После пятилетнего отсутствия на родине Джейк Грин решает навестить могилу деда, а заодно повидаться с семьей, живущей в маленьком городке под названием Иерихон. Никто не знает, чем молодой человек занимался все это время. Особенно задерживаться здесь Джейк не собирается и планирует уехать в тот же день. Однако планам Грина, как и желаниям жителей этого и других городов, не суждено сбыться: все они становятся свидетелями страшного происшествия, которое навсегда изменит их жизни и заставит встать на путь выживания.
Новый день приносит новую угрозу: приближающаяся к Иерихону радиоактивная буря грозит городу вымиранием. Но хватит ли горожанам места, где можно переждать смертоносный дождь? Тем временем бывшему копу Роберту Хокинсу удается получить известия о других взрывах, произошедших по всей территории Штатов, а Дэйл пытается уберечь своенравную Скайлер от грозящей опасности. Эмили Салливан же подбирают двое полицейских, которые рассказывают о взрыве. Однако при более близком знакомстве она понимает, что мужчины являются совсем не теми, за кого себя выдают.
Внезапная гибель горожанина вызывает у Хезер подозрения, а Грин обнаруживает, что не все жители сумели вовремя спрятаться от дождя. Вскоре облака рассеиваются, и Джейк начинает набор добровольцев для вылазки в ближайшее поселение. Остальным удается добыть крупицу информации о происходящем в стране, однако когда волнения вокруг бури утихают, на первый план выходит еще одна, пока еще не насущная проблема, в надежде решить которую Дэйл выбирается за пределы города.
Через четыре дня после произошедшего в городе обнаруживается пораженный радиацией человек. При транспортировке его в госпиталь выясняется, что горючее для обеспечения больницы электричеством практически на исходе. Вместе с тем полиция начинает набирать новых помощников, среди которых оказывается и Хокинс. Узнав в прибывшем больном старого знакомого, он пытается выпытать у него секретные сведения. Неизвестный же сообщает Грину о нескольких выживших, которые находятся в бедственном положении.
В городе вновь появляется электричество, однако радость горожан оказывается преждевременной: ни один вид связи не работает как положено. Вскоре скачки электроэнергии становятся причиной внезапных пожаров и даже человеческих жертв. На фоне глобальной катастрофы выделяются проблемы некоторых людей, пытающихся разобраться со своей непростой личной жизнью. Грин раскрывает неизвестные факты о Хокинсе, а жителей Иерихона ждет очередное необъяснимое явление.
Оказывается, что увиденное в небе — бомбы. Электричество вновь пропадает, горожан охватывает паника, мэру становится хуже, а скучающие подростки начинают атаку магазина Грэйси. Между тем Джейк сталкивается с парнем по имени Митчелл, старые дела с которым выливаются в неприятности для семьи Грин и замешанного в их текущие разборки Дэйла. Пытающийся спасти кукурузу на своих полях Стэнли обнаруживает, что угроза урожаю — не единственная его проблема. Хокинс же, застукав дочь за исследованием секретной комнаты, предлагает девочке улучшить навыки выживания.
Узнав о выходке Митчелла, Джона объявляется в Иерихоне с намерением забрать того под залог. Однако мнение Джейка по поводу этой сделки перестает что-либо значить после возвращения конкурента мэра по имени Грэй Андерсон, который не желает идти на поводу у преступника. Между тем Грин делится с горожанами новостями из большого мира, Скайлер становится причиной ссоры между Дэйлом и Грэйси, а состояние Джонстона оказывается хуже, чем предполагалось. Это заставляет его сыновей отправиться на поиски лекарства, а Эмили — пойти на крайние меры ради спасения важного для города человека.
Прибыв в соседний городок, братья Грин обнаруживают, что больница разрушена, однако то, что поначалу казалось безнадежным делом, вскоре оборачивается новой надеждой. Между тем в отсутствие вестей от Джейка с Эриком Хезер пытается применить отрывочные знания для помощи больному, однако ее старания едва не заканчиваются провалом. Тем временем Андерсон навещает семью Хокинса с расспросами о причине их переезда. Это вынуждает Роберта сообщить Грэю секретную информацию о своей тайной миссии.
Опасения Эрика подтверждаются, и вскоре наемники выходят на его след, собираясь конфисковать все продовольствие в городе. Чтобы защитить Иерихон, Джейк с Андерсоном выступают за взрыв единственного ведущего к нему моста, однако Эрик отвергает эту идею. Тем не менее Грэй, имея группу единомышленников, все же принимает положительное решение. Тем временем у Эмили появляется повод для грусти, а Эйприл узнает от супруга неприятную новость.
На территорию города падает несколько посылок с провизией из Китая, что вызывает недоумение среди жителей. Почему именно Китай? Несмотря на то, что припасы пришлись бы как нельзя кстати, Джонстон и Джейк полагают, что это может быть хитрый ход неприятеля по уничтожению горожан. Андерсон же находит способ понизить авторитет мэра, а Джона пользуется сложившейся ситуацией, чтобы урвать весьма крупный кусок гуманитарной помощи для себя и других людей. Вот только сумеет ли Грин и остальные вернуть присвоенное Джоной добро без последствий? Тем временем отношения Стэнли с Мими переходят на другой уровень, а Эрик узнает о тайне супруги.
За день до выборов мэра в городе убивают человека. Вскоре находится свидетель, утверждающий, что убийцей является не кто иной, как Джона. Пока последний скрывается и пытается убедить дочь в своей невиновности, Андерсон уговаривает народ свершить самосуд над преступником, ведь задержание беглеца обеспечивает Грэю то, чего он так долго желал. Однако скоро в деле всплывают новые подробности, указывающие на настоящего злодея. Тем временем связь Мими и Стэнли не находит одобрения у сестры последнего, а Хокинс получает важную информацию, ставящую его перед непростым выбором.
За полтора дня до катастрофы Джейк проваливает очередное собеседование, после чего берется помочь другу, впутавшемуся в грязное дело. Хокинс между тем получает опасное задание, но решает прежде обеспечить безопасность своей семье, которую оставил много лет назад. Тем временем Эйприл решает изменить свою жизнь, Эмили готовится к свадьбе, а мэр Грин предлагает сыну баллотироваться на его место. Спустя 8 недель после произошедшего в город приходит группа беженцев, среди которых оказывается не только жених Салливан, но и кое-кто, напрямую связанный с одним из жителей города.
Надвигается зима, и Андерсон созывает собрание, на котором объявляет о скором истощении запасов и топлива, необходимого для обеспечения города электроэнергией. Поддержав идею о постройке ветряных мельниц, Джейк, Джонстон, Дэйл и Хезер отправляются за деталями турбины на ярмарку, где не только находят старых знакомых учительницы, но и наживают себе проблемы, которые приходится решать весьма радикальным способом. Тем временем появление в Иерихоне коллеги Хокинса, Сары, оказывается сюрпризом как для Роберта, так и для членов его семьи, опасающихся, что отец вскоре опять исчезнет из их жизни.
В городе заканчивается еда, и, чтобы не умереть с голоду, разведчики то и дело отправляются на поиски припасов. Выехав на неизведанную территорию, Джейк, Мими и Стэнли подвергаются атаке неизвестных, в результате которой мужчины оказываются ранены. Теперь только от действий Кларка зависит, спасутся ли ее друзья или замерзнут в степи. Между тем Хокинс с Сарой отправляется выслеживать координатора, но в ходе операции Роберт начинает подозревать, что его кто-то использует. Эмили же обнаруживает, что ее жених нашел себя в заботе о других беженцах.
После разговора с супругой Хокинс решает проверить свои подозрения и приходит к неутешительным выводам. Тем временем в Иерихон прибывает морская пехота, сообщающая жителям неожиданные и радостные новости: мир восстанавливается, и скоро все вернется на круги своя. Однако у Джейка и Джонстона появляется повод усомниться в словах солдат. Решив провести тайное расследование, отец с сыном подключают к нему еще нескольких людей, после чего им открывается неприятная правда.
Недомогание Эйприл ставит под угрозу жизнь ее и ребенка, однако Кенчи не желает делать операцию без стерильных инструментов. Тем не менее время как топливо для поддержания электричества в рабочем состоянии стремительно заканчивается. Рассел и друзья привозят турбину, а обсуждение условий поставки еще нескольких генераторов заставляет Андерсона принять непростое решение. У Хокинса между тем появляется новая проблема, когда Джимми начинает вынюхивать подробности исчезновения Сары. Мими пытается установить дружеские отношения с Бонни, а Дэйл решает побороться за свои права.
Обнаружив, что припасы на исходе, мэр принимает решение изгнать беженцев, однако сталкивается с сопротивлением, которое переходит в открытый конфликт, едва не стоивший ему жизни. Отстаивая свои права, Роджер совершает ошибку. Это вынуждает его сделать непростой выбор, в то время как Гейл неожиданно находит решение возникшей проблемы. Тем временем Хокинс добывает сведения о сообщнике Сары и еще на шаг приближается к разгадке личности ответственного за операцию. Дэйл и Скайлер между тем находят способ не только забрать причитающееся у беззаконников, но и защитить лавку от их посягательств.
Джимми делится своими подозрениями с Джейком. В процессе проверки дома Хокинса мужчины убеждаются в верности возникших предположений. Решив добиться от Роберта правды, Грин узнает о его настоящей деятельности, о том, какую роль в ней играла пропавшая Сара, и о страшном кладе, закопанном в сарае «агента». Тем временем Гейл и Джонстон по-разному переживают смерть Эйприл, а Мими, волнуясь за благополучие Бонни, пытается убедить девушку в бесперспективности ее отношений с Шоном.
Рассел привозит ветряные турбины раньше положенного срока, а также возвращает жителей Иерихона назад, однако Эрика среди вернувшихся нет. Джейк узнает, что тот пропал накануне возвращения, и принимает решение найти попавшего в беду брата любой ценой. Заручившись поддержкой Хокинса, Грин отправляется с соседний город, где раскрывается угрожающая Иерихону опасность. Тем временем Скайлер получает заманчивое предложение о сотрудничестве, Джимми сообщает Дарси тревожные новости о психическом состоянии их сына, а вернувшийся Стэнли пытается примириться с ухажером сестры.
Пытаясь остановить Рассела, Грэй приезжает к шахтам, где возникает спонтанная перестрелка, ставящая под вопрос дружественные отношения городов в дальнейшем. Тем временем Джейка ждет встреча со знакомой, которая предлагает мужчине совершить побег из тюрьмы. Узнав о пропаже обоих сыновей, Джонстон отправляется на встречу с мэром соседнего города по имени Константино, в то время как Хокинс, найдя вынужденных и добровольных союзников, делает все, чтобы освободить пленников.
Константино выдвигает Андерсону ультимативное предложение, и когда тот не дает ответа к назначенному часу, город подвергается атаке. После того, как план Грэя по обезоруживанию захватчика проваливается, его полномочия перенимает Джонстон. Иерихон получает неожиданную, хоть и не бесплатную поддержку со стороны. Тем временем в свете надвигающейся угрозы Хокинс решает раскрыть супруге свой секрет, в то время как Эмили узнает больше о созданном ее отцом преступном мире.
Город готовится к войне. Ради победы Хокинс рассказывает мэру о специальном оборудовании, которое позволит Иерихону получить преимущество над захватчиками, однако использование этого устройства провоцирует новую опасность. Тем временем Хезер приходит в себя в медецинском отсеке военной базы в Небраске, где узнает новости о происходящем в мире и сообщает местному начальству о противостоянии городов. Это запускает цепочку опасных для группы горожан событий.
Остановив боевые действия, военные во главе с майором Эдуардом Беком занимают территорию между городами и начинают восстановление округа. Вскоре Джейку и остальным становится известно о всенародной амнистии, под которую попадают преступники, нарушившие закон во время периода хаоса, но оправдание Константино вызывает недовольство жителей Иерихона. Чтобы урегулировать конфликт, Бек делает Грин и Хезер предложения о сотрудничестве. Тем временем Хокинса находит еще один коллега по работе, а упорство и умения Мими позволяют Стэнли не только сохранить ферму, но и решиться на важный шаг в отношениях с любимой.
Жители города взбудоражены, но не столько из-за приезда президента, сколько из-за происходящих изменений вроде смены флага или новой трактовки исторических фактов в школьных учебниках. Тем временем Джейк оказывается в самом центре секретной операции Хокинса, рассказавшего мужчине о бомбе и ситуации в стране. Грин знакомится с репортером, которого вскоре решает использовать для помощи Роберту. Между тем прибывший глава государства выдвигает Андерсону заманчивое предложение, которое вызывает протест со стороны Эрика. Стэнли задумывает сделать любимой сюрприз, а Бек получает новые инструкции по своему основному заданию.
Дэйл возвращается в Иерихон с тревожными новостями о надвигающейся эпидемии смертельной болезни. Ему удалось раздобыть вакцину, однако присланный помочь Беку в управлении городом Гетц конфискует контрабанду. Узнав о стремительно приближающемся бедствии Грин делает все, чтобы жители избежали участи зараженных и погибших людей из других городов. Между тем Хокинсу приходится использовать рассказанную когда-то Джимми легенду об агенте ФБР, чтобы убедить Бека проверить, лжет ли тому его начальство.
Дэйл продолжает промышлять незаконными закупками, однако Гетц, получив сведения о связи юноши с контрабандистами, решает его устранить. Тем временем Бек ожидает получения информации о возможном расположении бомбы, и, чтобы украсть у него эти данные, Хокинсу и Джейку приходится ввести в курс дела единственного возможного союзника с допуском в штаб — Хезер. Кларк между тем, работая на корпорацию, узнает о серьезной недостаче денег и становится целью желающего замять дело Гетца.
Узнав, что Мими выжила, Гетц решает во что бы то ни стало до нее добраться, в то время как Джейк, оставшись в одиночестве после временного отъезда Бека, собирает команду для защиты женщины. Тем временем Хезер узнает, что Константино назначил за ее голову награду, но отправленный выполнить его поручение Рассел предлагает женщине сделку. Гетц же использует семьи оккупировавших госпиталь людей, чтобы расформировать собранный Грином отряд. В больнице между тем разворачиваются две операции: с помощью Хокинса пришедшая в себя Кларк пытается обнародовать добытые сведения, а Грин с остальными начинают поиски затесавшегося в их ряды предателя.
Чтобы защитить остальных от расправы Бека, Джейк решает добровольно сдаться, однако стратегия мужчины не срабатывает. Майор заключает бывшего шерифа за решетку и применяет пытки для усмирения не его команды. В это время друзья Грина пытаются вытащить их предводителя из заключения. Тем временем Чавез наконец добивается рассмотрения заявления Хокинса, и тот, вопреки желанию своего тайного осведомителя, отправляется в Техас. Мими же пытается помочь Стэнли справиться с психической травмой, а Роберт подвергается нападению и раскрывает истинные намерения информатора.
Бек получает приказ приступить к третьей фазе подавления мятежа, что вынуждает Эрика задуматься о заключении сомнительного союза с Константино. Тем временем Хокинс, чтобы отыскать бомбу, заручается поддержкой Джейка, а также объединяется с бывшим товарищем Роберта по прошлой жизни. Однако его информатор оказывается на шаг впереди, и лишь чудом Грину с Хокинсом удается вырваться из лап неприятеля, прихватив с собой главную улику. В это же время майор, узнав правду о правительстве, складывает полномочия и начинает подготовку по борьбе с ним.