Через 14 лет после казни главы дома Элов, Вала, и изгнания остальных членов семейства из гильдии единственный внук изменника и последний в роду, Сэг-Эл, зарабатывает нелегальными боями, не подозревая, что вскоре его жизнь изменится навсегда. Благодаря удачному стечению обстоятельств Дарон-Векс предлагает юноше стать частью его семьи и вернуться в привилегированные слои общества. В то же время встреча с незнакомцем из будущего открывает Сэг-Элу правду об исследованиях деда и заставляет принять убеждения погибшего ученого.
По совету Адама Сэг-Эл находит способ получить доступ ко всем научным данным, с помощью которых юноша делает пугающее открытие. Вместе с тем Сэг запускает созданную дедом программу, благодаря которой узнает больше о результатах исследования, что толкает его на смелое решение, неожиданно одобренное правительством. Между тем Лайта Зод, узнав о готовящейся зачистке безранговых, вызывает командира своего отряда на бой за право командования. Нисса совершает жест доброй воли, чтобы завоевать доверие суженого.
Найдя зонд Брейниака, Сэг-Эл приносит его на сканирование Валу, который рассказывает внуку о паразите-доносчике, прилетевшем на планету для сбора информации. Только, вот беда, паразит уже выбрался из зонда и нашел себе тело, обосновавшись внутри хорошей знакомой Кэма, Ром. Пытаясь остановить одержимую чужаком женщину, Сэг-Эл тайно заручается помощью подруги. Между тем Лайте-Зод приходится возглавить операцию, против которой она изначально выступала, а также пойти наперекор матери ради благого дела.
Узнав о недовольстве безранговых, правитель решает погасить их волнения перед очередной церемонией обновления, приказав обвинить и наказать за произошедшее кого-то из высших чинов. Пытаясь защитить любимую от сфабрикованных обвинений и спасти от казни, отчаявшийся Сэг-Эл обращается к Ниссе, которая, видя в этой просьбе возможность решить сразу несколько проблем, озвучивает отцу свое видение ситуации. Сэг же вскоре оказывается в руках тайных террористов, сообщивших юноше страшные вести, в то время как разведчик Брейниака находит себе гораздо более полезное тело.
Оказавшись перед непростым выбором между верностью и любовью к дочери, Джайна вспоминает о пути, который она прошла, чтобы завоевать право принадлежать к семейству Зод. Между тем Нисса продолжает добиваться желаемого, пытаясь манипулировать как чувствами необходимого ей союзника, так и решениями отца. Сег же, сбежав из заключения, попутно освобождает из плена незнакомку, которая непреднамеренно раскрывает юноше убежище своего народа, как оказалось, имеющего давние счеты с семейством Элов и не желающего так просто отпускать нежданного гостя.
В разговор Лайты, Сэга и генерала Зода вмешивается Адам, утверждающий, что последний является врагом Супермена. Однако доводы мужчины меркнут после того, как генерал рассказывает о судьбе Криптона и упоминает важные подробности истории этой планеты. Услышанное меняет отношение спутников к Стренджу и, оставив его под охраной, они отправляются на поиски могущественного оружия, способного остановить Брейниака. Тем временем шпион последнего выдвигает Оне предложение, а также решает внести изменения в церемонию, что ставит некоторых из заговорщиков в непростое положение.
Узнав, что за маской правителя скрывается пришелец, намеренный изменить порядки на планете, Дарон-Векс предлагает ему объединить усилия. В качестве доказательства своей преданности он выдает имена всех участников заговора и обещает немедленно их казнить. Услышав о его намерении, Сэг-Эл делает все, чтобы спасти Ниссу, в то время как Лайте-Зод предстоит принять нелегкое решение ради защиты близкого человека. Адам же обращается за помощью к Вал-Элу, в ходе чего раскрывает тому свои истинные намерения. А Сэг и его сообщники решают устроить диверсию во время церемонии закрытия, не подозревая, что у Брейниака имеются собственные планы на это торжество.
Вернувшись на Криптон, Адам пытается заручиться поддержкой Кэма, однако, когда тот сосредотачивает свое внимание на поисках Оны, Стрендж находит способ связаться с Дароном-Вексом, чтобы раскрыть тому глаза на происходящее. Тем временем команда Сэг-Эла, в попытках устранить шпиона Брейниака, заключает сделку с предводительницей террористической группировки, и, пытаясь помешать злодею уничтожить наследие планеты, использует небольшое преимущество для реализации задуманного. Джайна же, узнав больше о генерале, начинает подозревать, что его помыслы не так чисты, как она думала поначалу.
С помощью технологий Джакс-Ур получает от Дарона-Векса все необходимые ей сведения, в то время как тот пытается любым способом сбежать из плена. Лайте-Зод же предстоит сделать непростой выбор ради высшей цели, означающий предательство близких ей людей, которые делают свой ход, чтобы помешать их с генералом плану. Тем временем Сэг-Эл принимает смелое решение ради, возможно, последнего шанса спасти планету от захватчика, а Лайте открывается неожиданная правда о Вал-Эле.
Рассказав обо всем Сэг-Элу, генерал Зод с помощью технологий возвращает его деда в этот мир. Однако надежды, что тот укажет им, как одолеть Брейниака, оказываются тщетными. Тем временем Лайта с Ниссой тайно отправляются в Кондор, одна — возглавить армию и выступить против захватчика, а вторая — спасти единственное дорогое, что у нее осталось. В ходе миссии Ниссе открывается ужасная правда о своем прошлом, в то время как Зод с Сэгом придумывают новый план уничтожения злодея. Но удастся ли им это и что ждет планету впереди?
С тех пор как Зод захватил власть на Криптоне, прошло шесть месяцев. Лайта разыскивает Думсдэя, а Вал руководит сопротивлением. Брейниак пытается вырваться из Призрачной зоны, притворяясь другим человеком. Когда Адам обнаруживает Сэга, к ним присоединяется незнакомец.
Противостояние набирает обороты. Исчезают два скаута, а Лайта плохо себя контролирует, поэтому Зод поручает ей новое задание. Адаму предстоит сделать выбор между жизнью друга и возвращением на Криптон.
Повстанцы получают существенное преимущество в противостоянии с генералом Зодом. Тем временем Сег лицом к лицу сталкивается с Брайньяком, и эта встреча не сулит ничего хорошего, ведь может обернуться чем угодно.
Сэг и Адам возвращаются в Кандор, но город невероятно изменился за время отсутствия друзей. Вал и другие члены сопротивления планируют масштабное наступление, которое должно ослабить генерала Зода и подчиняющуюся ему армию.
Герои сталкиваются с последствиями неудачной атаки повстанцев: Адам и Кэм в заложниках у Лайты, Вал и Джакс вынуждены идти на переговоры. Когда события принимают неожиданный оборот, Зод вступает в игру. Сэгу придется объединиться с бывшим врагом, чтобы побороть генерала.
Разногласия лидеров восстания дают Зоду возможность манипулировать врагами. Обвиняемая в убийстве Джакс устраивает провокацию, и Валу придется выбирать между добрыми помыслами и выживанием повстанцев. Сэг, Джайна и Дев сталкиваются с последствиями смерти Лайты, а Нисса приступает к смертельно опасной миссии.
Зод начинает испытания прототипа нового оружия, которое поможет Криптону усилить свою власть в галактике. История происхождения обнаруженного монстра оказывается страшнее, чем кто-либо мог представить. Вал отправляет отряд на поиски притаившихся врагов, и противоречивые указания Кэма вызывают вопросы у подчиненных.
Зод пытается установить контроль над способностями Думсдэя, но генералу придется рискнуть своим ребенком еще раз, чтобы заполучить эту машину смерти. Джайна, Дев, Сэг и Нисса разрабатывают план, как остановить флот Зода и не дать ему уничтожить Сопротивление.
Генерал Зод вовсю готовиться к атаке на повстанцев, несмотря на предупреждение ученых о нестабильном состоянии Думсдэя. Сэгу и Ниссе придется сделать все возможное, чтобы предупредить друзей об опасности. Возвращение Лайты приводит к множеству эмоциональных встреч.
Будущее Криптона теперь поставлено на карту. Сег-Эль и команда готовятся к финальному сражению со своим главным врагом - генералом Зодом. Но, разумеется, планировать и победу над ним гораздо проще, чем действительно пытаться его одолеть. Кроме того, Лобо собирается вернуться, но, похоже, его больше интересует забота о собственной безопасности нежели попытки помочь кому-то еще.