Семья Медичи нанимает Леонардо да Винчи для организации пасхальных празднеств во Флоренции. Позже его привлекают к строительству военной техники, и Леонардо впервые встречает таинственного Турка.
Леонардо продолжает поиски Книги Жизней, а Медичи недовольны им из-за неудач с военной техникой. Леонардо встречает Риарио, шпиона Папы Римского, и побеждает его, после чего Риарио возвращается в Рим.
Риарио обсуждает свой провал с Папой Римским и его таинственным пленником, а Леонардо пытается найти рациональное объяснение вспышке одержимостей демонами, в которой винят семью Медичи.
Бекки обвинен в шпионаже в пользу Рима и арестован. Леонардо демонстрирует свою новейшую разработку в области вооружений. Флорентийская армия выступает против сил Рима. На празднике, устроенном в его честь, Леонардо арестовывают за содомию.
Пьеро, отец Леонардо, вызван, чтобы защищать сына в суде. Позже Леонардо разоблачает продажного судью во время представления для высокопоставленных гостей. Вновь появляется Турок.
Намеки Турка о Книге Жизней побуждают Леонардо отправиться на встречу с графом Владом Дракулой. В это же время Лоренцо и Пьеро встречаются с герцогом Урбинским. Позже все начинают разыскивать шпиона Медичи.
Леонардо создает костюм для нахождения под водой и проникает в Ватикан через канализацию. Он встречает Папу и его таинственного узника. Джулиано раскрывает личность шпиона в Риме.
Пацци организуют заговор с намерением свергнуть Медичи в праздник Святой Пасхи. Турок открывает Леонардо местонахождение книги Жизней. Лукреция открывает свой секрет, а Леонардо спасает Медичи.
Леонардо и Лоренцо пытаются спастись от сил Риарио, в то время как Флоренция вокруг них погружается в пучины хаоса.
Благодаря помощи Леонардо Лоренцо удается добраться до дворца. Риарио устремляется в путешествие. Заговорщиков Пацци казнят за их предательство.
Папа Сикст отлучает Флоренцию от церкви. Лукреция придумывает способ увидеться со своим плененным отцом. Да Винчи знакомится с Америго Веспуччи и пытается украсть корабль герцога Альфонсо, чтобы последовать за Риарио.
Леонардо и Риарио обнаруживают, что проникнуть в Небесный свод куда сложнее, чем они ожидали. В это время Лоренцо решает лично встретиться с королем Ферранте, а Лукреция отправляется в путешествие.
Леонардо встречает Риарио и Нико в Новом свете. Лоренцо пытается спасти Флоренцию с помощью былой любви, но все идет не так, как он ожидал. Кларисса борется за контроль над банком Медичи.
Лоренцо борется за свою жизнь. Леонардо открывает новые тайны на пути к Небесному своду.
Жизнь Клариссы в опасности. Герои наконец проникают под Небесный свод. Лукреция достигает цели своего путешествия, встречая кое-кого по пути.
Леонардо и Риарио готовятся к смерти, а Зороастр и Нико ищут путь к спасению. Лоренцо продолжает попытки договориться с королем Неаполя, а Баязид наносит визит в Рим.
Леонардо возвращается во Флоренцию и обнаруживает, что она сильно изменилась. Риарио тоже сильно изменился и пытается понять, что теперь случится с ним.
Италия готовится к нападению османов. Риарио заново обретает себя. Судьба Ванессы оказывается в руках Нико.
Османский флот уже на подступах к Отранто, но Леонардо удается остановить турок с помощью своего изобретения — скорострельной пушки. Лоренцо и Альфонсо празднуют победу, но турки не собираются сдаваться так просто. Риарио вновь удается завоевать расположение Папы Сикста, с чьей помощью он надеется воплотить планы Лабиринта в жизнь. Кларисса Орсини прибывает в Рим и полна решимости разыскать Карло и заставить его заплатить за предательство родной семьи.
Леонардо, Зороастр и Пьеро пытаются выбраться из руин Отранто, не попав в лапы к туркам. В попытках спасти мирных граждан они оказываются заперты в церкви, со всех сторон окруженной противником. Казалось бы, выхода нет, но гений Леонардо всегда готов найти путь, по которому человек еще не ступал. Риарио удается убедить Папу Сикста объявить крестовый поход, но для этого Ватикану нужно сперва заручиться поддержкой союзников, первым и важнейшим из которых является Венеция. Сикст поручает Риарио убедить Лауру Черету, прибывшую из Венеции за телом брата, пересмотреть соглашения республики с турками и примкнуть к воинству Господа.
Чтобы одолеть турок, Леонардо нужны союзники. В столь отчаянной ситуации он готов даже искать примирения с Папой Сикстом. Сикст готов предложить Леонардо место в крестовом походе, если тот докажет свою ценность, раскрыв убийство кардинала Родриго. Вместе с Риарио Лео начинает расследование, которое вскоре приведет его к заклятому врагу. Тем временем Зороастр печалится о предательском союзе друга и впервые пробует опиум, а Никколо Макиавелли предпринимает попытку реформировать систему налогообложения Флоренции.
Со времен османского вторжения прошли годы. Турецкая армия была разбита, а сыны Митры повержены. Лабиринт уничтожил Книгу жизни, вышел из тени и открыто правит Римом. Леонардо да Винчи и его жена Лукреция живут тихой мирной жизнью неподалеку от священного города и растят сына, Андреа — верного последователя Лабиринта. Сам Лабиринт, в честь заслуг Лео перед новым режимом, закрывает на его вольнодумство глаза. Но что-то во всей этой картине не складывается.
Зо и Лео возвращаются во Флоренцию. Вскоре туда же прибывает и Риарио вместе с синьорой Черетой, намеренные убедить город присоединиться к Крестовому походу. Да Винчи сразу же запирается в своей полуразрушенной мастерской и начинает работать над оружием, способным одолеть Османскую армию, а Зороастр помогает Нико и Ванессе найти способ пополнить городскую казну. Тем временем Лукреция в поисках страницы из Книги жизни находит Лупо Меркури. Бывший кардинал сильно изменился с их последней встречи и теперь живет затворником в лесу.
Леонардо понимает, что Риарио поражен тяжким душевным недугом, и пытается излечить его с помощью лекарств и бесед. Тем временем Флоренция объята охотой на демона Италии, убийцу, который, как теперь известно всем, прибыл в город. Нико и Ванесса ищут способ утихомирить город перед грядущим визитом Папы, намеревающегося присутствовать на торжествах по случаю похода, где Леонардо обещает продемонстрировать свои новейшие изобретения.
Лоренцо де Медичи удается сбежать из турецкого плена. Он возвращается во Флоренцию, приходит в бешенство от текущего положения дел и сразу же расторгает все только сложившиеся договоренности с Римом. Отныне Флоренция не считает себя частью Италии и живет сама по себе. Леонардо пытается переубедить старого друга, но безуспешно. Вместе с Зо и Нико они отправляются на поиски новых союзников, которые помогут Крестовому походу преуспеть.
Леонардо возвращается в родной край, надеясь встретить там Софию и получить у нее страницу из Книги жизни. К несчастью, в Винчи его ждет не только София, но и старый враг. А Зо и Нико прибывают ко двору князя Влада Дракулы. Увы, несмотря на то, что князь сразу признает наличие общего врага и видит резонность аргументов своих гостей, он все еще чересчур раздосадован их прошлым визитом — поэтому так просто Зо и Нико не отделаться.
Леонардо, София и Зороастр изучают устройство, созданное по чертежам из Книги жизни, и понимают, что смогут использовать его против турецких доспехов. Тем временем оснащенная теми же доспехами папская армия выдвигается навстречу турецкому войску. А во Флоренции идет суд над Джироламо Риарио, который, впрочем, сразу признает себя виновным во всех убийствах и с радостью добавляет обвинению несколько новых пунктов.
Леонардо объясняет соратникам свой план и готовится к финальной стадии. Вместе с остатками разбитого папского войска он выходит дать османам последний бой, чтобы выманить их на открытую местность, где Зо и София смогут раз и навсегда покончить с врагом с помощью устройства из Книги жизни. Увы, чтобы с кем-то покончить, Зо и Софии требуется для начала выбраться из турецкого плена. А пока на юге разворачивается битва за жизни итальянцев, во Флоренции приговоренный к смерти Риарио начинает вести бой за их умы и души.