшего Шан Цзуна и вернул его в Кобальтовые Шахты. Шан Цзун одевает облик Куан Чи и пытается убить Императора с целью выставить Куан Чи предателем.
Пока Шао Кан изо всех сил ищет предателя (Рептилию), маятник власти угрожающе смещается, подвергая опасности всех в Земном и Внешнем мирах. Так Ворпакс убеждает Кун Лао и его друзей помочь ей убить Крию. Когда же её мать погибает, Ворпакс забирая её силы, сама становится новой королевой, и объединяется с Шан Цзуном.
В таверне внезапно появляется Дио?н — давняя подруга Тажи. После этого начинаются поиски таинственного города под названием Шака?на, который скрывает страшную тайну. Народ этого города, так называемые Шаканцы, поклоняются «богу», которого они именуют Шака (который на самом деле замаскированный Шао Кан). Каждый аспект их культуры отражает слепое поклонение Императору. Когда Кун Лао предоставляет доказательства, друзья сперва не верят ему. Однако позже трио выясняет, что Шаканцам лгут так называемые «ученики» и особенно Теневые священники Шао Кана, убеждая, что жители обретут спасение в «Дальних землях» (которые на самом деле — Внешний мир). Однако люди настолько наивны и невнимательны, что отказываются верить в правду. Дион также оказывается предательницей, объединившись с Шао. Затем Райдэн спасает Кун Лао от убийства со стороны одного из Теневых Священников и приказывает Шаканцам покинуть город.
Шао Кан обрушивает свой гнев на всех врагов сразу — на реальных и предполагаемых. Теперь Райдэн — единственный, кто может остановить Кана. К сожалению, Кун Лао и тех, кто предал императора — убивают приспешники (Теневые священники) Шао Кана. Разъярённый Райдэн атакует и побеждает Кана. Однако силы покидают Райдэна прежде, чем он успевает убить императора. Райдэна берут в плен и вынуждают наблюдать за тем, как Земной мир продолжает подпадать под правление Шао Кана.