Джесси обнаруживает, что у него есть способность разговаривать с животными, когда они с Вилли обнаруживают, что тюлень Люсиль ранен.
Незаконная свалка токсичных отходов Машины убивает семью дельфинов и отравляет Эйнштейна, застенчивого, но очень умного детеныша дельфина. Вилли и Джесси доставляют Эйнштейна в Институт, где Марлин выхаживает его, но Машина не собирается позволить Вилли и Джесси разоблачить его токсичную свалку.
Новый гидролокационный импульс Машины, поражающий китов, как раз нужен ему для незаконной добычи китов ради китового жира.
Энни чувствует, что они с Джесси отдаляются друг от друга, поэтому она приглашает его отправиться с ней в круиз на новом корабле корпорации Стоуна для наблюдения за китами. Они узнают, что капитан корабля в сговоре с Машиной, которая выбрасывает городской мусор в море.
Марлин учится доверять Вилли, когда ей и киту-убийце приходится работать вместе, чтобы спасти Джесси из глубокого лабиринта пещер.
В результате неправильных генетических исследований Машины появляется гигантский кальмар Голиаф, цель которого - уничтожить Вилли.
Люсиль думает, что быть человеком - это весело, и, чтобы найти больше человеческих друзей, она записывается добровольцем в водный цирк.
Машина привлекает тысячи акул на Туманные острова в надежде разрушить туристическую экономику.
Люсиль знакомит банду Института с Фейт, коричневым пеликаном, чьи яйца разбиваются слишком рано, и рассказывает о воздействии пестицидов на птиц и животных.
Вилли и Джесси останавливают план вырубки леса, который уничтожит лососевый ручей.
Борьба Института против незаконного рыболовства принимает политический оборот, когда наши герои используют закон, чтобы остановить незаконный лов рыбы дрифтерными сетями в международных водах.
Джесси находит золотой дублон, и его постепенно одолевает золотая лихорадка, когда он вместе с неохотно соглашающимся Вилли ищет пиратские сокровища.
Потеряв надежду раскрыть истинную сущность Машины, Джесси и Вилли натыкаются на подсказку из прошлого Машины: неземной корабль-призрак, полный нестабильных военных материалов.
Машина бежит с Туманных островов и планирует отомстить Институту Туманных островов. Прибывший старый друг Рэндольфа Бен Шор помогает банде победить Машину и спасти институт.
Экорейнджеры прибывают в Арктику, чтобы начать экологическую работу над окружающей дикой природой, но обнаруживают, что там ведется подозрительная охота на тюленей.
Прогнав небольшую группу охотников на китов, подозреваемых в том, что их послала Машина, Бен разрабатывает план по привлечению Машины к ответственности.
Джесси и Вилли обнаруживают нетронутый остров, проплыв через подводный проход. К несчастью, Машина следует за ними и планирует использовать красоту острова в промышленных целях.
Экорейнджеры делают остановку в маленьком городке на Аляске, чтобы помочь решить проблему с переполненной популяцией тюленей. Люсиль, чувствуя себя обделенной, решает присоединиться к стаду.
Продолжая путешествие на остров Мисти, команда экорейнджеров делает остановку, чтобы встретиться с местной исследовательской группой после того, как они столкнулись с цунами. Джесси влюбляется в женщину-исследователя, из-за чего Вилли чувствует себя одиноким и покинутым.
Бывший учитель Марлин, доктор Эллиот, создал новую формулу под названием "нефтяное застывание", чтобы навсегда остановить разливы нефти. К несчастью, Машина узнает об этой формуле и начинает строить планы по ее использованию.
Экорейнджеры возвращаются домой, чтобы успеть отпраздновать Рождество, и Джесси получает от неизвестного благотворителя особый подарок - водный мотоцикл. Испытывая его, он узнает, что на самом деле это подарок от Машины, которая наполнила водное судно образцом красного прилива из Флориды, который начал извергать микробы в не по сезону теплые воды острова Мисти, вызывая красный прилив.