Вернувшись в родные места, Алексей не успевает оправиться от военной службы. Городок переведен на режим чрезвычайного положения: авария на шахте вызвала ряд землетрясенией. Катаклизмы стали причиной многочисленных аварий и пожаров, в огне оказались возлюбленная Леши и ее сын. Парень бросился спасать дорогих ему людей, а небо тем временем затянуло тучами, на город опустилась тьма…
Жители в панике: нет ни электричества, ни связи с внешним миром. Из-за густого тумана видимость почти нулевая. Алексей вместе с друзьями пытается узнать, в чем же дело, и обнаруживает, что все провода линий электропередачи оплавлены. Вскоре выясняется, что на шахтеров перед аварией было совершено нападение, и даже есть свидетель. Чудом выживший мужчина рассказывает ребятам о людях в масках…
Жители городка видят военных в химзащите с табличками «Карантин» и недоумевают. Мужчина, которого нашли в шахте, рассказывает Леше о том, что его группа должна была похитить уран. Под завалами рабочие слышат крики: есть еще выжившие. Солдаты входят в город боевой колонной…
В город плотной колонной входят военные. Все попытки жителей расспросить солдат, в чем дело, заканчиваются неудачно и даже трагично. Девушка, которая хотела подойти поближе к колонне, получает серьезное ранение. Чтобы получить хоть какую-то информацию, генерал Петров приезжает на шахту. Леша и Антон собирают людей, чтобы заблокировать одну из групп военных, и закладывают взрывчатку в основание рекламного щита. Солдатам объявляют ультиматум: они должны сообщить, что происходит, или выпустить жителей из города…
Переговоры с военными продолжаются. Единственное, что может предложить генерал Петров – грузовик с медикаментами, и Леша соглашается. Пострадавшей в стачке девушке срочно требуется переливание крови редкой группы. Завал на шахте наконец разобран, но там находят лишь трупы, присыпанные известью. В городе начинается эпидемия неизвестной болезни…
В городке бушует эпидемия неизвестной болезни. Мародеры, пользуясь растерянностью и беспомощностью людей, бесчинствуют на улицах. Лабораторные анализы показали, что причиной эпидемии стал мощный атипичный вирус, который могли намеренно занести военные. Люди начинают умирать. Средство есть, но сначала его нужно испытать…
Метеоролог предупреждает о двух надвигающихся ураганах. Необходима срочная эвакуация жителей. Больных решено разместить в подвале больницы, жителей укрыть в здании мэрии. Зорина и ее бойцы ждут разблокировки дверей объекта. Двери открываются, но на пути возникает новое препятствие. Лёша приезжает за Катей и Павликом, чтобы отвезти их в укрытие на шахте.
Самолет бомбит шахту. Зориной приходится рассказать об объекте: это станция по созданию «погодного» геофизического оружия, и все катаклизмы в городе вызваны сбоем в работе станции. Один из освобожденных ученых утверждает, что остановить работу станции может только тот, кто ее создал, — похищенный Доронин. Новиков предлагает подключиться к атомному ректору станции, чтобы обеспечить город электроэнергией. Сергей находит убежище в спортзале школы, куда заселяют пострадавших от урагана. Мария Афанасьевна открывает Леше правду об отце: он был полковником ГРУ и отвечал за безопасность на объекте.
Сергей с Лёшей на месте падения вертолета находят только мертвого пилота и следы крови. Очевидно, что пассажиры выбрались, но они ранены. Ребята начинают поиски Брагина и сообщают Зориной, что видели его в городе, надеясь, что она предупредит его и он покинет свое убежище. Их план срабатывает: Брагин действительно пытается скрыться вместе с Дорониным. Его настигают и, пытаясь спасти инженера, убивают. Антон с Лёшей прячут Доронина, игнорируя требования военных.
Военные входят в город и начинают забирать людей разного возраста и пола. Среди тех, кого пытаются увести, — Катя и Павлик. Мать прикрывает мальчика, и тот сбегает. Лёша, Антон и Зорина держат оборону и отстреливаются от военных, а горожане тем временем проводят совещание. Белов рассказывает, что военные забирают людей согласно протоколу 15-го отдела, который создан на случай неизвестного явления на территории собственного государства. В домах людей, которых забрали, находят листы с непонятными цифрами…
В лесу находят бункер неизвестного происхождения с запасами продовольствия. Там же лежит диск с записью выпуска новостей двухнедельной давности, в котором сообщается, что в результате взрыва ядерного реактора на шахте город полностью разрушен, выживших нет. Как доказать, что это неправда? Лёша, Игорь и Антон собираются проникнуть за оцепление, одевшись в военную форму. С помощью объекта они вызывают ливень, а в качестве отвлекающего маневра жители должны устроить массовые волнения.
Сергей и Лёша остаются на территории загадочного военного городка, чтобы найти и вызволить Катю, а ребята добираются до райцентра и прячутся в канализации. Сотрудники ППС находят машину беглецов, и в канализацию спускаются военные. Игорю и Славе удается скрыться. Они идут в дом, где раньше жил Игорь, но в его квартире их встречают совершенно незнакомые люди. После того как Славу убивают, Игорь прячется у знакомой своей бабушки. Из рассказа старушки он узнает, что бабушки уже год нет в живых, но не знает, как к этой информации относиться, ведь он общался с ней всего месяц назад…
Михаил Егорович рассказывает Лёше, Сергею и Кате о нападении на объект. Ему удалось выбраться и спасти документацию. Он был ранен и очнулся в госпитале, в котором находился и Денис, одноклассник Лены, пропавший с места аварии. Михаилу Егоровичу сообщили, что город просто исчез с лица земли, и предложили возглавить исследовательскую группу, которая должна выяснить причины этого аномального явления.
Семья Журавлёвых готовится к побегу. В город входят военные, но на этот раз ведут себя мирно, оказывая помощь населению. Жених Зориной Володя сообщает о планах Петрова: готовится крупная силовая операция, мирное поведение – всего лишь прикрытие. О планах Журавлёвых становится известно Белову, и он сообщает об этом Петрову. Военные устраивают засаду на выходе из тоннеля…
Володя предупреждает: военные применят вариант «Омега» — проведут зачистку города. Зорина принимает решение действовать и использовать объект против военных. Но военные готовятся к реализации плана «Омега-2» — ядерному удару. Семья Журавлёвых прячется на объекте. Доронин говорит, что объект не выдержит напряжения и еще один внешний удар грозит чудовищной аномалией. Лёша и Михаил Егорович хотят уничтожить объект изнутри.
Лёша возвращается в тот день, когда случилась авария на шахте. Он разыскивает и освобождает Доронина, рассказывает ему о том, что произошло, и в качестве доказательства показывает диск, записанный жителями города. Тот в ответ сообщает о положении дел на объекте. Лёша принимает решение: надо уничтожить ядро объекта, прежде чем произойдет перемещение во времени.