В хозяйственной сумке, оставленной на Таймс-сквер, найдена обнажённая женщина, полностью покрытая недавно сделанными татуировками, среди которых есть имя специального агента ФБР Курта Уэллера. Она страдает от медикаментозной амнезии. Её не смогла идентифицировать лаборатория ФБР, не смог опознать Курт, поэтому ей присвоили имя Джейн Доу. Они также находят старую татуировку «Морских котиков», которая была перебита поверх чёрным прямоугольником. Одна из её татуировок с китайскими иероглифами оказалась адресом, что привело их к террористу Чао. Джейн и Курт задерживают его, что вызывает у Джейн воспоминания о том, как она занималась стрелковой подготовкой под присмотром неизвестного мужчины. Этот же человек появляется в больнице, чтобы убить Чао. Ретроспекция демонстрирует, как тот самый человек дал Джейн препарат для стирания памяти по её же просьбе. Число на теле Джейн совпадает с номером досье на ассистент-директора Бетани Мейфейр.
Команда разгадывает зашифрованную татуировку, которая указывает на майора Артура Гибсона, пилота ВВС с болезненным прошлым и смертельным послужным списком. Джейн продолжает искать ключи к своей личности и ей не по себе, когда вспышки тревожных воспоминаний заставляют её расследовать её прошлое. Между тем, Уэллер думает, что он знает истинную личность Джейн.
Печально известная банда воров почти сбегает после идеальной кражи драгоценностей, за исключением одного вора с татуировкой «Морских котиков», идентичной татуировке Джейн, которого схватили на месте преступления. Знает ли этот человек Джейн? Между тем, Джейн посещает с неоднозначным предупреждением таинственный бородатый мужчина из её воспоминаний, в то время как Уэллер и Мейфейр спорят по поводу роли Джейн в команде.
Паттерсон и её парень, любитель головоломок Дэвид, расшифровали подсказку в виде татуировки, который направляет команду в Центр по контролю и профилактике заболеваний (ЦКЗ). Находясь в ЦКЗ, команда обнаруживает скрытое послание на теле Джейн, которое раскрывает заговор, который может иметь катастрофические глобальные последствия. Между тем, Джейн и Уэллер становятся ближе друг к другу.
После того, как обычная ситуация с заложниками оказывается несущей более глубокие международные последствия, ЦРУ и ФБР начинают гонку друг с другом с целью ареста одного и того же преступника с тёмным прошлым. Картер выражает обеспокоенность по поводу надёжности Джейн, что вызывает трения с Мейфейр и ставит под сомнение лояльность Рида команде. Встреча с семьёй Уэллеров оказывается сложной для Джейн, поскольку она сомневается в своей личности.
Когда убийство выводит команду на опасное мобильное приложение, которое позволяет преступникам отслеживать правительственные машины, им приходится работать с неожиданным создателем приложения, чтобы отключить его. Джейн и Уэллер пытаются сохранить свои отношения в рамках профессиональных. Запата же борется с моральной дилеммой.
Одна из татуировок Джейн отправляет команду в отдалённое место, где они оказываются лицом к лицу с опасным преступником из дела, которое испытывает натянутые отношения Джейн и Уэллера на прочность и угрожает раскрыть секреты Мейфейр. Между тем, Паттерсон нарушает правила, чтобы решить загадку одной из татуировок.
После убийства сотрудника полиции Паттерсон разгадывает настораживающую татуировку, которая, кажется, предсказала его убийство, и команда идёт по следу жестокой зацепки, чтобы остановить дальнейшие нападения. Мейфейр раскрывает секреты из своего прошлого Уэллеру, серьёзно испытывая их взаимоотношения.
Джейн и Курт работают под прикрытием в качестве пары киллеров мирового класса, чтобы предотвратить попадание смертельно важной информации в чужие руки. Парное задание делает их ближе, чем когда-либо, друг к другу. Между тем, Дэвид отправляется на одиночную миссию, чтобы вернуть Паттерсон обратно, а Картер наседает на Мейфейр с тем, как обращаться с такой опасной личностью.
В середине захватывающего сезона команда преследует группу спящих шпионов, которые были внезапно активированы и спешит остановить множество убийств.
Джейн потрясена серией массовых разгадок её татуировок и сомневается, стоит ли доверять Оскару. Между тем, татуировка приводит команду к шокирующему открытию в Чёрном море.
После того, как разозлившийся ветеран войны в Ираке устраивает стрельбу на военной базе, команда раскрывает зловещий заговор. В то время, как Джейн и Уэллер торопятся остановить упертого учёного, Джейн вспоминает своё собственное таинственное боевое прошлое и намеревается возобновить отношения с Оскаром.
После того, как наводка показывает, что в Нью-Йоркском офисе ФБР есть "крот", команда должна обнаружить его за очень короткое время, подвергаясь опасной проверке инспектором Фишером. Глубочайшие тайны команды могут быть раскрыты, и каждый из команды - потенциальный подозреваемый, но некоторым, особенно Джейн Доу, действительно есть, что скрывать.
Анонимный источник приводит команду к расследованию важного дела о смертной казни, в конечном счёте, отправив Ташу Запата работать под прикрытием. После того, как её почти поймали во время охоты на "крота", Джейн решает уйти из ФБР.
После того, как картину, копирующую одну из татуировок Джейн, украли из галереи, команда выясняет, что главной целью этого преступления является Джейн. Для того, чтобы защитить свою команду, Джейн отправляется в самоволку.
После того, как был ограблен бронированный грузовик, команда обнаруживает, что украденным товаром было химическое оружие и они должны поспешить, чтобы сорвать террористический заговор. Между тем, к Джейн приходит запутанное воспоминание об Уэллере - в то время, как она становится всё ближе к Оскару. Тем временем Паттерсон получает телефонный звонок от кого-то из её прошлого.
После того, как Паттерсон обнаруживает скрытое послание в кроссворде в газете " The New York Times", она отправляется в " квест" по следам татуировки, что приводит её к опасной ситуации. Оскар, наконец, рассказывает Джейн о том, кем она была, а Уэллер требует ответа у своего отца о том, кто похитил Тейлор.
Когда Джейн и Уэллер вновь обращаются к старому знакомому для того, чтобы выследить грозного международного преступника, образовывается нежелательный союз. Между тем, Джейн сталкивается с трудным решением из-за того, что сомнительный заказ от Оскара может поставить под угрозу Уэллера.
Когда началась стрельба в школе после расшифровывания татуировки, команда разделяется, чтобы поймать стрелка. Мейфейр борется с некоторыми проблемами из прошлого.
Когда таинственная маленькая девочка, связанная с изображением на татуировке, попадает под надзор Бордена, он рассказывает о её случае команде ФБР, но её связи с террористической организацией оказываются опасными для всех. Между тем, конфликтующая сама с собой Джейн начинает снова приближаться к Уэллеру, а между Борденом и Паттерсон зарождается дружба.
Агенты ФБР оказываются в ловушке, когда хакеры проникают в здание, заперев команду внутри СИОЦ (Стратегического информационного оперативного центра) ФБР. В то время, как они пробивают себе путь, теснота помещения заставляет Мейфейр, Запату, Рида и Сару противостоять личным конфликтам.
После того, как был обнаружен брошенный ребёнок с татуировкой, идентичной татуировке Джейн, команда спешит идентифицировать по кусочкам личность ребёнка и спасти десятки малышей. Разъяренная Джейн ругается с Оскаром по поводу результатов его секретных миссий.
Уэллер ищет истину в душераздирающем и оскорбительном факте. Джейн обращается к бывшему подозреваемому за помощью в ситуации с Оскаром. Тем временем, остальная часть команды всеми силами старается помочь другу.
После побега из-под стражи ЦРУ команда отвоёвывает Джейн и убеждает её стать тройным агентом в своей прежней террористической организации, где она раскрывает некоторые крупные секреты из своего прошлого, хотя недавние предательства обеих сторон грозят навечно разлучить её и её команду.
Команда стремится остановить коррумпированного агента Управления по борьбе с наркотиками в ходе сделки по продаже ракет "стингер" наркокартелю, в то время, как Уэллер борется за то, чтобы удержать всех вместе в условиях возрастающего давления из-за разногласий Джейн с остальными и неудобного дополнения в виде Нас в качестве параллельного лидера.
Уэллер и команда должны успеть остановить череду участившихся взрывов в Нью-Йорке, в то время как Джейн вынуждена согласиться на миссию с убийством, чтобы доказать свою верность... или пострадать от последствий.
Нас и Уэллер подстраивают друг под друга свои новые действия в качестве партнёров по лидерству в ходе охоты команды за убийцей с презентации в музее, который, как оказалось, скрывает тёмную тайну; Джейн начинает видеть положительные стороны своей прежней организации.
После того, как известный политик был едва не убит во время митинга, Уэллер и его команда должны работать с маршалом США Элли Найт, чтобы победить лидера банды.
Пока Уэллер и Нас преследуют беглого агента в Болгарии, Джейн выходит на миссию от "Sandstorm" вместе с Романом. Рид и Запата должны справиться с неотложным вопросом.
Рич Дотком возвращается в ФБР, где он должен помочь с насущной проблемой.
Когда Уэллер и Джейн пропали во время секретной операции под прикрытием, остальные члены команды должны допросить двух преступников, которые владеют ключом к их обнаружению. Заместитель Федерального прокурора США Вейтс возвращается в строй, объявив вендетту команде.
После того, как Джейн узнает, что "Sandstorm" готовится к предстоящей атаке, она рискует всем, чтобы отправить секретное сообщение "S.O.S." своей команде в ФБР.
Паттерсон пропала... и недавно потерявший память Роман находится на свободе. Джейн и Уэллер должны догнать Шеперд - и упущенное время - чтобы найти их, пока не стало слишком поздно.
После того, как один из самых разыскиваемых в мире террористов появляется в Нью-Йорке по неизвестным причинам, команда должна сотрудничать с ЦРУ, чтобы остановить смертельные взрывы.
Когда необычная татуировка приводит обратно к Роману, команда должна решить, следует ли отправить его на полевое задание... работать под прикрытием в опасной банде байкеров.
Команда добивается серьезного прорыва в деле о "Sandstorm", когда они обнаруживают истинную личность Шеперд... и давнюю связь между ней и Уэллером.
Татуировка направляет команду к сильнейшему тайному обществу, но они не могут проникнуть в него без помощи одного из своих "выпускников"... Рича Доткома.
После того, как несколько татуировок приводят к некоторым зацепкам, команда делится на необычные пары - Уэллер и Роман, Джейн и Запата, Паттерсон и Рид - чтобы добраться до убийственного курьера из низших слоёв общества.
С помощью Нас Уэллер и Джейн, наконец, встретятся лицом к лицу с внутренним источником из "Sandstorm" и бросят вызов старому врагу.
Джейн и ее новый возлюбленный Оливер оказываются в опасной ситуации, которая раскрывает секреты, которые они оба скрывали. Не понимая, могут ли они доверять друг другу, пара должна остаться в живых, пока Уэллер и команда спешат спасти их.
Став объектом расследования своего старого соперника, команда с трудом пытается защитить себя. Между тем, татуировка приводит их к загадочной смерти в приёмной семье.
Рид решает вернуться на работу, и Курт дает ему второй шанс. Паттерсон разгадывает тайну очередной татуировки. Она приводит их к сайту «Ликхаб», где публикуются секретные данные. Среди прочих документов там опубликован и протокол Трумана, который, возможно, поможет разобраться, в чем будет состоять второй этап плана Шепард. Курт и Джейн должны пройти испытания, придуманные создателями сайта, чтобы получить доступ к необходимым им документам.
Оказалось, что арест Запаты это операция по её внедрению для получения информации от Девон, девушки-боевика, связанной с Sandstorm. Но Таше приходится действовать не по плану: Девон ранена другой заключённой, Запата организует побег. Веллер узнаёт правду об убийстве Эммы, и что виновна в этом Шепард, а не Джейн. После побега, Девон организует встречу со своим возлюбленным Паркером, снайпером из группы «Sandstorm». Паркер узнаёт Запату и использует её чтобы устроить засаду на Веллера и Джейн. Паттерсон выходит из себя, нападает на одного из своих подчинённых и выходит из дела. Веллер спасает Запату, захватывает Паркера и Девон. Джейн невольно вызывает у Романа воспоминание о том, что это она стёрла ему память, Роман приходит в ярость.
Роман обезврежен, его вновь помещают в подвал ФБР, к нему вернулось множество воспоминаний. Рид сообщает что он решил перевестись из Нью-Йорка в другое отделение. Джейн и Веллер идут по наводке Паркера, они находят склад, в котором точно воссоздан один из офисов ФБР; склад оказывается ловушкой. В это время Шеппард и её команда штурмуют офис ФБР и получают контроль над ним, убивают директора Пеллингтона и других агентов, с тем чтобы получить доступ к лаборатории и компьютерам Паттерсон, и используют их для организации других атак на федеральные здания. Паттерсон, Рид и Запата останавливают Шеппард, но Таша серьёзно ранена. Джейн и Веллер возвращаются в здание ФБР, им удаётся найти и обезвредить бомбы, установленные командой Шеппард. Роман присоединяется к Шеппард и сбегает с ней. В результате атак «Sandstorm» уничтожены несколько федеральных зданий, но благодаря предупреждению Паттерсон, жертв удалось избежать. Веллера конвоируют в секретный бункер, где собраны руководители ряда федеральных учреждений, составляющих «запасное правительство» (англ. сontinuity of government, «COGS»), которое придёт к власти в случае необходимости. Веллер теперь понимает, что это и есть «фаза два»: Шеппард собирается уничтожить существующее правительство, с тем чтобы к власти пришло COGS.
Веллер сбегает из бункера с заместителем директора ЦРУ Китоном. Паттерсон удаётся отследить взрывчатку, которую Шеппард использовала в атаках, до Зака Райли; на допросе он раскрывает планы Шеппард: выполнить со спутника атаку в точку возле Белого дома, где находятся ядерные материалы. Паттерсон пытается обезвредить спутник; после того как Запата и Китон находят ядерный материал, находящийся в машине скорой помощи, Джейн и Веллер выдвигаются для задержания Шеппард. Джейн ведёт машину скорой к туннелю, с тем чтобы минимизировать область поражения, а Веллер тем временем ищет в той же машине радиомаяк, по которому наводится ракета со спутника. Роман организует столкновение со скорой, Веллер ранен. Веллеру удаётся обнаружить маяк, его проглотила Шеппард. Тогда Веллер применяет к ней дефибриллятор и тем самым обезвреживает маяк. Это позволяет Паттерсон переключить ракету на другой маяк, находящийся в море. Джейн сражается с Романом, но не может заставить себя убить его, и Роман сбегает. Шеппард арестована и прибывает в тюрьму, где ей занимается Нас. Команда празднует победу.
Два года спустя, Джейн живёт в монастыре на вершине горы. Веллеру удаётся найти её, он сообщает что Паттерсон, Рид и Запата куда-то пропали, а он получил загадочный закрытый ящик с его именем на нём. Когда они оба касаются ящика, он открывается, внутри находится металлическая пластина. После того как оба коснулись её, на пластине проявляется рисунок, совпадающий с татуировкой на шее Джейн.
После 18-ти месячного затишья Курт наконец возвращается к работе. Ему предстоит расследовать новое, довольно сложно дело. Каким-то образом к происходящему оказывается причастна и Джейн Доу.
Команда наконец объединится для выполнения новой опасной миссии. Им необходимо предотвратить захват спутника могущественными злодеями. Вот только Джейн и ее друзья не знают, что за этой миссией стоят люди из правительства.
Джейн и Веллер пытаются выследить опасных компьютерных хакеров. Паттерсон вынужден работать с человеком, который ему неприятен ради того, чтобы скрыть опасный секрет из собственного прошлого.
Джейн узнает некий секрет о собственной юности, что может иметь разрушительные последствия. Команде главных героев приходится преследовать некий беспилотник, который угрожает жителям Нью-Йорка.
Паттерсон развеивает последние сомнения Джейн, демонстрируя ей неопровержимые доказательства произошедшего, и Доу решает во что бы то ни стало разыскать потерянную дочь. Тем временем разгадав скрытое в одной из татуировок послание, ФБР обнаруживает коробку без опознавательных знаков, содержимое которой выводит агентов на заговор. Он напрямую относится к одной из стран Центральной Азии и грозит смертью гражданину Соединенных Штатов. Между тем расследование выводит Запату и Паттерсон на нового, более опасного подозреваемого.
Запата с Паттерсон рассказывают Курту и Джейн об обнаруженных доказательствах насчет шпиона в их рядах и просят Доу еще раз просканировать ее татуировки. Между тем ФБР начинает расследование по делу русской кинокомпании, которая по факту оказывается прикрытием для преступного синдиката, занимающегося продажей оружия и наркотиков. В это же время Рид независимо от коллег находит улики против начальницы, Паттерсон обнаруживает зацепки к местонахождению дочери Джейн, а Роман продолжает реализовывать задуманное, убирая вставших на пути к его цели людей.
Пытаясь найти компромат на шпионку, Паттерсон не без помощи странной подсказки Романа расшифровывает то, над чем бился покойный Стюарт. Вскоре его указание на картину Ван Гога вкупе с дополнительной информацией выводит команду на клинику, где продажная врач, тайно работающая над опасным вирусом с целью наживы, оказывается тесным образом связана с Хёрст. Та, в свою очередь, — с супругом одного из пациентов, ставшим для главы ФБР незаменимым помощником по части незаконных дел. Но удастся ли Уэллеру и остальным добиться официального обвинения для столь хитрой и влиятельной персоны?
Поняв, что попала в западню, Хёрст решает убрать наиболее очевидного противника — Паттерсон, выставляя женщину виновной в убийстве Стюарта. Оставшиеся вне подозрений члены команды начинают операцию по спасению коллеги, параллельно продолжая поиски обличающих босса улик. В то же время последняя разоблачает одного за другим всех, кто задействован в тайном сговоре. Кто же победит в противостоянии — жаждущие отыскать правду союзники, или женщина, чья жизнь висит на волоске? Тем временем Роман наконец встречается с интересующим его человеком, а Уэллер принимает нелегкое решение, чтобы освободиться от оков шантажа.
Расшифровка очередного изображения на коже Джейн выводит ФБР на похитителей ядерных боеголовок и как-то связанного с этим Кроуфорда. Делая все, чтобы раскрыть личности злоумышленников, Рид, Запата и остальные объединяются с ЦРУ и вступают в опасную игру с желающей добиться власти русской террористкой. Тем временем прилетевший в Марракеш Роман сталкивается с управляющим финансами Кроуфорда по имени Виктор. Надеясь избавиться от нового работника, он пытается подставить его при первой же совместной операции. Уэллер же освобождается от оков шантажа, но только чтобы вновь потерять любимую и на этот раз, возможно, навсегда.
К девушке Эдгара обращается группа беженцев, незадолго до этого вне очереди получившая работу в Нью-Йорке. Подозревая, что их куратор хочет сделать из них террористов, люди по наводке Романа находят журналистку, вместе с которой к расследованию подключается вся команда Рида, увидевшая в деле связь с одним из изображений Джейн. Тем временем Роман продолжает сближаться с Блейк Кроуфорд, однако его старания едва не срываются благодаря Виктору, весьма заинтересованному в раскрытии личности Тома. Джейн же отвечает на звонок старого знакомого, воспоминания о котором толкают женщину на импульсивный поступок, а Уэллер раскрывает еще одну тайну деверя.
Проверяя найденные зацепки, Уэллер обнаруживает, что дочь Джейн не только жива, но и близко знакома с Романом. Доу решает немедленно отправиться на поиски девушки, а присоединившегося к ней Курта ждет неприятная встреча со старым напарником жены, Клемом. Тем временем Паттерсон узнает, что в созданном ею приложении нашлась лазейка, обеспечивающая неизвестным взломщикам доступ к данным всех пользователей. Эта и без того тревожная ситуация становится катастрофической, когда последствия утечки оборачиваются серьезной опасностью, грозящей Нью-Йорку разрушением.
Пока Джейн с Куртом пытаются узнать у Эйвери причину ее сотрудничества с Романом, Паттерсон получает от последнего подсказку, помогающую с расшифровкой татуировок. Сложившиеся детали пазла указывают команде на старого партнера Уэллера, который оказывается информатором АНБ, пытающимся выйти на главу антиправительственной группировки. Тем временем Запата, испытывая на плененной Хёрст новое вещество, узнает о ее связи с ополчением, Виктор раскрывает обман нового помощника босса, а Уэллер присоединяется к бывшему коллеге для помощи в его миссии.
Команда ФБР берется за поиск злоумышленника, ответственного за похищение опасного компьютерного вируса, упоминание о котором оказывается зашифрованным в одной из татуировок Джейн. Однако установление личности похитителя дает мало толку, когда Паттерсон обнаруживает, что тот продал вирус на аукционе. Найдя посредника, заплатившего крупный аванс, члены команды решают взять продавца «на живца», подослав к ней под видом покупателя Рича Точку-ком. Тем временем Блейк находит способ помочь отцу, привлекая для реализации своего плана Романа, Эдгар использует свои связи, чтобы улучшить положение любимой, а Доу наконец решается сделать первые шаги к примирению с дочерью.
Очередной день Паттерсон начинается с неловкой встречи с симпатизирующим женщине доктором наук, а продолжается расследованием гибели солдат, дата смерти которых была зашифрована в одном из рисунков на коже Джейн. Когда в самом разгаре анализа праха погибших Паттерсон оказывается в эпицентре взрыва, ее внезапно отбрасывает на несколько часов назад — в то же самое утро. Слегка изменившиеся события дают агенту возможность выяснить, кто именно стоял за происшествием в лаборатории. Но какую еще загадку должна разгадать криминалист, пока в реальности врачи бьются за ее жизнь?
Прибыв на место крушения самолета ЦРУ, Запата обнаруживает связь произошедшего с информацией, нанесенной на кожу Доу. Между тем Джейн с Марком навещает знакомый с того самого самолета, год назад похищенный Управлением и готовый заключить новую сделку ради возвращения к семье. Узнав от мужчины об остальных заключенных, сбежавших во время аварии, ФБР вскоре вычисляет ответственного за происшествие и раскрывает его планы. Тем временем Роман, сделав все, чтобы принять участие в спасении похищенной Блейк и ее спутника, узнает о хитром плане Кроуфорда по сближению с нужным ему семейством.
Когда Паттерсон раскрывает значение вытатуированной на Джейн стрекозы, Запата решает признаться коллегам о тайной работе вместе с выжившим Борденом. Чудом спасшийся после взрыва он начинает работать на ЦРУ, под прикрытием внедрившись в ячейку сербского террориста и массового убийцы. Однако когда тот убивает своего куратора, агенты решают задержать его для выяснения причин произошедшего. Сотрудничество с задержанным дает ФБР возможность схватить злоумышленника, в то время как Рича вызывают на проверку по делу Хёрст, итоги которой сулят мужчине не лучшее будущее.
ФБР получает наводку на крупную сделку Кроуфорда с грязным бизнесменом по фамилии Брюерс, которая должна состояться на благотворительном приеме Блейк в Хорватии. Чтобы пробраться на закрытое мероприятие, Доу, Запате и Уэллеру приходится воспользоваться помощью Эйвери, имеющей давние связи с нужным им семейством. Однако инициатива девушки едва не ставит операцию под угрозу. Тем не менее встреченный агентами Роман дает им информацию о месте и времени сделки. Но разговоры по душам с сестрой, а позже и с любимой меняют приоритеты мужчины, заставляя его пересмотреть свое отношение к недавним союзникам.
Найденное системой совпадение с тату выводит агентов на книгу о теории заговоров, часть которой связана с суперсекретным оружием, предположительно созданным по заказу Кроуфорда для его будущего проекта. Паттерсон, Рид и остальные, при содействии автора книги, бросают все силы на поиски бесследно пропавшего разработчика оружия, ушедшего в подполье. В то же время, Роман начинает лично выслеживать инженера, параллельно пытаясь рассеять подозрения Блейк, не желающей мириться с тайной жизнью возлюбленного.
Найденное системой совпадение с тату выводит агентов на книгу о теории заговоров, часть которой связана с суперсекретным оружием, предположительно созданным по заказу Кроуфорда для его будущего проекта. Паттерсон, Рид и остальные, при содействии автора книги, бросают все силы на поиски бесследно пропавшего разработчика оружия, ушедшего в подполье. В то же время, Роман начинает лично выслеживать инженера, параллельно пытаясь рассеять подозрения Блейк, не желающей мириться с тайной жизнью возлюбленного.
Несмотря на выведенную из строя программу, Паттерсону удается обнаружить еще одно совпадение. Однако на сей раз не на теле Доу, а на трупе недавно выловленного из моря Драбкина, который, как показывает экспертиза, вовсе не покончил с собой, а был убит. Неожиданная зацепка дает агентам наводку на наемника, деятельность которого указывает на заказчика убийства бизнесмена. Тем временем Эйвери вместе с Джейн отправляются к крестной девушки для подписания страховых бумаг, а помолвка Рида оказывается под вопросом из-за всплывшей правды о Таше.
Джейн надо найти старых друзей и с их фУзнав о взломе одной из фабрик, Джейн вспоминает о старом плане брата, который когда-то был забракован их матерью и включал в себя создание самовзрывающейся бомбы. Пытаясь выяснить, откуда преступник собирается украсть вторую составляющую, Доу встречается с Шепард, которая поднимает перед женщиной вопрос о нерушимости семейных уз. Между тем Роман начинает воплощать свой план в жизнь, не подозревая, что его уловка вскоре будет разгадана такой же любительницей загадок, как и он сам.помощью победить опасного врага.
На сей раз Паттерсон получает зашифрованное послание Романа, указывающее на памятное для него с сестрой место. Параллельно агенты решают использовать чувства Блейк, чтобы выйти на ее парня, в то время как Роман начинает воплощать в жизнь план отмщения за свое загубленное детство. Запата тем временем принимает непростое решение ради будущего, а Джейн обнаруживает у себя странные симптомы, которые заставляют команду с удвоенной силой взяться за расшифровку оставшихся неразгаданными изображений на ее теле. Вместе с тем Доу ждет неприятное известие, пришедшее вкупе с утерянными ранее воспоминаниями.
Проходит три месяца со смерти Романа, и главной целью команды становится поиск флеш-карт с важной информацией, заботливо припрятанных покойным в самых опасных местах планеты. Тем временем Реми пытается отыскать оставшихся в живых членов Песчаной бури и вскоре ей улыбается удача – на ее зов откликается один из старых сообщников женщины. Однако ФБР удается отследить активность преступника, что ставит Джейн в непростое положение. Между тем Блейк при поддержке Запаты решает досрочно возглавить компанию отца, не подозревая, чем это обернется для нее и других членов совета.
ФБР бросает все силы на поиски таинственного сообщника Долана, а также на разгадку еще одной части тату, пересекающейся с информацией с диска Романа. Чтобы разгадать очередной ребус, Рич привлекает к делу своего бывшего парня и по совместительству мелкого преступника Бостона, однако хакеру приходится пожалеть о своем решении, когда приглашенный специалист начинает претендовать на его должность в отделе. Реми, между тем, пытается выяснить, где держат Шепард, и вскоре ей подворачивается такая возможность, когда наводка по татуировке выводит агентов на русского шпиона.
Джейн не может преодолеть себя и убить Веллера, поэтому рассказывает ему правду. Паттерсона ставят в ночную смену с неким Линкольном, который оказывается совсем непростым парнем. Команда начинает охоту за террористами и узнает кое-что подозрительное о новом директоре ФБР.
Джейн пытается раздобыть информацию с поврежденной флешки. В заброшенной гостинице обнаруживают склад подозрительных фарфоровых кукол. Офис и лаборатория оказываются на карантине, а наши герои – в смертельной опасности.
Клаудия и Запата пытаются узнать у Рида нужную им информацию. В офисе команда расследует по татуировке новое дело, связанное с убийцей, разыскиваемым по всему миру. Им удается застать его на месте преступления и найти его связь с рядом террористических актов.
Убийство конгрессмена заставляет пересмотреть базу данных татуировок. У героев появляются догадки о политических преступных схемах международного масштаба, в которых также может быть замешан директор ФБР Уайтс. ЦРУ пытается вызнать у Рида, как Запата получила доступ к его компьютеру.
Схемы Реми подвергают ее и Веллера опасности. Паттерсон и Рич расследуют таинственную загадку в ФБР. Курт готовит запасной план на случай, если Реми его подведет.
Уэллер раскрывает тайну Джейн Паттерсон и Ричу. Над Нью-Йорком нависает ядерная угроза, связанная с тайным клубом. Несмотря на быстро ухудшающееся состояние, Реми удается добраться до Шепарда.
Уэллер одобряет проведение экспериментального лечения мозга, которое уничтожит Реми и вернет Джейн, или убьет обоих. В ходе процедуры Джейн должна столкнуться со своим темным прошлым, чтобы сохранить надежду на будущее. В то же время Рид и Уайтс встречаются с Запатой в Мексике.
Может быть, Реми и исчезла, но жизнь Джейн по-прежнему в опасности. Команда разыскивает ученого в надежде найти способ лечения. Вскрывается фармацевтическая афера и правда о смерти ученой. Запата старается быть честной с Ридом.
Происходит убийство известного писателя, чьи детективы были основаны на реальных преступлениях и стали бестселлерами. Джейн и команда отправляются на охоту за серийным убийцей, подробно описанным в последней рукописи покойного писателя. Остальные персонажи этого произведения очень напоминают кого-то…
Улики приводят команду к миллиардеру-ипохондрику, у которого есть стволовые клетки, способные вылечить Джейн. В это время девушка уже близка к смерти. Паттерсон и Рич договариваются обменять таинственную книгу на стволовые клетки, но сначала им предстоит достать свою часть сделки.
Романтическому отпуску Джейн и Уэллера не суждено пройти беззаботно. Команде предстоит остановить коварную Мэделин Берк, задумавшую взорвать здание и устроить крушение самолета. Расследование приводит к догадке, что это не обычный коммерческий рейс…
Чтобы остановить серию взрывов по всему Бруклину, команде придется обратиться к одному старому делу. Оно скрывает многие ужасные тайны высокого уровня секретности и вызывает давно забытые чувства. Террорист утверждает, что два года назад за взрывы на тех же местах была осуждена не та женщина…
Над очередным делом команда работает вместе с сотрудником Разведуправления Минобороны США. Им предстоит предотвратить продажу устройства, которое предназначено для обогащения краденого плутония с далеко не мирными целями. Общее прошлое Джейн, Шепард и Камал одновременно и беспокоит, и помогает им справиться с ситуацией.
Мэделин начинает осуществлять свой хитрый план, но наша команда не единственные, кто ее преследует. Рич испытывает беспокойство по поводу благополучия Бостона, который явно что-то скрывает. Джейн придется обратиться за помощью к своему старому врагу, несмотря на их длящиеся разногласия и соперничество.
Команда бежит наперегонки со временем, чтобы спасти одного из своих после того, как Доминик приступает к осуществлению кошмарного плана по освобождению Мэделин. Напряжение возрастает, когда Мэделин начинает устанавливать собственные правила.
Пока Запата приходит в себя, Паттерсон и Рич Точка-ком расследуют очередную загадку из татуировок Джейн. Им удается найти связь между 26 случаями отравления и определить первого подозреваемого. Расследование приводит их к интересному эксперименту по созданию смертельно опасного оружия.
Команде удается раскрыть существование международного заговора, когда оказалось похищено смертельно опасное оружие. Кто-то из прошлого Веллера беспокоит его неприятными воспоминаниями, и Джейн решает утешить коллегу. Паттерсон и Рич борются с сообщником хакера, недавно вышедшим на свободу.
Ужасающий и мстительный злодей угрожает работе ФБР. Веллеру придется пересмотреть свои ценности. Запата и Рид пытаются разобраться в своей ситуации. Паттерсон испытывает все возрастающий интерес к своей персоне.
Доминик начинает осуществлять план Мэделин, следуя инструкциям женщины. Команда торопится остановить злодеев и надвигающуюся катастрофу, чтобы навсегда уничтожить угрозу. Напряжение возрастает, когда на тайны прошлого проливается свет.
Команда вынуждена отправиться на международную миссию, целью которой будет остановить распространение угрозы по всему миру. Когда внутренние разногласия грозят навредить отношениям среди членов команды, Мэделин меняет правила игры.
Джейн получает странное сообщение от анонимного доброжелателя, с помощью которого девушке удается спланировать спасательную миссию для освобождения Рича из секретной тюрьмы ЦРУ. Однак, для этого героине придется обратиться к старому врагу. Стоит ли и дальше доверять загадочному источнику или лучше выяснить его происхождение?
Джейн и команда решают воспользоваться связями отца Паттерсона, чтобы получить доступ на конференцию на высоком уровне в Финляндии. Герои надеются встретить на этом мероприятии Мэттью Уайтса и заручиться его поддержкой. Задание оказывается не из простых, и профессионализм команды подвергается серьезной проверке.
Когда очередная операция сорвана, героям предстоит иметь дело с внутренним врагом и постараться избавиться от него до полного уничтожения команды. Вэто время Мэделин Берк решает добиться преданности доктора Уайтса и втягивает мужчину в напряженную игру с психологическим давлением. Успеетли команда Джейн помешать их союзу?
Перед командой встает новая пугающая задача: герои должны вспомнить свой самый первый день работы в ФБР, чтобы предотвратить создание нового смертельного химического оружия террористической группой. В это время Уэллер узнает тревожные новости о здоровье дочери, и вынужден балансировать между работой и семьей.
Команде предстоит сделать все возможное, чтобы защитить Джейн и вернуть похищенного Веллера, сохранив при этом свой статус секретности. Между тем, призраки темного прошлого не оставляют Веллер в покое.
С возвращением старого знакомого команде предстоит принять участие в настоящей смертельной гонке по всему свету, чтобы разгадать несколько тайн и вернуть давно пропавшие и печально известные картины Гарднера.
Всеми силами пытаясь помешать осуществлению планов Мадлен, команда разделяется для секретной операции по захваты ее сына. Между тем, сама женщина устраивает допрос старому союзнику в поисках информации о Курте.
Мэдлин выходит из комнаты, где Айви пытает кого-то, чтобы получить информацию. Веллер тем временем продолжает просматривать видео Алли для прессы, задаваясь вопросом, что означает скрытое сообщение и какое задание она выполняет. Команда получает еще одно анонимное сообщение, касающееся "Цербера" Джейн, Вайц и Африн продолжают работать над поиском способа уничтожить Мэдлин, первый просит второго взломать компьютер Ширли, чтобы узнать, кого еще шантажирует Мэдлин. Команда отслеживает груз ZiP, который покинул Танагерс на грузовом судне, направляющемся в Северную Америку, но не знает, в какой порт он направляется. Они понимают, что это та самая партия, которую мы смогли обезвредить, и ее количества достаточно, чтобы уничтожить все население Северной Америки. Теперь Паттерсон может триангулировать местоположение по трем татуировкам, которые они получили на данный момент, и выяснить, что груз отправляется с Мальты. Сапата вспоминает о существовании там аванпоста ЦРУ и вспоминает, что Китон отправился туда после изгнания из ЦРУ. Мэдлин получает сообщение от агента Интерпола о том, что Сапата находится на Мальте. Китон объясняет, что с тех пор, как команда была вынуждена пуститься в бега, Алли, Бостон и он использовали ресурсы ЦРУ Китона, чтобы помочь команде с сообщениями о татуировках, а также сами пытались получить информацию о Мэдлин. Выясняется, что именно Китона пытала Айви, и что Мэдлин держит семью Китона в заложниках, чтобы он помог ей найти команду. Паттерсон понимает это и пытается отключить их сеть. Мэдлин прибывает на Мальту и убивает Китона, когда тот пытается дважды обмануть ее, а Келлер и Джейн тем временем попадают в руки Айви. Позже Рич оказывается в тюрьме и вынужден наблюдать за тем, как Паттерсона якобы убивают во время взрыва в серверной. Команду возвращают в офис ФБР в Нью-Йорке и обвиняют во всех нападениях Мэдлин.
Всех членов команды допрашивает Мэдлин, надеясь, что один из них согласится взять вину на себя и признаться общественности, что они были ответственны за все нападения, совершенные Мэдлин, приговорив остальных к вечному заключению в тюрьме ЦРУ. Она дает каждому из них время до конца дня, чтобы признаться, иначе она сделает это сама. Паттерсон оказывается жив и вместе с Бостоном пытается спасти команду и раскрыть правду о Мэдлин. Паттерсон отправляет закодированное сообщение Африн с просьбой помочь Паттерсону и Бостону проникнуть в офис ФБР незамеченными. Паттерсон и Бостон проникают в офис и попадают на сервер, где сразу же приступают к работе, только получив уведомление, что Джейн принимает предложение Мэдлин признаться. Джейн видит сообщение азбуки Морзе через записывающую лампочку видеокамеры и отказывается от признания, говоря, что хочет изменить условия сделки. Вайц с помощью Паттерсона тем временем освобождает остальных. Паттерсон переводит систему в режим блокировки, чтобы команда могла найти Джейн и сбежать, но их ловят члены Даббур Чжан. Они пытаются увести команду, но их останавливают Вайц и другие агенты, которые заставляют их отступить, что заканчивается перестрелкой, в которой Вайц получает смертельное ранение. Мэдлин пытается бежать на своем частном самолете, но ее останавливает Сапата, который требует сообщить, где находятся бомбы ZIP. Мэдлин говорит, что гордится тем, чего она добилась, и выпивает бокал шампанского, в который был подмешан тот же яд, который она использовала для убийства своего мужа и членов правления HCI Global. Ширли приходит к Айви и пытается помочь им, но она убивает его.
Поскольку Мэдлин и Вайц ушли, некому руководить ФБР до прибытия временного директора. Пока команда ждет, они продолжают искать Айви и канистры ZIP, прежде чем они могут быть использованы. Уэллер произносит речь перед остальными членами ФБР о том, что они должны остановить использование ZIP-канистр. Паттерсон и Рич понимают, что Мэдлин воспользовалась услугами своего хакера, которым оказалась Кэти, которая в свою очередь соглашается помочь Айви найти канистры и уничтожить ZIP. Кэти прибывает в офис ФБР, заявляя, что хочет помочь команде найти канистры и уничтожить Айви, но Паттерсон и Рич понимают, что не могут ей доверять, и, вероятно, используют ее как приманку для Айви, чтобы получить доступ в ФБР. Кэти пытается проникнуть на сервер Мэдлин в Darkcloud, но обнаруживает, что кто-то уже имеет к нему доступ. Это оказывается Бостон, которого Айви заставила взять себя в руки. Рич и Паттерсон вместе с Кэти отправляются спасать Бостона, который стоит на бомбе, установленной на нажимной плите. Все трое пытаются обезвредить бомбу. Кэти меняется местами с Бостоном, так как ему трудно обезвредить бомбу. Она притворяется, что жертвует собой и позволяет бомбе взорваться, только чтобы использовать ее как средство для побега. Прибывает временный директор ФБР Арла Григорян и требует, чтобы Джейн, Веллер и Сапата отступили и прекратили преследовать Айви. Они не подчиняются приказу и отправляются на поиски Айви, чтобы помешать ей подготовить бомбу. Они опоздали, и Джейн обнаруживает, что бомба уже взорвалась и газ ЗИП выпущен. Чтобы предотвратить заражение других людей, она активирует двери шлюза и оказывается в комнате, а Уэллер беспомощно наблюдает за происходящим снаружи.
Очнувшись, Джейн обнаруживает себя в реабилитационной палате ФБР, где команда объясняет, что бомба взорвалась. Джейн спрашивает, почему у нее все еще сохранились воспоминания, на что Паттерсон отвечает, что она сделала противоядие, чтобы предотвратить последствия ЗИПа. Григорян вводит команду в курс дела и говорит, что, согласно распоряжению президента, они обладают иммунитетом от судебного преследования за преступления, в которых их подставила Мэдлин, что дает им шанс начать все с чистого листа. Единственное условие - они больше не могут работать ни на одно правительственное агентство США. Они также узнают, что все бомбы найдены и обезврежены, хотя Айви все еще в бегах и пытается скрыться из страны. Рич и Паттерсон планируют отправиться на поиски сокровищ, но вскоре получают информацию о том, что один контейнер все еще не найден. Уэллер и Паттерсон умоляют Григоряна позволить им и остальным заняться этим последним делом, на что Григорян соглашается, но все должно быть сделано по правилам. Команда узнает, что Плющ встречается с изготовителем бомб Джесси Томасом, чтобы превратить канистру в грязную бомбу, которая увеличит радиус взрыва и подвергнет опасности весь Нью-Йорк. Тем временем Джейн обнаруживает, что противоядие ZIP не работает, и начинает видеть галлюцинации всех из своего прошлого, и отправляется в одиночку, чтобы остановить Плюща. Джейн находит Томаса в церкви, но слишком поздно - Айви уже ушла с бомбой. Она в одиночку расправляется с Томасом и его людьми. Джейн получает более сильную дозу противоядия, а остальные члены команды пытаются определить, где Айви намерена взорвать бомбу. Джейн прекращает принимать антидот, понимая, что галлюцинации помогают ей определить местоположение бомбы, и сообщает остальным, что бомба будет взорвана на Таймс-сквер. Когда они добираются до Таймс-сквер, все расходятся, и Джейн видит новые группы галлюцинаций по ходу поисков, каждая из которых, кажется, ведет ее в направлении грязной бомбы ZIP. Наконец Джейн находит бомбу и сообщает по рации, где она находится, а Сапата находит Айви и снимает его. Когда остается всего три минуты, Паттерсон и Рич пытаются помочь Веллеру и Джейн обезвредить бомбу. В оставшиеся секунды Джейн и Уэллер перерезают зеленые провода и останавливают бомбу. Команда возвращается в главный офис, их все поздравляют, а Григорян благодарит их за службу и говорит, что их наследие будет непревзойденным. Рич, Сапата и Паттерсон вспоминают свое время в ФБР и благодарят друг друга за то, что они помогли им пройти через все, стоя перед фотографиями Рида и Мэйфейра, отдавая им дань уважения. Команда уходит и наблюдает, как Григорян инструктирует новую основную команду о задании, команда улыбается, когда двери лифта закрываются. Декорации перемещаются в горную местность Колорадо, где Джейн и Уэллер ужинают со своими приемными детьми и друзьями: Сапата и ее дочь, сестра Курта, Алли и Бетани, Паттерсон и ее отец, Бостон, который женат на Рич, Эйвери. Наблюдая за друзьями, Веллер говорит, что им повезло, что они вовремя всех спасли и что есть мир, в котором этого могло бы не произойти. Сцена возвращается на Таймс-сквер, где Джейн и Уэллер перерезают провода на бомбе ZIP, но вместо этого Джейн теряет сознание. Пока команда наблюдает за происходящим, парамедики пытаются спасти ее, но вскоре констатируют смерть. Сцены постоянно сменяют друг друга. Эпизод заканчивается тем, что ее тело кладут в мешок для трупов и оставляют одну на пустой Таймс-сквер, что повторяет начало сериала.