Действие происходит в ближайшем будущем. Уилл и Кейти Боуман переживают личную трагедию — воздвигнутая инопланетными захватчиками стена разделила их с одним из сыновей. Внезапно Уиллу предоставляется шанс вернуть мальчика, но для этого придется сделать непростой выбор — остаться верным своим убеждениям или начать работать на врага.
Наступает первый рабочий день Уила на новой должности, во время которого он понимает, что Снайдер его обманул. Вместо того, чтобы возглавить отряд по борьбе с Сопротивлением, Уилл попадает в подчинение к Филлис. Новая начальница отправляет его с напарником искать Эндрю Хайнса, подложившего взрывное устройство на въезде в Санта-Монику. Тем временем Кейти занимается наведением порядке в «Йонке», но другие члены Сопротивления не дают ей с головой уйти в работу.
Кейти впервые участвует в вооруженном нападении на Красные шлемы как участница группы сопротивления. Операция проходит неудачно, и на глазах Кейти гибнет один из ее товарищей. В это время Уилл подбирается к сопротивленцам всё ближе. Оказавшись в опасности, члены Сопротивления используют Кейти как шпиона и отправляют ее выведывать тайны у собственного мужа.
Действуя заодно с повстанцами, Кейти инсценирует пожар в собственном доме. Во время последующего обыска в комнате Брэма обнаруживают записи радиотрансляций Джеронимо. Сын рассказывает Уиллу всё, что знает, и во время следующей передачи Джеронимо арестовывают. Однако Уилл уверен, что Сопротивлением руководит совсем другой человек. Тем временем его начальница Филлис узнает, что Кейти напрямую связана с повстанцами.
Уилл арестовывает еще двух человек, которые называют себя Джеронимо и распространяют по городу плакаты, однако они оказываются никак не связаны с террористической деятельностью Сопротивления. Попытки найти главу повстанцев вновь ни к чему не приводят. Уполномоченный при губернаторе Алан Снайдер, желая убедить хозяев, что ситуация в его блоке под контролем, заключает сделку с Луисом Ортегой, который под именем Джеронимо вел радиотрансляции.
Члены Сопротивления предпринимают попытку покушения на Снайдера, однако Уилл его спасает и прячет в Йонке. Кейти сообщает об этом Бруссарду, и его команда приходит за беглецом под видом Красных шлемов. Уилл ничего не подозревает о заговоре и обороняется изо всех сил. Оказавшись меж двух огней, Кейти вынуждена выбрать сторону.
Работая на оккупантов, Уилл все ближе подбирается к Бруссарду и уверен, что тот вот-вот попадется. Чтобы остановить преследование, Бруссард инсценирует собственную смерть. Куэйл уверяет его, что Кейти работает на два лагеря, а значит, ей нельзя доверять. Оскорбленная недоверием со стороны повстанцев Кейти возвращается домой, где ее ждет важная новость...
Кейти сообщает Рэйчел о решении покинуть ряды Сопротивления. Глава ячейки Куэйл выходит на связь с Уиллом и сообщает, что готов сдать своих товарищей-повстанцев в обмен на возможность покинуть колонию. Члены Сопротивления попадают в засаду, устроенную по наводке Куэйла, и несут потери. В это время Алан Снайдер узнает о том, что скоро в колонию приедет главный министр тихоокеанского побережья — для проведения проверки.
В колонии Лос-Анджелес вспыхивает восстание. Воспользовавшись этим, Уилл и Бо выдвигают версию о существовании еще одной ячейки Сопротивления за стенами колонии и получают разрешение на вылазку. Возможность побега из Лос-Анджелеса уже не кажется такой мифической. Но Кейти занята другим планом. Вместе с Бруссардом она организует нападение на главного министра, к прибытию которого так старательно готовится Алан Снайдер.
Сопротивление похитило важного гостя, и теперь его ищет весь город. Вскоре Лос-Анджелес начинают бомбить — такова реакция на новость со стороны захватчиков. Уилл понимает, что виной всему — действия его жены, и пытается найти Кейти раньше, чем это сделают красные шлемы. Тем временем повстанцы прячутся у Экхарта и пытаются изучить тело пришельца, который не подает признаков жизни...
Жизнь в Лос-Анджелесе идет своим чередом. Дети спешат в школу, а их родители на работу. Лишь менеджер по закупкам Алан Снайдер знает, что этот день станет днем перемен. Вскоре все понимают, что на город напали террористы, после чего исчезло семь высокопоставленных лиц. Техника перестает работать, машины стоят, а самолеты падают. Люди в панике...
Уиллу удается найти Чарли, хотя его сын уже не тот, что прежде. Тем временем второй его сын, Брэм, оказывается в автобусе, следующем на Фабрику. Узнав об этом, Кейти просит о помощи свою сестру Мэдди, которая вот-вот станет довольно влиятельной женщиной. Но реальной помощи она не получает. В этот момент Кейти поступает предложение, приняв которое, она предаст идеалы, в которые так долго верила.
Каждому из семьи Боуманов — Уиллу, Кейти и Брэму — ради спасения семьи предстоит согласиться на сделку. Уилл принимает помощь Девон, обещая взять ее с собой за стену. Брэм, находясь в трудовом лагере, понимает, что вызволить его оттуда может только Снайдер. Кейти же теперь готова принести в жертву не только свои идеалы, но и себя, лишь бы сохранить семью...
Перед Дженнифер Макмэн стоит сложнейший выбор: сдать ли семью Боуманов, чтобы спасти свою карьеру и, вероятно, жизнь? Начальство давит всё сильнее, и к ней даже приставляют детектива, который следит за каждым ее шагом. Через камеры наблюдения Макмэн следит за всем, что происходит в доме Боуманов. Так она узнает, что Уилл вернулся. Сомнения не оставляют ее, и сейчас любое слово способно перетянуть чашу весов в любую сторону.
Уилл Боуман решает вернуться на работу, чтобы разыскать старшего сына. Но в его офисе всё сильно изменилось. Кейти остается дома и, забыв, что повсюду камеры, прогоняет Линдси. В это время отряд Бруссарда постепенно активизируется. Они подключают камеру к одному из дронов, чтобы проследить за ним и узнать, насколько опасен враг, с которым они борются.
Один из ребят ячейки Бруссарда, БиБи, серьезно болен. Морган приходит к Кейти за помощью, но без врача сделать что-либо невозможно, ведь вся ячейка в розыске. На работе Уилл пытается узнать, где Брэм, однако у него нет доступа к компьютерам. Вернувшись домой, Уилл узнает, что его жена не только вновь помогает повстанцам, но и хочет привлечь к этому его.
Уилл соглашается отдать флэшку с информацией о Брэме и остальных жителях людям из ячейки Бруссарда. Открыв ее, они узнают о страшной участи, которая ждет колонию. Тем временем сопротивление расширяется. Пока одних ловят в городе, другие трудятся в лагерях и рискуют жизнью, чтобы сорвать планы пришельцев.
После взрыва поставки представители властей пытаются убедить всех, что так и было задумано. На работе Уилла Боумана ситуация накаляется. Его начальник узнает о сбежавшем юноше из «Красной руки» и подозревает, что Уилл к этому причастен. С этого момента они с напарником работают отдельно, чтобы доказать, кто на что способен. Чтобы отвести подозрения от Уилла, Кейти и Бруссард пытаются найти беглеца раньше красных шлемов.
Из-за стены на территорию колонии прилетел самолет. Один из пилотов погиб, второй скрылся. Власти ищут его, но Уиллу удается выйти на связь раньше. Тем временем его напарник Боб Бёрк пытается доказать начальству, что семья Боуманов связана с Сопротивлением. Чтобы спасти семью, Уилл обещает выдать властям второго летчика.
Вся семья Боуманов вынуждена скрываться. Теперь они все — часть Сопротивления. Из-за этого у Мэдди и Нолана могут быть серьезные проблемы. Кейти предлагает сестре бежать и оставляет инструкции, как выйти на связь, когда понадобится помощь. Оказавшись на грани катастрофы, Мэдди должна выбирать между личной безопасностью и семьей. Бруссард тем временем пытается узнать, как выбраться за пределы колонии.
Брэм участвует в теракте, организованном «Красной рукой», и чуть не попадается. Чтобы найти укрытие, он бежит в дом тети Мэдди. Родители Брэма и Бруссард ищут его, пока не подозревая, как далеко всё зашло. В это самое время Алан Снайдер совершает визиты ко всем влиятельным лицам на территории колонии, пытаясь добиться отставки заместителя Алкалы.
Пытаясь раздобыть перчатку, Бруссард, Кейти и Уилл встречаются с Карен, руководителем «Красной руки». После встречи они решают напасть на базу «Руки» и всех перебить. В это время в колонии дела всё хуже. Алан Снайдер по-прежнему пытается убрать заместителя Алкалу, и теперь у него на руках важный козырь — брошенная Мэдди. Сейчас она способна уничтожить Нолана, который ее предал.
В колонии Лос-Анджелес объявлена эвакуация. Жители колонии не подозревают о том, что их увезут на Фабрику. Алан Снайдер, узнав о том, что весь город будет расчищен, ищет спасения. И оно приходит в лице Уилла.
Боуманы и Снайдер наслаждаются простой жизнью в горах. Здесь им не угрожает опасность, и за шесть месяцев никто так и не смог определить их месторасположение. Однако приезд неожиданного гостя полностью меняет ситуацию.
Уилл и Кейти рискуют собственными жизнями, чтобы установить контакты с Сопротивлением. Тем временем Эрик Бруссард старается собрать воедино секреты IGA…
Уилл оценивает организацию безопасности лагеря Сопротивления. Кейти пытается всячески ему помочь. Эрик Бруссард и Эми встречают за стенами выживших.
Уилл и Кейти боятся оказаться в опасности, если лагерь сопротивления будет блокирован. Рискованный план заставляет Бруссарда сомневаться в искренности намерений Эми.
Уилл, Кейти и Алан Снайдер борются за сохранение секретов, находясь под жестким допросом. Как далеко готовы зайти Боуманы? Смогут ли они пойти на серьезные жертвы, чтобы оставить при себе самые сокровенные тайны? Кейти и Уилл начинают понимать, что их жизнь висит на волоске.
Семья Боуменов сталкивается с рядом опасностей на пути к своему новому дому. Алан Снайдер уходит в отставку и с тревогой раздумывает о своем будущем.
Уилл следует подсказкам, которые могут разоблачить опасный секрет колонии Сиэтла. Кейти делает доброе дело, помогая семье беженцев. Брэм берет шефство над Грейси.
Кейти подозревает, что в деле беженцев может быть и обратная сторона медали. Уилл помогает Эрику Бруссарду и Эми с операцией Сопротивления. Алан Снайдер возвращается к работе, а Брэм вовлечен в новое дело.
Уилл, Бруссард, Эми и Брэм работают вместе, чтобы осуществить спецоперацию по похищению высокопоставленного офицера IGA, однако сталкиваются с рядом трудностей.
Уилл и Кейти пытаются узнать правду о своей семье в Сиэтле, беспокоясь за их безопасность. Снайдер раскапывает компромат на Эверетт Кайнс, и планирует свои дальнейшие действия. Эми разделяет свой путь с Бруссардом.
Уилл, Бруссард, Кейти и Эми сталкиваются с чрезвычайной ситуацией, но решительно настроены выпутаться из нее. Снайдер устанавливает контроль над Сиэтлом. Кинес подсчитывает урон, раздумывая над последствиями.
Уилл вступает в неравную борьбу против армии Снайдера, чтобы спасти Кинеса. Выйти победителем из противостояния непросто, но Уилл настроен очень решительно.
Уилл идет на жертвы, чтобы защитить свою семью. Кейти отправляется на помощь беженцам, которые находятся за стенами. Снайдер изо всех сил пытается контролировать Колонию среди хаоса войны. Брэм и Грейси принимают важное решение, которое может навсегда изменить их судьбы.