Братья Лукас и Ричард спорят о технологии против природы и одобрения их отцов, а Царь обезьян оказывается посередине.
Когда двенадцатилетняя племянница Анита обнаруживает гигантскую Анаконду недалеко от своего дома в Мексике, Ричард решает превратить ее в бионического монстра, у которого есть новый молодой член команды, чтобы помочь ему спасти положение.
Ричард создает голографического Конга, чтобы подставить настоящего Конга в преступлениях, которые он и его помощник бионобот Ботила совершают. Нашим героям предстоит выяснить, что происходит, а затем найти способ отключить голографических двойников.
Ричард создает трио бионоклонов из ДНК Леди, *лигра, а Конг и компания должны спасти существ, пока их не продали в качестве дизайнерских питомцев и живого оружия. Не помогает и то, что новый генератор камуфляжа Конга вылетает в самый неподходящий момент.
Машина Эми падает с моста Золотые Ворота, но наши герои подозревают, что это не было случайностью - скорее, Ричард похитил ее. Конг, Лукас, Джонси, Дэнни и Панчи отправляются на ее спасение, и вскоре, несмотря на ложные следы и ловушки, расставленные Ричардом и Ботилой, они возвращаются на остров Конг, проникают в лабораторию, находят Эми и сбегают.
Под предлогом заботы о природе и продолжения мечты своего отца Ричард воссоздает на острове Конг африканские джунгли (Диораму), щедро раздавая всем детям очаровательных игрушечных обезьянок. Вскоре наши герои узнают, что истинное предназначение игрушек далеко не благородное.
После того, как комиссару Декеру не удается найти Конга в красных лесах, Ричард переносит сознание неохотно сопротивляющегося Ботилы в тело Ти-Рекса, чтобы создать совершенную боевую (и уничтожающую леса) машину и выманить обезьяну. Пока Конг сражается с Ботилой-Зиллой, Ричард и Лукас устраивают разборки в старом семейном доме.
Когда одна из птеродактилей Ричарда перехватывает и уничтожает лазерную ракету, он убеждает мировых лидеров купить его "Бионоботические системы защиты дино", чтобы заменить устаревшие военные системы. Как только они будут установлены, Ричард возьмет власть в свои руки и создаст свой НОВЫЙ МИРОВОЙ ОРДЕР.
Ричард создает уменьшающий луч и уменьшает Конга до размера мыши. Миниатюрный симулянт доказывает, что он герой любого размера, поскольку использует свою смекалку и отвагу, чтобы вырваться из лап Ричарда и избежать многих "гигантских" опасностей острова Конг.
Арктические льды тают, благодаря Ричарду, использующему своих бионоботов для лазерной резки льда в поисках золота для финансирования своих планов по установлению нового мирового порядка. Конг и компания должны попытаться остановить его, пока не погибли животные и не затопило побережье.
С Ботилы хватит, и он берет власть в свои руки, вынуждая Ричарда просить помощи у Лукаса. Но является ли вновь обретенная привязанность Ричарда к брату и Конгу настоящей - или это смертельная игра?
Ричард создает комара-бионобота, чтобы превратить полицейских и Лукаса в зомби, запрограммированных на уничтожение Конга. Наши герои должны отправиться в Африку, чтобы попытаться найти противоядие, пока эффект не стал необратимым.
Глубоко в горных африканских джунглях Лукас и дети охотятся за пропавшим Конгом, разрываясь между желанием найти его и надеждой, что их большой красивый друг найдет семью и корни, которые он искал. Конг находит небольшой отряд обезьян, но и Ричард с компанией находят гораздо больше, чем кто-либо ожидал, включая затерянный мир НАСТОЯЩИХ динозавров.
Едва выжив после падения в огненный вулкан, Лукас, Дэнни, Панчи и Ричард попадают в доисторический мир, кишащий настоящими динозаврами. Пытаясь найти выход, они спасают яйцо динозавра, из которого вылупляется очаровательный малыш Дино. Малыш - настоящий непоседа, и по неосторожности он приводит их на опасный путь к руинам древней цивилизации.
После путешествия по негостеприимной подземной долине Лукас, Дэнни, Панчи, Ричард и Конг исследуют древний город. Они не знают, что город все еще населен племенем развитых обезьян, которые могут быть родственниками Конга. Тем временем Ботила вступает в борьбу с военными, вынашивая свой последний план, а Джонси охотится за своими пропавшими товарищами.
Наши герои преследуют полчища гигантских пауков и лягушек и оказываются в центре египетских пирамид, где им нужно найти способ вернуть разбушевавшихся существ до того, как военные и Ботила прибудут, чтобы уничтожить Конга.
Конг и его друзья вызваны в Нью-Йорк мировыми лидерами, чтобы их чествовали как героев на церемонии, транслируемой по всему миру. Лукас и остальные очень рады такому признанию, но все, чего они действительно хотят, - это вернуться домой к своим близким. Их отъезд откладывается, когда прибывает Ботила, угрожая международным высокопоставленным лицам и демонстрируя новые тревожные способности.
Разрушив на куски свою крепость на дереве, наши герои отправляются на остров Конг за припасами, но обнаруживают, что Ботила заминировал это место перепрограммированными "Освобожденными А.И.". После уникальной битвы разъяренный Ботила обнаруживает, что "не все A.I. созданы равными", и наши герои понимают, что единственным безопасным штабом для них остается подземный Город обезьян... который оказывается далеко не безопасным для Аниты.
Ботила взрывает вулканический вход в подземное убежище, где укрылись наши герои, и запечатывает их там. Пока Конг и компания устраняют последствия последующего обрушения, Ботила пытается угнать танкер с припасами. Однако танкер обладает собственным разумом, и попытки Ботилы использовать свои новые способности, чтобы управлять его искусственным интеллектом, в конечном итоге оказываются тщетными.
Дэнни не терпится рассказать всем, что он обнаружил во время своего приключения с Зиппи, но они слишком заняты ликвидацией последствий того, что Ботила запечатала их, чтобы слушать. Когда они, наконец, рассказывают, все в восторге от открытия Дэнни - включая обезьян, которые считали, что то, что он нашел, было потеряно много лет назад.
Когда Ботила вставляет свое сознание в орбитальный спутник оружия и угрожает миру уничтожением, Конг и компания отправляются на ракете в космос, чтобы сорвать ее планы. За их победу приходится заплатить, когда Ботила похищает Джонси и сбегает через мгновение после уничтожения спутника. Время идет, а наши герои мчатся наперегонки, чтобы спасти своего захваченного товарища.
Пока Ботила сражается со всей своей командой мятежных А.И., наши герои обнаруживают, что Конг захвачен какой-то таинственной и явно сверхмощной силой, но они понятия не имеют, кто или что это и куда увезли гигантскую обезьяну.
В кульминации сезона Конг сражается с Мега-Ричардом, гигантски преобразованной версией преступного брата Лукаса. Тем временем Лукас и Джонси противостоят армии Ричарда, состоящей из лоскутных бионоботов, а Дэнни и Панчи стараются держаться подальше от опасности. Клоны проявляют свободу воли, делая выбор, который поможет нашим героям раз и навсегда победить Ричарда и Ботилу.