Получив распоряжение по резервной правительственной линии на выпуск ракет в сторону Пакистана, управляющий ядерной подводной лодкой «Колорадо» капитан Чаплин нарушает протокол, пытаясь получить подтверждение приказа по главной линии, что приводит к непоправимым последствиям. Пытаясь выбраться из сложившейся ситуации, Чаплин направляет лодку к ближайшим островам, где начинается противостояние между членами команды, правительством США и местными островитянами. Между тем защитившись от очередной попытки Штатов разобраться с предателями, Маркус посылает в Вашингтон не только ответный подарок, но и обращение к правительству.
Чтобы защититься от пребывающих к островам боевых кораблей, Чаплин задействует новый прототип, позволяющий подлодке стать невидимой для вражеских судов. Между тем жену старпома Сэма Кендала Кристин пытаются склонить к сотрудничеству, Кайли Синклер получает новости о будущем своей разработки, а ситуацией с «Колорадо» начинает интересоваться не только правительство Штатов. Лейтенант Грэйс Шепард же продолжает испытывать на себе дискриминацию и агрессию от пособников Джозефа Проссера.
Среди членов команды нарастает беспокойство, что выливается в невыполнение приказов руководства, однако благодаря начавшимся поискам трех пропавших членов экипажа Чаплину удается достигнуть перемирия с Проссером. След пропавших военных приводит Маркуса к местному авторитету Джулиану Серра, который предлагает обмен заключенных на доставку на остров важного груза, в попытке перевезти который подлодка едва не попадает под огонь окруживших остров военных кораблей. Между тем адмирал Шепард просит Синклер содействия в поиске правды насчет Колорадо, однако кража материалов о системе Персей из ее дома приводит женщину в отчаянье.
После публичного обвинения Чаплина и Кендала в государственной измене, Маркус, надеясь, что этот шаг погасит волнения среди подчиненных, выпускает приказ, согласно которому каждый член экипаж волен выбирать – останется ли он в команде или покинет судно. Однако, ситуация осложняется после того, как один из военных совершает покушение на жизнь капитана, как оказывается впоследствии, по посланному в обход Маркуса с Сэмом приказу министра обороны США. Несмотря на опасную ситуацию, Чаплин не собирается сдаваться или показывать слабость, что вскоре едва не приводит к подрыву судна. Между тем Тани знакомит Кинга с историей своей семьи, Софи делится с Сэмом секретом острова, а Кристин отвечает на нападки журналистов.
Капитан со старпомом готовятся к прибытию министра обороны Уильяма Карри, когда из строя выходит часть островной системы обнаружения кораблей, для ремонта которой нужно спуститься на глубину в почти 100 метров. Ответственной за исполнение задания назначается Грэйс Шепард, вскоре оказавшаяся в весьма непростой ситуации, где любая ошибка может грозить смертью всему экипажу. Тем временем Джеймс совершает невозможное, а Синклер просит у Кристин помощи в выведении похитителей информации на чистую воду.
Узнав, что кто-то отравил единственный источник воды на острове галлюциногенным токсином, командир Чаплин с половиной экипажа уводит лодку на глубину, в то время как оставленный за главного Кендал пытается разобраться в ситуации и найти виновного в отравлении, а также человека, укравшего все антидоты из больничного пункта. Борясь с галлюцинациями и мучимый виной по отношению к жене Сэм встречает находящегося в сознании члена команды, которого не может узнать, в то время как единственные оставшиеся в строю Маркус с Грэйс пытаются ликвидировать пожар в машинном отделении, в ходе чего у капитана похищают важную вещь.
Пока Маркус с Сэмом охотятся за предателем и вором в их рядах, дерзкое поведение Проссера провоцирует местных бандитов на ответную агрессию. Подозревая Софи в возможном предательстве, Кендал обнаруживает не только результаты ее опытов, но и запечатленное на видео недавнее происшествие, а полученные от заложника сведения раскрывают мужчине планы сопротивления на его счет. Тем временем в Штатах Кристин с помощью Кайли приводит в исполнение первые этапы их совместного плана, а Кортес делится с Грэйс правдой о произошедшем в плену.
Надеясь на налаживание хороших отношений между военными и коренным населением, Чаплин организует спонтанный День Благодарения, однако на следующий день одному из его подчиненных выдвигают обвинения в изнасиловании местной девушки. Защищать сослуживца назначают лейтенанта Шепард, которой предстоит нелегкое разбирательство, выуживающее на поверхность воспоминания из ее собственного прошлого. Между тем Кендал вынужден объединиться с Бутом ради вычисления местоположения источника шпионского сигнала, в ходе чего мужчина вспоминает о перенесенных им пытках, а Маркус тем временем прорабатывает план по экстренной замене важного члена его команды.
Синклер не только сообщает Сэму о его супруге на прибывающем корабле, но и просит того об услуге ради борьбы, которую она начала против правительственных махинаций. Между тем судно с родственниками военных захватывает пакистанский адмирал, ставящий Чаплину ультиматум, ценой за невыполнение которого оказываются жизни близких и родных членов команды, Кинг вспоминает события, приведшие к инциденту, переросшему в мировую катастрофу и напрямую относящиеся к тому, что происходит на мирном корабле, а у Маркуса тем временем появляется подозреваемая в шпионаже.
Чтобы вернуть Кристин Сэм и Джеймс отправляются в Манилу, где заручаются поддержкой обосновавшегося там морского котика, который оказывается не так прост, как кажется на первый взгляд. На место старпома заступает лейтенант Шепард, которая вместе с Чаплином встречает китайскую делегацию, глава которой предлагает Маркусу защиту, продовольствие и всяческое содействие в обмен на возможность открыто заявлять о оказываемой команде поддержке. Тем временем в строй возвращается Проссер, о причине пропажи которого узнает Грэйс, у Синклер появляется шанс получить нужные ей сведения неожиданным способом, а капитану приходится прибегнуть к неординарным мерам для восстановления дисциплины в строю.
Попытка Софи поддержать Сэма оказывается тщетной из-за более чем прохладной реакции последнего, в то время как Серра выдвигает женщине заманчивое предложение. Кортес получает задание, в выполнении которого она не уверена, Кендал ставит под сомнения действия Чаплина, что вынуждает того отстранить старпома от работы, а Синклер доносит полученные ведения до нужных людей. Между тем Маркусу приходится пойти на крайние меры, чтобы защитить судно с провизией от американского эсминца, Грейс принимает рискованное решение, а Сэм тем временем узнает о намечающемся бунте среди бывших сослуживцев.
Кайли при поддержке адмирала Шепарда готовится к государственному перевороту, используя в качестве аргументов видео-доказательства произошедшего в Пакистане. Если все удастся, это даст Чаплину и его команде возможность наконец-то вернуться домой, однако несмотря на увещевания Кендала Проссер не собирается откладывать собственноручно затеянный мятеж и захват власти. Между тем неизвестные взрывают продовольственное судно, а возвращение Тани заставляет Джеймса принять импульсивное решение, которое он вскоре вынужден поменять из-за ситуации на острове.
Пытаясь защитить периметр от прибывающих китайских судов, Чаплин с заключенным под стражу Сэмом спускается в лодку, где оказывается захвачен группой мятежников во главе с Проссером, однако вскоре ситуация на борту еще раз меняется. Между тем Серра при поддержке китайских дипломатов захватывает наземный пункт связи, вынуждая Софи предпринять рискованные шаги по спасению ситуации. Тем временем Кайли оказывается в непростом положении, когда узнает на кого на самом деле работает ее отец, и что нужно сделать для сохранения своей жизни и репутации.