Ангус "Мак" Макгайвер с помощью Джека Далтона и Никки Карпентер проникает на вечеринку, чтобы украсть биологическое оружие. Когда Мак и Джек встречаются с Никки, они обнаруживают, что она находится в заложниках у Джона Кендрика. Мак отдает биологическое оружие, но Кендрик стреляет и в него, и в Никки, убивая ее. Три месяца спустя Мак уходит в отпуск, когда его начальник, Патриция Торнтон из Департамента внешних служб (DXS), вызывает его и Джека, чтобы помочь вернуть био-оружие. Они нанимают осужденного хакера и Райли Дэвис, которые выслеживают Кендрика до Сан-Франциско, где также обнаруживают, что Никки жива и работает с ним. Схватив их, Мак узнает, что Никки продала био-оружие кому-то, кто планирует подбросить его в воздух с помощью самодельного взрывного устройства. Мак находит биооружие и извлекает его из СВУ, прежде чем оно взрывается. Через несколько дней Торнтон сообщает группе, что из-за предательства Никки DXS стала достоянием общественности, поэтому они должны закрыться и переехать под новым именем. Мак выбирает название "Феникс", с чем соглашаются остальные члены группы. Никки арестовывают сотрудники ФБР, но она исчезает во время транспортировки, оставив после себя наручники с заколкой.
В течение двух недель, прошедших с тех пор, как Никки сбежала из-под стражи ФБР, МакГайвер ходит по квартире Никки, пытаясь найти что-нибудь, что приведет его к ней. Команда получает задание спасти Сару Адлер, бывшего партнера и бывшую девушку Джека из ЦРУ, которая была дезавуирована из-за того, что попала в плен. Захват Сары происходит после того, как она украла бухгалтерскую книгу торговца оружием. Вместе команда возвращает Сару и бухгалтерскую книгу, а также уничтожает торговца. Сара воссоединяется со своим женихом. В конце эпизода Мак находит в квартире Никки тайник, в котором находится паспорт под ее псевдонимом. Тем временем Райли встречается со своим офицером по условно-досрочному освобождению и просит Уилта Бозера изобразить ее парня. В обмен она соглашается сообщать ему каждую неделю одну цифру своего номера телефона.
Террористическая группа, известная как D-77, планирует нападение. Финансами группы управляет парень по имени Ральф Кастрати, который разыскивается ФБР за мошенничество с ценными бумагами и живет в Малайзии. Команда отправляется тайно забрать Ральфа, но затем его застреливает Д-77. МакГайвер, используя предметы, найденные во внедорожнике Ральфа (включая части самого внедорожника), спасает Ральфу жизнь. Позже, чтобы помешать Д-77 убить Ральфа, Макгайвер снижает пульс Ральфа до тех пор, пока его пульс нельзя прощупать, создавая видимость смерти. Однако прежде чем Д-77 успевает убить его, Мак и Джек спасают Ральфа, который добровольно дает показания на Д-77 и будет помещен под защиту свидетелей. Дома Мак играет роль монстра для фильма Бозера, а Райли помогает ему с CGI-программой. Джек советует Маку связаться с отцом, так как тот давно с ним не разговаривал. Мак решает написать отцу письмо.
Агент фонда "Феникс" убит после того, как обнаружил, что старая советская бомба находится у Владимира Севченко, русского экстремиста, который хочет возобновить холодную войну. Райли обнаруживает, что бомба использует свою собственную уникальную операционную систему. Пока Торнтон отправляется выяснять местонахождение Севченко, команда ищет программиста, стоящего за кодом бомбы, человека по имени Александр Орлов, и его куратора, который знал пароли для ее отключения, Виктора Левкина. Орлов и Левкин обладают схожими качествами с Маком и Джеком соответственно. Группа отправляется в Россию, чтобы забрать старый компьютер, необходимый для взаимодействия с бомбой, но в процессе Орлова похищают люди Севченко. Группа встречается с Торнтоном, чтобы спасти Орлова, но клавиатура компьютера повреждена, а Левкин смертельно ранен. Мак импровизирует замену клавиатуры, бомба деактивирована, а Севченко побежден. Орлова благодарят и возвращают в дом престарелых, где он и Райли общаются за передачей "Цена права". Тем временем Торнтон идет сообщить семье погибшего агента о ее смерти, а Мак и Джек обсуждают, что Мак тайно продолжает искать Никки.
Фонд Феникс получает информацию о том, что Никки была замечена в Португалии, Мак и Джек следят за ее предполагаемой квартирой. Они находят женщину, которую Никки послала передать МакГайверу ключ. Мак и Джек вызываются встретиться с Райли в Германии. Трио получает задание защитить Катарину Вагнер, которая узнала, что ее босс продавал оружие врагам США. Катарина получила письмо от агента Интерпола с предложением сесть на поезд до Франкфурта, но агент был убит до отправки письма. Трио защищает Катарину в поезде, пока Торнтон противостоит боссу, Эрику Векслеру. Векслер посылает группу людей убить Катарину в поезде, но им мешают. Они уничтожают консоль поезда, а также тормозную и сцепную системы, чтобы поезд врезался в станцию. Мак, используя ракету, ржавчину и магний, отделяет головную часть поезда от пассажирских вагонов, спасая всех. Торнтон арестовывает Векслера. Вернувшись домой, Бозер флиртует с Райли, надеясь получить больше цифр номера телефона Райли. МакГайвер пробует ключ Никки, но он никуда не подходит. Он решает носить его как ожерелье, пока ее не схватят.
Внутренние демоны Мака выходят наружу, когда вновь появляется Призрак. За пять лет до этого его бомбы убили старого командира Мака, Альфреда Пена, который должен был быть в отпуске, чтобы увидеть рождение своей дочери. Когда Джек попадает в аналогичную ситуацию, Мак должен преодолеть свое прошлое, чтобы победить своего соперника и спасти Джека.
Главарь мексиканского наркокартеля Хоакин "Эль Ноче" Санкола содержится в тюрьме в Техасе. Однако в результате другие члены картеля захватили власть и начали устраивать насилие на публике. Мака отправляют в тюрьму в качестве осужденного, и он должен освободить Эль Ноче, чтобы найти убежище картеля. Однако он должен сделать это без особой помощи, так как Джек был переведен охранять другую часть тюрьмы, а Райли не может взломать двери тюрьмы.
Когда Никки посылает убийцу, чтобы устранить Мака и остальных членов команды, Бозер узнает, кем на самом деле являются Мак и остальные. Мак должен победить убийцу, который пытается убить его на свалке, и спасти остальных. Когда убийцу задерживают, он представляется Мердоком. Никки встречает Мака в закусочной и предупреждает его, что придут новые убийцы. Она также говорит ему, что скоро ему понадобится ключ Португалии. В ответ Мак угрожает расправиться с ее семьей, демонстрируя, как действия Никки навсегда изменили его.
Мак и команда отправляются в Латвию, чтобы захватить Яниса Лапу, лидера террористической организации. Однако Янис посылает S.O.S. другим членам организации, которые преследуют Мака, Яниса и команду до посольства США в Латвии. Команда должна защищать посольство от террористов в течение шести часов. Тем временем Бозер, все еще обиженный на МакГайвера, содержится в Фонде Феникса, где его обследует Торнтон. Узнав о способностях Бозера к изготовлению протезов, Торнтон разрешает Маку дать Бозеру работу в фонде "Феникс", на которую Бозер соглашается.
Команда посещает родной город Макгайвера и Бозера. Они посещают старую среднюю школу МакГайвера, Mission City Junior High, чтобы МакГайвер мог выступить с докладом перед классом, который ведет его бывший учитель естественных наук Артур Эриксон. Они знакомятся с юным гением по имени Валери Лоусон, у которой много общего с МакГайвером, и которую МакГайверу и команде позже приходится спасать после ее похищения.
Рождество в опасности, когда АНБ взламывают, и Райли становится главной подозреваемой. Узнав, что она сделала это, чтобы спасти свою похищенную мать Дайану, она признается в краже кибероружия, способного дистанционно управлять транспортными средствами. Райли, МакГайвер и Джек отправляются в Шанхай, прежде чем оружие будет использовано и приведет к третьей мировой войне. Позже выясняется, почему Райли была отправлена в тюрьму, а также причина ее враждебности к Джеку.
Сара Адлер возвращается и находит Никки, обращаясь к команде с просьбой помочь привлечь ее к ответственности за совершенные преступления. Однако Никки утверждает, что на самом деле она работает на ЦРУ, пытаясь уничтожить Организацию. Мак, Джек, Сара и Никки пытаются устроить подставу, чтобы вывести на чистую воду правительственного крота, работающего на Организацию, а Райли и Бозер посещают Мердока для получения дополнительной информации. Торнтон возвращает команду и заставляет их поверить, что Никки снова солгала им; однако Райли и Бозер находят улики, доказывающие, что Никки говорила правду. Позже они выясняют, что "крот" находится в Фонде Феникса и им является Патрисия Торнтон. Макгайвер спрашивает, останется ли Никки, но она отвечает, что не может остаться, пока работа не будет завершена.
Когда вертолет с Маком и Джеком сбивают в Казахстане, ранив пилота и позволив сбежать военному преступнику, Мак должен поймать его до того, как он вызовет подкрепление. Кроме того, команда встречает Матильду "Мэтти" Веббер, нового директора Фонда Феникс, которая оказалась бывшей начальницей Джека, прозванной "Матильда-хун". Мак сооружает громоотвод и использует электричество от молнии, чтобы зарядить их аварийный телефон и организовать их спасение.
Мак и Джек выслеживают беглеца из ФБР Дугласа Бишопа, который утверждает, что его заставили работать на грязного агента. Они должны защитить беглеца, пока команда выясняет, кто этот грязный агент ФБР. Тем временем Бозер и Райли должны встретиться с Мэтти для проведения первой аттестации.
В парке Сан-Франциско крестница Мэтти по имени Ванесса Фрэнк и ее парень по имени Дэниел Ли были убиты посреди ночи Зодиаком. Мак и его команда расследуют преступление, подозревая, что убийца Зодиак 1960-1970-х годов вернулся в Сан-Франциско, когда Мак находит отпечаток с помощью электростатического пылеуловителя и радиоволн сигнала WIFI. Позже выясняется, что убийца работает под руководством доктора Мэдисона Грея, который общался с ним с острова Оаху. Джек звонит своему старому другу, который работает в какой-то оперативной группе на Гавайях, и рассказывает о своих находках.
Мак и Джек выслеживают опасного беглеца, который попадает в плен к Колтонам, печально известной семье охотников за головами. После того, как Колтоны несколько раз одерживают верх над Маком и Джеком, команда Фонда отбирает у них беглеца, а Мак, Джек, Бозер и Райли в итоге спасают Колтонов от их преступных работодателей-убийц. Тем временем Бозер и Райли безуспешно пытаются взломать файл ЦРУ Джека о его истории с Мэтти.
Команда отправляется в Голландию и становится отвергнутой Фондом Феникса после того, как на них обрушиваются последствия миссии, призванной заманить их в ловушку - непредвиденная ситуация, активированная Патрицией Торнтон под кодовым названием "Хризалис".
Команда перенаправляется в Хило, Гавайи, в качестве добровольцев для помощи пострадавшим от землетрясения в FEMA. Джек и МакГайвер встречают Коно и Чина из оперативной группы Five-0; Джек рассказывает им о том, что знаком со Стивом МакГарретом. Они спасают группу правительственных ученых, оказавшихся в ловушке в здании, используя водяную струю и радарную пушку. Китайская группа использует хаос для отвлечения внимания, намереваясь похитить из здания сверхсекретное оружие под названием "Проект 23". Тем временем Уилт вместе с Камеконой пытается вернуть хозяину потерявшуюся собаку.
Мак получает телефонный звонок от Смитти о смерти подруги по колледжу Фрэнки и отправляется в Бостон, чтобы посетить ее поминальную службу. Джек присоединяется к нему для моральной поддержки, и они обнаруживают подозрительные обстоятельства, связанные с ее смертью. В ходе расследования они узнают, что Фрэнки инсценировала свою смерть, так как кто-то преследовал ее, чтобы пресечь ее новаторские научные исследования.
Когда команда перехватывает сообщение террористической группы для Мердока, поручая ему убить технического аналитика, Мак выдает себя за психопата, чтобы спасти намеченную жертву. Однако, когда Райли изучает файлы аналитика, команда обнаруживает, что террористическая группа знала о поимке Мердока. Команда понимает, что террористическая группа - это Организация, которая устроила ловушку для Мака. Джек прибывает вовремя, чтобы помешать отряду убийц Организации убить Мака, и они захватывают человека по имени Дэниел, который позже заявляет, что хотел быть пойманным. Тем временем Бозер и Райли пытаются найти улики, которые позволят полиции арестовать человека за убийство от имени родителей жертвы.
Макгайвер получает письмо, которое он отправил своему отцу в "Awl", так как местонахождение его отца неизвестно. Джек пытается отвлечь Мака, отмечая трехлетнюю годовщину их выживания в миссии в Каире. Их выходной день прерывается тем, что Мердок нанимает убийцу для проникновения в Фонд Феникса под видом лаборанта по имени доктор Зито. Проникнув внутрь, Зито ранит Бозера и освобождает Дэниела Холта, чтобы эти двое могли взять под контроль Фонд "Феникс". Команда работает над тем, чтобы уничтожить Зито и Холта и восстановить энергию, а также помешать Организации украсть био-оружие из "Восстания". Остановив Зито, Холта и Организацию, Макгайвер решает утилизировать биооружие в Сибири. Затем Мак и Джек отправляются в путешествие, чтобы найти отца Мака. Мердок сбегает из тюрьмы.
Бозер недавно был выписан из больницы из-за травм, полученных в прошлом сезоне, а Мак и Джек недавно вернулись после безуспешных попыток найти Мердока и отца Мака. Однако Мак находит старые часы своего отца. Агент ЦРУ Саманта Кейдж просит Фонд "Феникс" о помощи в нестандартной миссии по возвращению офицера "морских котиков", который был похищен в течение последних двух лет. Они спасают офицера, но из-за нарушения правил Кейдж с позором увольняют из ЦРУ. Мэтти нанимает Кейдж для работы в Фонде Феникса. После выполнения задания Мак находит в часах отца свою фотографию, сделанную в день ухода отца.
Райли колеблется, когда держит кого-то на мушке, в результате чего вору удается сбежать с портативным ЭМИ-устройством. Джек берет вину на себя, но начинает беспокоиться, когда Райли приходится в одиночку проводить операцию с участием группы хакеров, известной как Бедлам. Пока Райли пытается остановить Бедлам, Мак и Кейдж работают над спасением министра обороны США, чей кардиостимулятор был взломан.
Мак, Джек, Райли, Бозер и Саманта отправляются в казино в Азербайджане, где террористическая группа использует свое хранилище, чтобы спрятать бриллианты, которые, как подозревается, являются частью закупки ОМУ. Команда срывает заговор и изолирует террористов, но не раньше, чем ОМП, ядерная бомба, будет установлена. У Мака есть 15 минут, чтобы открыть запертое хранилище и запечатать в нем бомбу.
После поездки во Францию для расследования версии о поисках своего отца, Мак возвращается домой и вскоре оказывается похищенным приспешниками Мердока и находится в его плену. Начав пытать одурманенного Мака, Мердок ненадолго покидает комнату, позволяя ему сбежать. Саманта заставляет Мака пройти процесс оживления памяти, чтобы узнать подробности о местонахождении комнаты пыток Мердока, но к моменту прибытия команды "Феникс" Мердок уже исчез.
Группа солдат, среди которых сын вице-президента, падает с самолетом с таинственным заключенным на борту. Мак делает правильный вывод, что самолет разбился на Козьем острове в Бермудском треугольнике, в том же месте, где давным-давно исчез целый полк ВМС. Команда пытается найти выживших и одновременно разобраться с опасным беглым заключенным, которого позже опознают как бывшего агента ЦРУ, ставшего предателем, Харпера Хейса.
В Нигерии группа повстанцев поджигает устье нефтепровода, что приводит к пожару. Пока Райли и Бозер защищают от огня близлежащую деревню, Мак, Джек и Кейдж пытаются скрыться от повстанцев и потушить пожар. Хотя миссия проходит успешно, Райли и Бозеру грозит дисциплинарное взыскание за неподчинение приказу Мэтти об эвакуации.
В Эквадоре кандидат в президенты Гектор Леон остро нуждается в пересадке сердца, иначе страна превратится в полицейское государство под руководством полковника Зарате. Пока Райли и Кейдж занимаются защитой Леона и подготовкой его к операции, Мак и Джек работают над транспортировкой сердца и хирурга Алехандры Розы в больницу, избегая солдат Зарате. Тем временем в квартире Джека происходит ограбление. Бозер получает помощь от эксперта-криминалиста из Феникса Джилл в возвращении вещей Джека, включая жетон отца Джека.
Фонд "Феникс" получил сведения о торговце произведениями искусства по имени Лемер, который продает редкие украденные работы для финансирования террористических групп. Мак и Джек крадут оригинальную картину Франца Марка "Башня синих лошадей", чтобы получить аудиенцию у этого торговца, но их обманывают, когда они имеют дело с контактом Лемэра. Команде, за исключением Бозера, удается вернуть картину и арестовать Лемэра. Тем временем Мэтти записывает Бозера в программу подготовки новых правительственных агентов, которую он должен пройти в качестве агента Феникса. Во время обучения он обнаруживает шпиона, продающего информацию об агентах-стажерах. Кроме того, отец Райли, Элвуд, встречается с ней, чтобы восстановить отношения. Райли не хочет этого делать и скрывает это событие от Джека, которого она теперь считает отцом.
Команда проникает в террористическую группу, планирующую развернуть канистру с нервно-паралитическим газом. Кейдж попадает в руки группы и придумывает легенду, пытаясь убедить их в том, что канистра, которой они обладают, фальшивая. Таким образом, Мак должен создать похожую канистру, пока он и Джек разрабатывают планы по возвращению оригинала. В другом месте Бозер пытается пройти тест на допрос в учебном центре, что заставляет его столкнуться с болезненным детским воспоминанием. После того как Райли рассказывает Джеку о своем отце, Джек наблюдает за ними издалека и узнает, что кто-то хочет убить Элвуда. В конце эпизода Мак просматривает видеокассету, которую он нашел в сгоревшем доме своего отца. На фоне песни "Father and Son" он обнаруживает отражение Мэтти, наблюдающей за ним в детстве вместе с отцом. Он начинает думать, не причастна ли она к его исчезновению.
Джек узнает от Элвуда, что год назад Элвуд и его партнер украли бейсбольный мяч с автографом Джеки Робинсона стоимостью 75 тысяч долларов. Однако, решив исправиться, Элвуд выбросил мяч в Гудзон, забыв сообщить об этом своему напарнику. Джек узнает, что человек, который хочет убить Элвуда, - это его бывший напарник. С помощью Райли они делают фальшивый бейсбольный мяч, чтобы отдать его напарнику. В это же время корабль с 31 учеником и учительницей по имени Зои Кимура застревает в Северном Ледовитом океане. МакГайвер помогает учительнице спасти корабль, пока они ждут береговую охрану. К сожалению, из-за пробоины в корпусе корабля учительнице приходится пожертвовать собой. Тем временем Бозер и Лианна просыпаются в гостиничном номере прикованными друг к другу наручниками. Они должны работать вместе, чтобы вернуться в Центр подготовки оперативников и пройти последний тест, что они и делают, но узнают, что теперь им придется идти разными путями и больше никогда не общаться друг с другом.
На рождественской вечеринке компании Мак арестован детективом полиции Лос-Анджелеса Гриром за взрыв самодельной бомбы на складе. Хотя Джек клянется, что разминировал здание, в завалах был найден труп ремонтника. Чтобы вытащить Мака из тюрьмы, не раскрыв при этом Фонд Феникса, команда должна распутать события и доказать, что ремонтник был мертв еще до того, как его выбросили на склад в более позднее время. После возвращения Кейдж домой ее встречает в своей квартире Мердок, который стреляет в нее и оставляет умирать.
Группа понимает, что Кейдж в опасности, и срочно отправляет ее в больницу, где она остается на всю ночь, пока ей не сообщают, что она поправится. Вернувшись в свой дом вместе с Джеком, Мак обнаруживает, что в доме заложена взрывчатка. Увидев уникальное сочетание пускового устройства и взрывчатого вещества, Мак, используя свои знания о схемах Призрака, приходит к выводу, что бомба в его доме была установлена, чтобы отвлечь внимание властей от еще более крупной бомбы в центре Лос-Анджелеса. Флэшбэки показывают, как Мак и Джек познакомились в Афганистане и как их первоначальная враждебность переросла в настоящую дружбу.
Пока Джек посещает встречу выпускников, чтобы отомстить своему сопернику Джимми за то, что тот победил его в борьбе за звание короля выпускного вечера, Мак и остальные участвуют в соревнованиях беспилотных автомобилей, призванных помочь раненым солдатам безопасно транспортироваться с поля боя. Мак сталкивается со своей старой знакомой Элли Уинтроп, которая когда-то украла схемы его первого беспилотника. Когда беспилотник Алли, Бруно, взламывается и начинает мчаться к Пентагону, Мак, Алли и Бозер должны остановить его, пока истребители F-22 не уничтожили беспилотник с Алли внутри. Джек понимает, что именно потеря короны вдохновила его на службу в армии, ЦРУ и Фениксе.
Мэтти узнает, что Дюк Джейкоби, один из псевдонимов Джека в его бытность агентом ЦРУ, всплыл на поверхность. Она и Мак сопровождают Джека в Новый Орлеан и сталкиваются с женщиной по имени Дикси, которая выдает себя за жену Дюка и обнаруживает еще 16 псевдонимов ЦРУ. Тем временем Райли обнаруживает, что Бозер использовал защищенный канал связи Феникса для общения с Лианной.
Один из наемных убийц Мердока предлагает Мердока Фонду Феникс в обмен на 10 миллионов долларов. Однако, получив Мердока, команда сталкивается с проблемами, узнав, что его наставник Николас Хелман жаждет мести и разыскивает его. После того как Мак, Джек и Мердок успешно отбиваются от Хелмана, Мердоку разрешают повидаться с сыном, после чего его снова заключают в тюрьму, но он и его сын сбегают.
ЦРУ и Интерпол просят Фонд Феникса поймать сербского военного преступника, но найти его можно только через его сына, который недавно женился на американке, известной в социальных сетях. Узнав о медовом месяце пары на эксклюзивном винодельческом курорте во Франции, Мэтти подставляет Бозера и Райли в качестве фальшивой пары для медового месяца, а также Мака и, к шоку Бозера, Лианну. Бозер и Лианна задаются вопросом, знает ли Мэтти об их секретной связи. Первоначальный план - допросить сына, чтобы выяснить местонахождение его отца, но планы меняются, когда сын признается, что убил своего брата, чтобы стать правой рукой отца. Тем временем Джек привлекает отца Райли и Джилл из фонда "Феникс", чтобы они помогли ему проникнуть в дом Мэтти и украсть что-то из ее сейфа. Позже Джек рассказывает Маку о том, что они нашли, и Мак понимает, что Мэтти действительно знала его отца и солгала ему.
Пока Мак, Джек, Райли и Бозер встречаются, чтобы обсудить файлы Мэтти и отца Мака, Мэтти посылает Мака, Джека и Райли поймать человека, который сдал своего босса украинской мафии. Погоня приводит их на запечатанное место Чернобыльской катастрофы. Они находят группу, которая контрабандой вывозит ядерные отходы, которые могут быть проданы на черном рынке и превращены в грязные бомбы. Дома Мэтти просит Бозера выяснить, кто проник в ее дом. Бозер замедляет свое расследование и пытается скрыть все, что может привести к его друзьям, хотя он подозревает, что Мэтти уже знает, кто преступник. На протяжении всего эпизода между Маком и Мэтти возникает напряжение, потому что он знает, что она солгала ему о том, что не знает его отца. Мак просит группу отложить встречу с Мэтти, считая, что еще не пришло время.
Мэтти посылает Мака, Джека и Райли выследить предателя Эмиля Бека, предварительно найдя одного из недавних помощников Бека по контракту, Оуэна Палмера. При этом команда вновь встречается с семьей охотников за головами Колтонов, которые преследуют огромную награду за голову Бека за другие совершенные им преступления. После некоторой первоначальной вражды команды соглашаются работать вместе, когда Мэтти заверяет Колтонов, что они получат деньги. Они захватывают Палмера, который выдает информацию о Беке, после чего его перевозят на коммерческом самолете обратно в Лос-Анджелес, а Райли и Билли Колтон охраняют его. Мак и Джек захватывают Бека, но узнают, что он украл электронный код, позволяющий сбить любой самолет. Они прибывают слишком поздно, чтобы помешать ему саботировать один самолет в качестве демонстрации для своих клиентов - тот самый самолет, на котором находились Райли, Билли и Палмер. Райли предстоит взломать программное обеспечение самолета и спасти себя и всех находящихся на борту.
Доун, она же Дикси, мошенница, с которой команда познакомилась в Новом Орлеане, приезжает к Джеку, утверждая, что смерть агента ЦРУ не была случайностью. Он приводит ее в фонд "Феникс", где она рассказывает, что некто в ЦРУ под кодовым именем Эхо изготавливает поддельные паспорта для людей. Поначалу команда не решается поверить ей, учитывая ее прошлое, но при дальнейшем расследовании они убеждаются в правдивости ее утверждений. Джек и Доун посещают одного получателя паспорта, а Мак и Бозер - другого. Обоим приходится вступить в перестрелку, но они захватывают подозреваемых. Они обнаруживают спрятанные в стенах деньги, которые, как выясняется, являются фальшивыми. Мэтти навещает старого друга, заместителя директора ЦРУ Джулиана Хэлси, в надежде установить личность Эко. Команда по подсказкам отправляется в Лиму, Перу. После некоторых проблем с местными властями они находят предприятие, изготавливающее фальшивые деньги, и захватывают человека, пытающегося все выведать. По просьбе Мэтти они используют телефон подозреваемого, чтобы выяснить, кто его предупредил, и тут звонит телефон на столе Джулиана. Он берет Мэтти в плен в своей машине, но ей удается разбить ее, что позволяет команде найти ее живой и арестовать Джулиана. Пока Мэтти приходит в себя, команда понимает, что пропали деньги: миллион однодолларовых купюр, которые фальшивомонетчики еще не превратили в сотни. Затем выясняется, что Доун оставила деньги на крыльце детского дома, где она когда-то жила.
Фонд "Феникс" узнает, что бывший морской котик, организовавший преступную империю, нацелился на миллиардера Ральфа Джерико. Погоня сначала приводит команду в Южную Корею, но они опаздывают, чтобы поймать преступников, улетающих на реактивном самолете. Маку и Джеку приходится угнать частный самолет, принадлежащий пожилому человеку по имени Сол, чтобы проследить за другим самолетом, который доставляет их в Пекин. Вскоре на помощь прибывают Райли и Бозер. Мак и Джек проникают в небоскреб, где Джерико принадлежит целый этаж, и спасают маленького сына Джерико от бандитов. Затем они должны помешать ограблению, которое, как они подозревают, было совершено. Но когда они находят сейф Джерико нетронутым, они узнают, что планы преступников более зловещие.
МакГайвер, Джек, Райли и Бозер находятся в Пуэрто-Рико и помогают Карлосу, старому другу Мака еще с базовой подготовки, восстановить разрушенный ураганом дом его семьи. Готовясь к отъезду, команда узнает, что группа планирует украсть 2 миллиона долларов из банка, которым управляет Карлос. Они прибывают в банк слишком поздно, так как Карлос и еще несколько человек уже взяты в заложники вооруженными грабителями. Мак и команда хотят помочь, но есть проблема: Мэтти нужно, чтобы они летели в Лос-Анджелес для решения срочного террористического вопроса. Мэтти выигрывает время, отправляя самолет за командой в Пуэрто-Рико. Мак намеренно берет себя в заложники в банке, чтобы иметь возможность разобраться с этим делом изнутри.
Мак и Райли отправляются в правительственный исследовательский центр в Неваде и встречаются с доктором Айзеком Германом, который изучает загадочную металлическую сферу, упавшую в пустыне. Когда вооруженная группа направляется к объекту, Мак узнает, что сфера была испытанием, чтобы определить, можно ли доставить ядерную бомбу в США незамеченной. Когда бандиты прибывают на место, Герман получает огнестрельное ранение. Маку и Райли удается бежать вместе с Германом, и они решают, что ближайший объект, где есть вооруженная охрана и медицинский персонал, - это Зона 51. Но, прибыв на место, они обнаруживают, что объект охраняют только два солдата, и им приходится придумывать другие способы задержать нападающих. Вернувшись в Фонд Феникс, Мэтти расспрашивает Джека о взломе в ее доме. Позже Райли отдает Маку флешку с информацией о его отце, которую она приобрела в Неваде, используя повышенный уровень допуска, полученный для них Мэтти.
Мак сталкивается с Мэтти и увольняется, говоря ей, что не может работать на человека, которому не доверяет. Она говорит ему, что у нее нет полномочий утверждать увольнения, они есть только у "Надзора". Мак идет к "Надзору", который оказывается его отцом, Джеймсом. Джеймс хочет объяснить Маку, почему он не мог видеть его все эти годы, но сначала ему нужна помощь Мака в разрушении картеля его бывшего партнера в Мексике, который пытается создать наркотик, превращающий людей в лучших солдат. Джек присоединяется к ним после прибытия, пытаясь найти Мака. Вернувшись в Лос-Анджелес, Бозер узнает, что Лианна переходит на работу в Фонд Феникса. Пока Джеймсу, Маку и Джеку удается уничтожить лабораторию и вернуться домой, бывший напарник Джеймса сбегает и попадает в беду. Мак мирится с Мэтти, но затем говорит отцу, что увольняется, используя ту же фразу, что и Мэтти: "Я не могу работать на того, кому не доверяю".
Когда Мак с радостью начал новую жизнь, помогая деревне в Нигерии, его встречает отец, который сообщает ему, что Джек в беде. Появилось видео, на котором Джек работает с бывшим лидером Беларуси, которого он помог свергнуть и который теперь пытается собрать армию, чтобы вернуть свое положение. С помощью Бозера, Лианны и Райли Маку и его отцу удается найти Джека, но он оказывается в плену у нынешнего лидера Беларуси. После успешной миссии Мэтти говорит Джеймсу МакГайверу, что Фонду Феникс очень нужен его сын, и убеждает его уйти с поста надзирателя. Тем временем Джилл возглавляет расследование по поиску Мердока и впоследствии погибает от его руки.
Мак официально присоединяется к команде Феникса и просит возглавить попытку поимки Мердока. Вскоре он помогает Джеку и его старой команде Delta Force спасти своего товарища, который находится в бегах в Гондурасе после ложного обвинения в терроризме. В другом месте Мэтти поручает Лианне, Райли и Бозеру похитить мобильный телефон у криминального связного, находящегося в Лос-Анджелесе, зная, что в телефоне будут контакты преступного мира.
Мэтти заставляет Мака, Бозера, Райли и Лианну выдать себя за студентов колледжа, чтобы выяснить, кто вербует студентов Западного технического университета для невольного участия в террористических операциях с использованием новой технологии прозрачных бомб. Тем временем Джек подменяет Райли, подстраховывая Билли Колтона, который пытается заложить в воротник прыгуна из тюрьмы, но все идет не так гладко.
Пока Джек проходит допрос в ЦРУ по поводу его роли в Беларуси, а Лианна выполняет другое задание, Мак и Райли должны помочь цистерне с жидким кислородом добраться до детской больницы в Аджарии на юго-западе Грузии. Миссию осложняют повстанческие силы, блокирующие дороги, и преступники, которые хотят украсть ценное содержимое автоцистерны. Тем временем Райли пытается убедить Мака принять приглашение отца на обед.
Мак и Джек вместе с Джеймсом возвращаются в Мексику, чтобы попытаться захватить главаря картеля Луиса Гомеса, с конечной целью заставить Гомеса раскрыть местонахождение бывшего напарника Джеймса, Уолша. После захвата Гомеса и подготовки к его вывозу из страны, полицейский, чей член семьи был убит Гомесом, стреляет в него и убивает в отместку. В другом месте Бозер и Райли выдают себя за пригородную пару, которая только что поселилась напротив Дэниела Кеттнера, человека, подозреваемого в продаже американских секретов Китаю.
Мердок заставляет Мака помочь найти его сына, Кассиана, при этом он сообщает, что похитил девушку Мака, Нашу, и удерживает ее в качестве залога. Мердок заявляет, что его бывшая жена Эмбер сбежала из сербской тюрьмы и теперь пытается вернуть своего сына. Джек и Бозер работают над поиском Кассиана в Колумбии, пытаясь найти место, где держат Нашу. Эмбер дважды обманывает Мердока и сбегает с миллионами долларов, но к тому времени Мак уже спас Кассиана и арестовал Мердока. Мердок соглашается вернуться в федеральную тюрьму в обмен на то, что Феникс поместит Кассиана в защищенный дом.
После того как видный сенатор получает требование выкупа за компрометирующую фотографию на своем старом ноутбуке, он обращается за помощью к Мэтти, зная, что на компьютере находится еще более важный файл, касающийся сверхсекретного "Проекта Стрекоза". Мэтти отправляет Мака, Джека, Бозера и Райли на задание "иголка в стоге сена" в Гану, чтобы найти жесткий диск компьютера на огромной свалке электроники. Там они встречают 16-летнюю девушку, которая работает на безжалостного человека в операции по извлечению всего ценного из содержимого свалки. После успешного выполнения задания Мэтти в частном порядке просматривает видеофайл на восстановленном жестком диске. На видео ее муж, Итан Рейнс, объявляет, что 7 августа 2010 года он приступает к выполнению задания ЦРУ под глубоким прикрытием.
У Мэтти есть сведения, что бомбардировщик-призрак вернулся и замышляет крупную атаку. Она поручает Маку, Райли и Бозеру найти и захватить неуловимого преступника, а позже к ним присоединяется офицер британской разведки Эйлин Бреннан. Бреннан утверждает, что у нее есть личный интерес в поимке Призрака, поскольку он убил ее родителей, но позже Мак узнает, что Бреннан - ирландка и является дочерью Призрака.
Мэтти приказывает Маку, Джеку и Бозеру отследить исчезновение смертельного вируса из Центра по контролю за заболеваниями в Атланте. Погоня приводит команду в Румынию, где человек по имени доктор Лука планирует использовать вирус, чтобы отомстить за смерть своего брата в результате аварии на шахте. В другом месте Билли берет Райли в дорожное путешествие. После того, как по дороге он встречает угонщика, поездка заканчивается для Райли сюрпризом.
Мэтти раскрывает шокирующий секрет, что ее муж восемь лет работал под прикрытием в преступной организации; когда его статус агента ЦРУ раскрывается, Мэтти приходится обратиться к Макгайверу, чтобы найти и вытащить ее мужа, пока не стало слишком поздно. Команда отправляется в Индонезию, где Итан работает под прикрытием на террористическую организацию под названием S Company. После успешного выполнения задания команда узнает, что у Итана есть новая жена и маленькая дочь, которых он приобрел, чтобы сохранить свое прикрытие. Позже Мэтти говорит Итану вернуться к жене и ребенку, заявляя, что он нужен им обоим.
Мини-отпуск Мака и Джека обрывается, когда Григгс, участник первого задания Мака в составе DXS, похищает их и запирает в бетонной комнате в качестве мести за то, что они бросили его и другого агента во время неудачного задания в Джакарте. Мак инсценирует смерть Джека, чтобы раскрыть личность Григгса, и вырубает его. Тем временем Мэтти поручает Райли, Бозеру и Лианне украсть у принцессы в Милане бриллиант, закодированный с разведданными террористов. Бозер просит Лианну переехать с ним в новую квартиру, что знаменует следующий этап в их отношениях.
Мак и банда объединяются с Шарлоттой Коул, которая днем - мама, а ночью - мастер воровства, чтобы поймать преступника из преступного мира, известного как "Забор". Мэтти поручает Райли притвориться Шарлоттой Коул, чтобы выяснить, какое задание Забор приготовил для Шарлотты. Забор поручает Райли украсть грязную бомбу, спрятанную в кейсе, из Сильверволла в Москве. Мэтти угрожает Шарлотте помочь им предотвратить попадание грязной бомбы в руки "Забора" в обмен на то, что она не расскажет своей семье правду о своей деятельности. Для того чтобы пройти через все меры безопасности, им нужна помощь Шарлотты, но команда Феникса последовательно проникает в Сильверволл и находит грязную бомбу. Мак определяет, что бомба сделана из америция 241, и последовательно обезвреживает ее с помощью Шарлотты. Шарлотта дважды обманывает Мака и приковывает его наручниками к столу, а сама уходит с чемоданом. Команда находит самолет, на котором Шарлотта должна лететь обратно в Лос-Анджелес, чтобы передать чемодан в "Забор". Чтобы бомба не попала в руки домашнего террориста и не взорвалась на американской земле, Райли перехватывает обмен. Но поскольку Райли изначально выдавала себя за Шарлотту Коул, это заставляет Забора колебаться, когда их держат на мушке. Забор рассказывает, что у него в плену семья Шарлотты, чтобы определить настоящую Шарлотту Коул. Когда Райли собираются застрелить, Мак спасает ее с помощью трюка с горящей шиной.
Взяв с собой Бозера и Райли в дикую местность штата Вашингтон на тренинг по выживанию, Мак попадает в плен к группе преступников. Пока Райли и Бозер пытаются найти Мака без помощи техники, Мак остается в живых, уверяя воров, что может найти их украденный ящик с деньгами, который был смыт ураганом. В другом месте Мэтти и Джек получают убедительные доказательства того, что люди, которых Итан дважды обманул, работая под прикрытием, нашли его и его семью. Они предотвращают нападение и помогают Итану и его семье снова переехать, но в процессе жена Итана Дина узнает о его истории с Мэтти. Мэтти уверяет Дину, что Итан живет с ней и их ребенком, и говорит, что не будет пытаться вернуть его.
Алонзо Олвера, международный торговец оружием на черном рынке, предлагает сдаться и предоставить Мэтти детали своей операции, если она обеспечит ему безопасный въезд в США, чтобы проводить его единственную дочь к алтарю в день свадьбы. Мэтти соглашается, но просит Мака, Джека, Райли и Бозера выдать себя за гостей свадьбы, чтобы убедиться, что Алонзо не попытается сбежать. Вооруженные бандиты, которые, как предполагается, являются разъяренными клиентами Алонзо, ворвались на свадебный прием. После их захвата выясняется, что Алонзо был убит с помощью инъекции цианида. Мак догадывается, что за нападением стоит гость свадьбы, очень близкий Алонзо. После успешной поимки преступника Джек сообщает группе, что он отправляется на бессрочное задание по уничтожению международного террориста Тиберия Ковача, который, как считалось много лет назад, погиб в результате взрыва, но на самом деле жив.
После неожиданного знакомства с новобранцем Феникса, Дези, Макгайверу и его команде поручают охранять собаку-ищейку, за голову которой назначена награда. Во время противостояния с громкой стрельбой собака убегает. Теперь команда должна найти его до того, как кто-то получит награду. Они находят собаку, но не раньше, чем ее и ее дрессировщика забирают люди, объявившие награду. К счастью, люди, объявившие награду, не хотят убивать собаку, а используют ее и ее дрессировщика, чтобы найти бреши в своей операции. Это дает время Маку, Дези и команде спасти их.
Феникс должен вернуть тело пилота, самолет которого разбился во время испытания экспериментальной системы лазерного картирования, разработанной Макгайвером. Оказывается, что пилот жив, но с незначительными травмами, поэтому миссия превращается в поисково-спасательную. Маку и Дези удается найти пилота и скрыться от местных властей, а затем найти и арестовать человека, который саботировал самолет пилота. Вернувшись домой, Райли пытается установить личность хакера, который обманом заставил команду спецназа арестовать ее и Элвуда в доме Райли. Мэтти и Райли обнаруживают, что под угрозой оказалась не только личная информация Райли, но и всех сотрудников "Феникса", за исключением Дези. Теперь они должны выяснить, кто и зачем слил их файлы, пока не стало слишком поздно.
Мак, Райли и Дези отправляются в Гренландию, где бесследно исчез человек, работающий в особо охраняемом международном хранилище семян. По прибытии команда обнаруживает мертвое тело и пропажу одного пакета семян из северокорейского ящика. Семена предназначены для стручка гороха, из растения которого можно синтезировать смертельный яд. Подозревая террористический заговор, команда в конце концов находит сбежавшего Артура, но узнает, что вместо этого у него есть мотив мести. Дома Мак поручает Бозеру и Лианне следить за его отцом, подозревая, что тот что-то скрывает. Позже Мак находит отца в больнице, где его лечат от рака.
Феникс узнает об убийстве, которое, по всей видимости, совершил Николас Хелман, предположительно ранее убитый Мердоком. Узнав, что Хелман был нанят для убийства членов гонконгского картеля, которые планировали выдать государственные улики, команда отправляется на черный сайт "Феникса", чтобы обратиться к Мердоку за помощью в поиске своего бывшего наставника. Выясняется, что нападение на картель было спланировано самим Мердоком, который использовал визиты своего сына, чтобы взломать систему безопасности черного сайта и заманить к себе Хелмана. Во время потасовки между Мердоком, Бозером и Хелманом, Бозер и Хелман были застрелены, а Мердок сбежал. Однако позже Мердока ловят Мак и его отец. В качестве дополнительного наказания Мердока заставляют делить соседнюю камеру с Хелманом, который выжил после выстрела, как и Бозер.
Лишившись связи с Фениксом из-за того, что их мобильные телефоны были потеряны во время потасовки в Боснии, Мак и Дези случайно находят грузовик, упавший в воронку, в которой оказалась семья и тяжело раненный пограничник. Помогая семье выбраться из опасности, Мак узнает, что они сирийцы, а пограничник был застрелен бандитами, пытавшимися не пустить сирийцев в страну. Вернувшись в Лос-Анджелес, Бозер радуется тому, что отец Мака разрешил ему водить его новый служебный автомобиль со всеми наворотами. Но, нажав на тормоз, чтобы завести машину, Бозер понимает, что привел в действие бомбу, которая взорвется, если он отпустит тормоз. В конце концов Райли отключает бомбу, взломав CAN-шину автомобиля, но теперь Феникс должен попытаться выяснить, кто хочет убить Надзора.
Узнав об исчезновении молодой пары в Боготе, Джеймс отправляет Мака, Дези, Райли и Бозера на их поиски, после того как госдепартамент отказывается помочь из-за участия пары в опасном и незаконном испытании "Не хочу". После прохождения одного из испытаний ситуация меняется, когда команда понимает, что торговцы людьми использовали испытания "Нет-нет" для охоты на участников. Тем временем, после модернизации робота Спарки с помощью программы анализа эмоций, Бозер и Райли обнаруживают, что Мак и Дези нравятся друг другу, что заставляет Бозера беспокоиться за своего лучшего друга.
После того, как бывший муж Мэтти, Итан, обращается к ней с просьбой помочь ему спасти жену и дочь от его старого босса, она выходит из сети, чтобы украсть секретный список оперативников в качестве выкупа, в результате чего Итан похищает директора ЦРУ. Мак, Дези и Бозер также выходят из сети, чтобы помочь найти семью Итана до получения выкупа, но им удается найти только жену Итана, но не его дочь. Им удается потянуть время, когда появляется Джеймс и помогает им уничтожить главаря преступников, спасая дочь Итана. Однако из-за своих действий против ЦРУ Итан попадает в тюрьму за измену. Тем временем Райли отправляется в Париж, чтобы помочь Билли и маме Колтон поймать двух международных преступников, скрывающихся от правосудия за участие в террористической деятельности. Однако Райли обнаруживает, что Билли изменял ей. Хотя миссия прошла успешно, она расстается с Билли, так как больше не может ему доверять.
Сложная бомба привлекает команду "Феникс" и саперов и приводит к тому, что старый друг Мака Чарли оказывается в заминированном лифте. Выясняется, что устройство - дело рук Эллиота Мейсона, бывшего офицера спецназа, перешедшего на сторону преступников. Мак делает все возможное, чтобы обезвредить мину-ловушку, но Мейсон предугадал его действия и предлагает Маку выбор: спасти друга или позволить сотне невинных людей погибнуть от другой бомбы, которую он установил. Чарли жертвует собой, чтобы освободить Мака от ответственности, после чего Мейсон раскрывает свою обиду на Джеймса Макгайвера за то, что тот приказал провести операцию по эвакуации, в результате которой погиб сын Мейсона. В результате он говорит, что будет продолжать мучить Ангуса Макгайвера, заставляя его делать мучительный выбор. Джеймс признается сыну, что действительно отдал приказ о проведении операции по эвакуации, но это было сделано для спасения самого Ангуса.
Бывший агент MI6, ставший частным военным подрядчиком, Расс Тейлор нанимает бывших членов фонда "Феникс" Мака, Райли, Бозера, Мэтти и Дези для поиска биооружия, которое, вероятно, будет использовано для разрушительной атаки на крупный американский город. Человек, ответственный за оружие, Мартин Бишоп, раскрывает таинственную организацию, которая планирует многочисленные катастрофы, чтобы привлечь внимание мировых лидеров. Затем Бишоп убивает себя с помощью ядовитой таблетки. После того как Мак и команда успешно останавливают оружие, чтобы оно не причинило вреда, Тейлор предлагает перезапустить Фонд Феникса как частную организацию.
Генерал министерства обороны Джон Акоста нанимает Макгайвера, чтобы выкрасть из военной лаборатории засекреченный проект и найти недостатки в его защите. Но когда выясняется, что генерал планирует атаку с использованием этого оружия, команда должна остановить Акосту до того, как оружие будет загружено, а также попытаться спасти похищенных дочь и внука генерала. Когда двое спасены, похититель убивает себя, узнав о своей связи с группой Мартина Бишопа. Тем временем Райли выражает беспокойство по поводу разрыва Мака и Дези, ссылаясь на то, что у группы есть "проклятие Феникса" в отношении отношений. На самом деле у Райли уже есть другой парень, о котором никто не знает, кроме Мэтти.
На борту своего самолета Макгайвер и команда обнаруживают частный самолет, в котором у пилота, летевшего с маленьким сыном, случился сердечный приступ. Мак и Дези поднимаются на борт самолета в середине полета и обнаруживают, что произошла чрезвычайная медицинская ситуация. Во время спасательной операции Расс и Мэтти расходятся во мнениях о том, кто из них обладает высшим авторитетом в принятии критических решений во время активной операции. Позже Расс соглашается, что Мэтти более компетентен в этом вопросе.
Когда в деревне в Германии взрывается здание, Мак обнаруживает, что причиной взрыва была неисправная бомба времен Второй мировой войны. Мак находит другую бомбу, которая еще не была взорвана, и они с Райли пытаются извлечь ее, не приведя в действие. Тем временем Дези пытается спасти одну из жертв, оказавшихся под завалами, а Расс обеспокоен ролью Бозера в команде. Мак наконец-то узнает, что Райли с кем-то встречается. Он также намекает на свои чувства к Райли. Позже они узнают, что таинственная организация была создана в 1940-х годах под названием "КОДЕКС".
Команда, наконец, играет против CODEX, планируя уничтожить их источник дохода, "Торговца", который подстраивает женские футбольные матчи в Милане, Италия. Дези работает под прикрытием в качестве члена футбольной команды, и Торговец заглатывает наживку, попросив ее устроить игру. Команда узнает, что Торговец собирается встретиться с лидером CODEX, "Титаном". Расс хочет добраться до Титана, но все портится, когда Торговец устанавливает в Дези электронный чип, который будет бить ее током, если она намеренно не пропустит пенальти. Мак придумывает способ спасти Дези, пока остальные члены команды пытаются поймать Торговца и Титана. Они спасают Дези, но Торговец и Титан сбегают. В конце концов, они шокированы, узнав, что Титан оказался Мэтти.
Команда решает, что Мэтти не "Титан", и узнает, что CODEX взломал их серверы, чтобы подбросить фальшивые улики. Находясь в самолете, Расс слушает голосовое сообщение от своей бывшей возлюбленной Эмилии, которая просит его о помощи. Он узнает, что Эмилия была похищена теми же восточноевропейскими повстанцами, с которыми он сражался во время службы по контракту. Тогда он отправляет команду "Феникс" в маленький, бедный городок по ту сторону украинской границы, чтобы спасти Эмилию и навсегда избавить город от повстанцев. В конце концов, команда спасает Эмилию и прекращает незаконную деятельность повстанцев, после чего Расс платит повстанцам, чтобы они покинули город.
Мак и Дези становятся свидетелями убийства владельца ресторана китайскими киллерами из Триады во время двойного свидания с Райли и ее парнем Обри. Киллеры похищают Райли и Обри из-за долга в 2 миллиона долларов, когда Обри признается Райли, что он совладелец ресторана. После того, как Обри видит, что его счета опустошены, Райли говорит, что может использовать свои хакерские навыки, чтобы найти деньги. В конце концов, Обри расстается с Райли из-за ее нечестности в отношении работы, и переезжает к Маку. Тем временем Мэтти навещает Джеймса МакГайвера в его больничной палате, чтобы рассказать ему о ситуации с CODEX. Он советует ей найти что-то под названием "Файл 47", который он описывает как "конец света".
Когда Мейсон появляется вновь, Мак и его отец должны отложить свою вражду и поймать его раз и навсегда, но вскоре они понимают, что это было подстроено CODEX, что заставляет всех троих работать вместе, чтобы спастись. Они попадают в руки CODEX и наконец встречают "Титана", который оказывается тетей Мака, Гвендолин "Гвен" Хейз, бывшим агентом DXS, считавшимся убитым. Она объясняет, что состояние мира вынудило ученых "играть в Бога" и уничтожить четверть населения Земли, чтобы сохранить ее долгосрочное будущее. Она пытается убедить Мака присоединиться к ней, но ей это не удается. Мейсон и Джеймс разрабатывают план уничтожения этого места после того, как Мак окажется в безопасности, но Джеймс вынужден вручную привести в действие взрывное устройство и считается погибшим. Мак выживает вместе с Мейсоном, который затем снова спасается бегством. Тем временем "Феникс" попадает в засаду ЦРУ, которое узнало, что Мэтти наводил справки о Файле 47. Помешав ЦРУ, Мэтти наконец рассказывает команде о Файле 47, заявляя, что все, кто работал над ним, считаются погибшими, кроме одного: Гвен.
Когда в округе Лос-Анджелес происходит отключение электричества, Райли обнаруживает, что "N3MESIS", старый код, разработанный ею и двумя ее друзьями-хакерами, Каем и Пейтон, используется для взлома атомной электростанции. Райли разыскивает Пейтон, чтобы получить главный ключ. Райли удается перезагрузить компьютеры электростанции, но во время перезагрузки кто-то захватывает компьютеры и запускает последовательность действий, приводящую к аварийному отключению. Пока Мак и команда разрабатывают устройство для охлаждения активной зоны и выигрывают время, Райли и Дези находят Кай, которая была поймана на видео за взломом энергосистемы округа. Кай говорит, что ей заплатил некто, оказавшийся Пейтон, которая организовала атаку, чтобы выявить слабые места в системе безопасности станции. Хотя они спасают город от катастрофы, Мак вынужден пожертвовать жизнью начальника электростанции, когда тот пытался вручную закрыть азотные трубы. Райли навещает Кай в тюрьме и благодарит ее за помощь в уничтожении Пейтон. Мак и Расс смотрят видео, которое Джеймс МакГайвер оставил на случай своей смерти. Он дает им строку цифр, после чего USB-накопитель и ноутбук самоуничтожаются.
Команда узнает, что секретный код, оставленный Джеймсом, ведет к адресу отдаленного дома, где сам Никола Тесла строил супероружие. Когда КОДЕКС устраивает засаду в старом доме, это приводит к тому, что Мак теряет кратковременную память. Мак проходит опасную процедуру лечения памяти, которая переносит его в дом 1920-х годов, где он встречается со старым школьным хулиганом, начальником электростанции, который был принесен в жертву (из предыдущего эпизода), Томасом Алвой Эдисоном, Александром Грэмом Беллом, своей матерью Эллен (которая, как он узнает, поддерживала Файл 47), и даже со своим злым "я", прежде чем он встречается с Теслой, чтобы получить ответы на вопросы, которые потеряла его память. Тем временем Расс, Дези и Райли работают без Мака, чтобы найти супер-оружие раньше, чем это сделает CODEX. Они находят его в заброшенной шахте и узнают, что это тип электромагнитной лучевой пушки. Выздоровевший Мак связывается по телефону с командой и помогает им вооружиться и использовать оружие, что мешает всем солдатам CODEX, кроме Скарлетт, которая сбегает. Эпизод заканчивается тем, что Дези готовит ужин для Мака у себя дома, а Мак смотрит в окно и видит, как ему улыбается его злое "я".
Захватив Торговца в Китае, Феникс накачивает его наркотиками и привозит в Лос-Анджелес, где Расс придумывает сложную симуляцию, чтобы заставить Торговца думать, что он находится в китайской тюрьме с Маком в качестве сокамерника. Притворившись, что тетя Гвен убедила его присоединиться к CODEX, Мак пытается заставить Торговца раскрыть местонахождение их бункера. Однако Торговец раскусил симуляцию и передал закодированное сообщение в CODEX, которые планируют штурмовать здание. После кровавой битвы Торговца увозят на машине, но выясняется, что его похитители - Расс и Бозер. Расс рассказывает, что они перехватили CODEX раньше, а битва, свидетелем которой стал Торговец, была инсценирована. Райли понимает, что ей нравится Мак, о чем знает Бозер. Позже Мак навещает заключенного Торговца и спрашивает, как тот почти поверил в то, что Мак решил присоединиться к CODEX. Торговец говорит, что Мак, похоже, действительно сомневался в своих идеалах.
Расс ставит под сомнение лояльность Мака, когда биологическая обратная связь показывает, что он не лгал в разговорах с Торговцем. Мак настаивает, что он играл роль, но Дези тоже что-то подозревает. Расс и Мэтти посещают Белый дом, чтобы заручиться поддержкой военных и навсегда остановить КОДЕКС. Мак категорически не согласен с запланированным ракетным ударом, зная, что в комплексе CODEX находятся дети и невинные люди после разговора с Гвен. Гвен также узнает, что мать Мака умерла не от рака, а была убита правительством США. Мак уходит в отставку, уверенный, что лучший способ остановить CODEX - это присоединиться к ним и убедить их, что есть другие пути достижения их целей. Он берет Скарлетт из-под стражи, чтобы помочь ей проникнуть в комплекс, и позже к ним присоединяется Райли. По дороге они получают оружие Теслы "Шива" и используют его, чтобы помешать приближающейся ракете. Гвен приветствует Мака и Райли в CODEX.
В подземном комплексе CODEX Мак встречается с боссом Гвен - Лиландом. Мак и Райли получают задание на транспортировку, и, хотя их держат в неведении относительно планов группы, Мак догадывается, что у них есть какое-то ядерное устройство. По пути они сталкиваются с Рассом и Дези под дулом пистолета. Маку удается убедить их, что он по-прежнему на их стороне, но встречу фиксирует камера CODEX. Лиланд показывает запись Гвен и заявляет, что Мак и Райли будут убиты, когда доберутся до места назначения, вместе с членами команды Гвен. Маку удается убедить Гвен помочь ему спасти мир. Мак догадывается, что ядерная бомба будет использована для того, чтобы вызвать мощный вулкан, который находится под Йеллоустонским национальным парком, взорвав плотину и заставив воду спуститься по просверленному проходу длиной в тысячу миль. Он приходит к выводу, что они не могут удержать бомбу от взрыва, но он может отключить ядерную реакцию. К сожалению, его устройство синхронизации уничтожено во время потасовки, поэтому Гвен добровольно запускает устройство Мака вручную, жертвуя собой. Воссоединившись с Фениксом, Мак организовывает слушания в Сенате, на которых он представляет исследование своей матери об изменении климата.
Команда "Феникс" пытается найти Паулу Матос, которая работала в легальном бизнесе на международного торговца оружием Густаво Салазара, прежде чем он заставил ее перейти на сторону криминала. Они узнают, что ее, скорее всего, держат в отеле Zurich Grand Hotel, который на самом деле является прикрытием для международных преступников. После того как Мак и Расс убеждают Винсента Броули, сына владельца отеля, предоставить им доступ, Мэтти отправляет Дези и Рейли на проверку под видом киберпреступников. Мак и Расс в итоге следуют за ними, но Винсент дважды обманывает их, подвергая опасности всю команду.
После того как агент МИ-6, наставником которой был Расс, погибает, пытаясь не допустить попадания смертоносного биооружия в руки террористов, вся команда "Феникса" работает над планом его поиска, к которому добавляется еще один человек - известный взломщик Джесс Миллер. Не имея возможности совершить ограбление самостоятельно из-за протеза ноги, полученного в результате травмы в прошлом, Миллер получает задание обучить Дези. Несмотря на то, что сроки сдвинулись и ее обучение пришлось прервать, Дези справляется с заданием безупречно, но флакон с вирусом был перемещен. Это вынуждает команду использовать один из других навыков Миллера, в то время как Мак импровизирует.
После того, как Мак и Райли успешно добывают планы чемоданной ядерной бомбы, которую, как предполагается, заказал лидер CODEX Лиланд, за Рассом по дороге домой следят и похищают его. Расса заставляют снять видео, и Райли мельком видит солдата CODEX Романа, которого считают мертвым. Расс говорит, что CODEX хочет получить наемника по имени Эрик Эндрюс в обмен на свободу Расса, а вне камеры Лиланд заставляет Расса раскрыть местонахождение скипетра, который был у тети Мака Гвен перед ее смертью. Поскольку ФБР отказывается помочь, Мак и Дези вызволяют Эндрюса, известного в Юго-Восточной Азии как "Генерал Ма" (демон), из тюрьмы, где он находился с 1985 года. После того, как Эндрюс становится союзником, Мак и Дези спасают Расса. Вернувшись домой, Расс обнаруживает, что сказал полуправду о местонахождении скипетра, затем раскрывает его команде и показывает, что он содержит электронные файлы всех планов CODEX.
После того, как Мак и Дези навещают родителей Дези, они узнают, что брата Дези, судмедэксперта, заставляют зарегистрировать смерть жертвы убийства как самоубийство. Люди, сделавшие этот запрос, угрожают убить его родителей, если он не будет сотрудничать. Хотя настоящая профессия Дези остается загадкой для ее семьи, она уверяет брата, что она и Мак могут помочь. В другом месте Расс и Мэтти посещают церемонию награждения, где пытаются завербовать подростка-гения. Вскоре после этого они замечают, что за подростком следят агенты ФБР. Чтобы выяснить, кто из агентов мог выйти на свободу, они неохотно обращаются к Эллиоту Мейсону, который, как выясняется, имеет связь с подростком.
Тело Джека Далтона возвращают в США после того, как он был убит во время преследования международного террориста Тиберия Ковача в Загребе, Хорватия. Считается, что Ковач скорее взорвал себя и Джека, чем был пойман. У команды мало времени для скорби, так как Мак получает закодированную открытку, которую Джек приказал отправить после его смерти. Открытка написана под псевдонимом Джека "Оззи Ульрих" и содержит упоминание о "пустыне зеркал", которое Расс распознает как код для обмана. Команда отправляется в Загреб, где их обманывает местный связной Аня Витез, которую Расс знает по работе в британском консульстве в Хорватии. Вскоре они узнают, что Тиберий Ковач никогда не существовал, а был создан Аней для прикрытия ее преступных предприятий.
Пока Мак, Бозер и Райли находятся в карантине в доме Мака, они сталкиваются с теневым бизнесом в доме соседей. Мака догоняет бандит, и он узнает от соседей, что их сын, который руководит клининговым бизнесом, занимающимся дезинфекцией закрытого торгового центра, подвергся угрозам со стороны банды бандита. Мак догадывается, что преступники планируют выдать себя за команду уборщиков и ограбить ювелирный магазин в торговом центре. Освободившись, он вызывает Дези, чтобы тот помог Бозеру, Райли и ему самому сорвать ограбление и покончить с угрозой. Тем временем случайная интрижка между Рассом и его бывшей коллегой Софией превращается в 28-дневный карантин. София обнаруживает, что Расс проводит исследование старого сокровища, и позже он узнает, что София сделала фотографии исследования и скрылась.
Мак тайно работает со своим другом по колледжу Фрэнки и двумя другими коллегами над созданием лекарства от рака с использованием редкого змеиного яда. Маку звонит Дези, которая все еще испытывает проблемы с доверием после миссии CODEX и преследует его, и он выходит на улицу, чтобы все ей объяснить. Вернувшись в лабораторию, они обнаруживают, что она разграблена, два лаборанта мертвы, а Фрэнки пропал. Вскоре они узнают, что змеиный яд может быть использован в качестве биологического оружия. Далее начинается гонка на время, в которой участвуют Феникс, Министерство обороны и посредник, предавший свою страну, чтобы получить большую плату от преступного элемента. Позже Мэтти узнает, что агент-изгой был оплачен CODEX.
Феникса посещает бывший член команды "Гавайи 5-0" Джерри Ортега, который когда-то помогал Маку и известен своими теориями заговора. Ортега обнаружил несколько попыток вербовки CODEX, которые, по его мнению, могут представлять ценность. Однако Мак и Дези отвлекают Мэтти от дела, и это дело - личное. Ее друг и бывший наставник, герой холодной войны, сообщил о странных заболеваниях среди своих сотрудников. Вернувшись домой, Ортега узнает о запросе на бомбу от CODEX, и Расс понимает, что Джерри - лучший человек, чтобы выдать себя за изготовителя бомбы. Во время встречи Рассу и Бозеру удается захватить четырех членов CODEX, а Ортега выхватывает у одного из них флешку. Из флешки Расс узнает, что вербовочные усилия CODEX более масштабны, чем все думали.
Команда "Феникс" узнает, что два американских солдата, перевозившие через Узбекистан жесткий диск с данными Министерства обороны, находятся в опасности. Когда Мак, Райли и Дези прибывают на место, они с удивлением видят американца, возглавляющего группу, которая пытается украсть жесткий диск. Мак предпринимает очень рискованный шаг, чтобы не допустить передачи разведданных, в результате чего у Дези и остальных складывается впечатление, что он пытается предотвратить гибель друзей после трагедии с Джимми, Гвен и Джеком. Расс и Бозер получают информацию, что за кражей жесткого диска может стоять лидер CODEX Лиланд, но, выяснив, где он находится, они находят его мертвое, обгоревшее тело. Расс приходит к выводу, что причина того, что в последнее время в CODEX происходит так много случайных действий, заключается в том, что многочисленные члены и фракции борются за то, чтобы занять место лидера.
Планы Мака сделать предложение Дези прерываются, когда Мэтти и Расс узнают, что сообщение по всему КОДЕКСу пришло из Мехико. Когда Мак, Дези и Райли прибывают на место, Мак узнает, что Мердок руководит всем, а позже выясняется, что Эрик "Генерал Ма" Эндрюс (Эп. 5.3) вывел Мердока из темного сайта. Когда Дези и Райли задержаны, а Мак загнан в угол, группа узнает окончательный план, поскольку начинается веб-встреча с лидерами всех ячеек CODEX: Эндрюс планирует убить Мака на камеру, чтобы обеспечить его избрание вместо Лиланда в качестве лидера CODEX. Во время этого убийства Мердок раскрывает несколько больших секретов, которые он узнал в Фениксе, например, чувства Райли к Маку и трагические новости о Лианне, которые Расс скрывал от Бозера.
Когда лидер группы борцов за свободу в Республике Сербской пропадает без вести, Мак и Райли отправляются туда на его поиски, но узнают о существовании крупного подпольного синдиката, который использует нанотехнологии для слежки за протестующими. Оба должны спасти протестующих, в то время как Расс работает над тем, чтобы отключить программу слежения, разработанную бывшим профессором МИ-6, которого он знает по своему прошлому. Работая со своим новым помощником Паркером и "исполняющим обязанности директора" Бозером (названным так потому, что Мэтти занят в Вашингтоне), Расс успевает помогать Маку и Райли, пока Дези выполняет отдельное задание в Андах. Все это происходит под присмотром министра обороны Великобритании, которая находится здесь благодаря соглашению о сотрудничестве между американским министерством обороны и британским министерством. Первоначально она отказывается работать с "Фениксом", потому что ее всегда обходит стороной Расс. Она меняет свое мнение после того, как становится свидетелем выступления всей команды "Феникса". Хотя они с Райли добиваются успеха, Мак позже обнаруживает китайские серийные номера в наноустройствах слежения.
Мак, Дези и Расс работают под прикрытием на королевской индийской свадьбе, чтобы защитить принцессу, чьим целям противостоят многочисленные группировки. Однако реальная угроза оказывается гораздо ближе. Там же Расс сталкивается с Софией и расспрашивает ее о том, почему она внезапно ушла, когда они были в карантине. В конце концов София признается, что заинтересована в поисках сокровищ инков, которые Расс исследовал на протяжении десятилетий. Вернувшись домой, Мэтти и Паркер пытаются выяснить источник нано-трекеров, которые все еще находятся внутри Мака и Райли. Кроме того, Бозер начинает подозревать Райли, когда видит доказательства того, что она снова подключилась к своей старой хакерской сети.
Когда старинный автомобиль, связанный с бывшим главой мафии, был найден в сарае, Мак и Дези отправляются в Италию, чтобы найти автомобиль и доказательства того, что глава мафии не умер, но их миссия идет наперекосяк, когда их обвиняют в убийстве местная полиция и их капитан (у которого есть история отношений с мафией), и все становится еще хуже, когда вскоре они обнаруживают, что обе руки Мака парализованы из-за побочных эффектов нанотрекера внутри него и Райли, хотя Мэтти с этим не согласен. Мак и Дези встретились с Рассом и Райли в Сан-Марзано и с помощью местной группы механиков устроили в городе автошоу, чтобы вычислить главу мафии. Хотя все пошло наперекосяк из-за капитана итальянской полиции, в конце концов они все же поймали главу мафии. В конце эпизода, когда Мэтти занята наблюдением за дилером нанотрекера благодаря тому, что Райли взломала веб-камеру дилера, она увидела, как дилера застрелили и убили прямо перед тем, как убийца отключил передачу.
Мак, Дези и Бозер посещают дом родителей Бозера, узнав, что тетя Бозера Памела скончалась, когда ее автомобиль съехал с дороги в реку. Мак обнаруживает, что Памела проглотила необычное количество хлора, что указывает на то, что сначала она утонула в другом месте. Мак и Дези рассматривают возможность того, что Памела собиралась раскрыть тайну, связанную с городским водоснабжением. Тем временем Бозер пытается защитить свою мать, Лауретту, после того как погоня убеждает его, что она - следующая цель. Вскоре Лауретта узнает, что Памела тайно отправила ей улики на преступников. В другом месте Райли расследует деятельность компании, изготовившей нано-трекеры, посещая основателя, доктора Баско Фокса, под видом поиска работы. Позже она использует свою хакерскую группу, чтобы вынести улики из здания без разрешения Мэтти или Расса. На найденных записях камер наблюдения видно, как уволенный сотрудник крадет материалы по пути к выходу.
Команда узнает, что Орсон Маркато стоит за кражей нано-трекеров, которые находятся внутри Мака и Райли. Во время предварительной проверки фактов Мак и Райли исчезают на один день. Позже их находят на кукурузном поле, они ничего не помнят о последних 24 часах. Упражнения на память (а затем и видеодоказательства) приводят их к выводу, что они были объектами экспериментов, чтобы выяснить, можно ли манипулировать нано-трекерами, чтобы контролировать их физические действия. Ассистентка Маркато схвачена и допрошена, и она обнаруживает, что за экспериментами стоит правительство США. Мэтти подтверждает это во время встречи в Вашингтоне, когда команда спешит предотвратить внедрение нанотрекеров в сотни американских солдат и их семьи на митинге в Вашингтоне. После успешного предотвращения этой угрозы Бозер предлагает способ удаления трекеров с помощью кислорода и давления в гипербарической камере. Это удается, и Мак и Райли возвращаются к нормальной жизни. Однако вскоре Мак встречается с командой "Феникса", чтобы объявить о своей отставке, заявив, что если его собственное правительство может проводить эксперименты без разрешения, то он не может в этом участвовать. Его коллеги следуют его примеру и подают в отставку, пока Расс и Мэтти не объявляют о своих планах сделать "Феникс" полностью частной организацией, которая откажется от любых правительственных контрактов и будет работать только над делами по собственному выбору. Это возвращает всех в строй.