Когда в закрытой комнате без окон убивают подозреваемого в нескольких преступлениях, для расследования этого дела правительство привлекает команду подопечных доктора Розена, обладающих необычайно развитыми способностями. Невероятная сила, дар убеждения, слуховая и зрительная синестезия, а также умение улавливать электромагнитные волны делает этих людей уникальными, а иногда и незаменимыми в расследовании аналогичных дел. Однако эти же способности мешают им самим приспособиться к реальности, в чем своим подопечным и старается помочь Ли Розен.
Из-за опасений повторного нападения на доктора Розена команда переезжает в другой район. Между тем Ли вызывают на место автоаварии, в ходе которой на воле оказался перевозимый пациент Маркус Эйерс, являющийся старым падопечным доктора и умеющий создавать продуманные цепочки событий. Маркус оставляет для Ли послание, заставляя того лично взяться за дело по его поиску, однако при встрече с Эйерсом Розен начинает подозревать, что тот сам является жертвой, а не только преступником.
Команда Альфа начинает расследование массовой потери самоконтроля в вагоне метро, закончившейся беспорядками и смертью нескольких пассажиров. При обследовании вагона Рэйчел обнаруживает, что находившиеся в нем люди были подвержены воздействию феромона, который распространила неизвестная. Пытаясь выследить девушку, Розен и его группа обнаруживают брата беглянки, который оказывается не так прост, как кажется поначалу. Между тем Кэмерон пытается свыкнуться со своим положением в команде, Пирзэд подвергается атаке со стороны родственников, а Гари протестует против шума в новом офисе.
Пытаясь захватить двух участников движения «Красный флаг», команда Альфа вместе с полицией получают не только в спешке оставленные документы и файлы, но и девушку-аутиста Анну, наладить связь с которой удается только Гари. Распознав ее стиль общения доктор Розен узнает, что та способна понимать все языки мира и может перевезти зашифрованные сообщения преступников. Благодаря одной из этих шифровок команде становится известно о планах экстремистов, а тем временем Белл раскрывает еще одну тайну найденной девушки.
Команда Альфа приезжает в штат Пенсильвания для расследования серии внезапных смертей непонятной аномалии. Внимание доктора привлекает выделяющаяся на фоне остальных гибель подростка в автоаварии, когда как остальные, взрослые жертвы, скончались от непонятной хвори. Несмотря на кажущуюся естественность гибели юноши команда решает в первую очередь проверить связь между происшествиями, а в это время еще один житель города погибает от той же болезни. Навестив мать погибшего школьника, Рэйчел проникается к ней сочувствием, а тем временем установленная остальными членами команды связь между погибшими людьми выводит их на возможного подозреваемого.
Для того, чтобы реабилитироваться после проступка, практически лишившего его должности в ФБР, Билл объединяется с Гари для поиска похищенной дочери богатого и влиятельного бизнесмена. Несмотря на недовольство Бюро Билла присоединяют к расследованию, однако вскоре неудачно сложившиеся обстоятельства изменяют ситуацию. Тем временем между Ниной и Кэмероном зарождаются отношения, Харкен пересматривает свои желания, а команда Альфа присоединяется к заданию Билла и вычисляет шпиона, затесавшегося в близкое окружение безутешного отца.
После взрыва в квартире давней знакомой доктора Розена альфы Скайлер Адамс, ФБР, полагая, что ей необходима помощь, посылает команду Ли разыскать девушку и обеспечить ее безопасность. Группе удается спасти ее от неизвестных преступников, только вот Адамс не горит желанием сотрудничать, а злоумышленники вскоре обнаруживают штаб команды. Между тем Гари вступает в противостояние с матерью, не позволяющей ему продолжать работу в команде, Билл достает сведения о секретной деятельности Скайлер, наводящей на подозрения о ее связи с группировкой «Красный флаг», а Нина вступает на опасный путь ради помощи старой знакомой.
Розен вынужден использовать свои хитрость и дар убеждения, чтобы противостоять могущественному альфа, считающем себя посланником господа и использующим свой дар для превращения людей в безвольную паству. Когда вслед за Хиксом воздействию «божественной силы» подвергается Теру с Харкеном, а ставшие прихожанами люди начинают умирать, оказавшийся в заточении Ли добывает противоядие, однако узнав о побочном эффекте лекарства альфа-пастырь решается на последний шаг в приближении к раю. Тем временем Рэйчел ждет печальная новость об одном из членов ее семьи.
Члены команды захватывают врача, не только являющегося одним из людей со сверхспособностями, но и работающего над заселением земли похожими на него неординарными людьми. В то время как доктор Розен пытается выпытать у плененного мужчины его планы и мотивы, остальные члены команды начинают замечать в офисе необъяснимые странности, а после бесследной пропажи одного из членов команды Ли приходится решить, кто является наиболее опасным противником – безобидный на первый взгляд ученый или невидимый похититель, планомерно отрезающий команде пути к отступлению.
Доктор Розен и его команда оказываются в тюрьме для сверходаренных преступников после того, как ФБР начинает подозревать в одном из них предателя, слившего информацию о ведущих работниках глобальной альфа-программы, каждого из которых вскоре после этого убили весьма странным способом. Нэйтан Клэй проводит допрос членов группы, в ходе которого выясняется о личных разговорах Гари с работающей на «Красный флаг» Анной. Между тем Клэй ставит команде условие – самостоятельно найти в своих рядах предателя, иначе их всех ждет место, из которого альфа не возвращаются.
В попытках выследить таинственного убийцу работников альфа-программы, Ли узнает, что злоумышленник на сей раз преследует его дочь, Даниэль. Ожерелье, которое та украла у незнакомца, оказалось ценнее, чем она думала, что подвергло опасности жизнь не только девушки, но и ее окружения. Между тем Гари через Анну узнает о Стэнтоне Пэрише – самом старом и могущественном человеке со способностями, чей манифест и стал доктриной движения «Красный флаг». Раскрыв местоположение встречи Пэриша с членами движения, ФБР устраивает засаду, однако развивающиеся события ставят под сомнение правильность совершенного нападения на экстремистов и сокрытия информации о людях-альфа.
Проходит восемь месяцев со дня выступления доктора Розена, упрятанного после этого в психиатрическую лечебницу. Между тем пытаясь заглушить окружающие ее звуки Рэйчел выбирает путь затворницы, Нина возвращается к жизни, которую вела до вступления в команду, а Билл с Хиксом продолжает работать с ФБР, где при отправке очередного пойманного преступника в седьмое отделение обнаруживают старого друга, в то время как стараниями новой заключенной остальные оккупируют здание тюрьмы, выдвигая требования в обмен на заложников.
Розен и его команда вновь возобновляют свою работу и первое, на что обращает внимание Ли – подрыв грузового поезда с медью и углем. Между тем команде поступает новое задание по поиску сверхбыстрого человека, похитившего пожилого мужчину. Отпечатки на месте убийства последнего раскрывают Ли не только личность злоумышленника, но и его дар, который также оказывается его проклятьем. Вскоре злоумышленник похищает еще одного человека, связь которого с первым и раскрывает мотивы убийцы.
Обнаружив мертвым одного из заключенных седьмого корпуса, Хикс с Харкеном выходят на подпольные бои без правил для людей со способностями, для проникновения куда одному из них приходится выдать себя за одного из бойцов, в то время как второй знакомится с обладающей уникальным даром девушкой, в лице которой команда находит неожиданную союзницу. Тем временем Рэйчел с помощью нового члена команды узнает имя убийцы, с которым им вскоре предстоит встретиться, а Розен добывает новые подробности прошлого Пэриша.
Серия преступлений, связанных с галлюцинациями ставших невольными преступниками жителей города, наводит доктора на мысль о том, что все это дело рук покинувшей группу Нины Теру. Между тем Ли пытается придумать, как сохранить память Кэт, а Рэйчел узнает причину холодности своего нового коллеги. Найдя Нину, Розен узнает об значительном усилении ее способности, а также о неприглядном поступке, который она совершила по отношению к старому другу ради собственного счастья.
Ли просит Нину поработать лично на него и помочь в расследовании прошлого Стэнтона, а также попробовать развить новую способность, используя в качестве подопытной его новую знакомую. Сам же Розен вместе с Биллом, Хиксом, Рэйчел и Гари отправляется на встречу с новоявленным альфа, которого преследуют галлюцинации, вскоре передавшиеся вынужденным искать сбежавшего юношу в перекрытом крыле больницы членам команды. Пытаясь выяснить причину видений, все, кроме Гари, попадают в опасную ситуацию, в то время как в руках последнего оказываются их жизни.
Пытаясь раскрыть секретное предназначение фотостимулятора, доктор Розен и его команда отправляются на поиски способной разбираться в технике Скайлер Адамс. Оказавшийся в мертвой зоне Гари поначалу чувствует себя не в своей тарелке, однако вскоре раскрывает новые в себе новые таланты, в то время как люди в лагере дают понять Ли, что ему здесь не рады. Между тем Рэйчел попадает под действие стимулятора, а в игру вступает третья сторона, желающая возвращения украденной доктором вещи.
Розену достается дело уже знакомого ему пациента больницы, который, вернувшись в школу, подчинил своей воле всех одноклассников. Надеясь найти способ совладать с его во много раз усилившейся способностью, Ли пытается отыскать подростка и повлиять на него, однако после того как доктора настигает неудача, встреча со старым знакомым делает ситуацию еще запутанней. Между тем Нина обнаруживает побочный эффект своего влияния на сенатора, а Рэйчел раскрывает источник утечки информации из отдела.
Кэт наконец-то реализует свою мечту и начинает работу в качестве полноправного члена команды. Ее первое задание – внедриться в одну из банд с целью разузнать о новом веществе, позволяющем людям становиться неуязвимыми. Тем временем Розен работает над проверкой подозрений по поводу предательства собственной дочери, которая, как он полагает, как-то связана со Стэнтоном. Для помощи в этом деле он тайно привлекает Гари, который параллельно работает над делом Билла с Кэт, в то время как Кэмерон начинает не на шутку тревожиться о том, что его способности могли передаться сыну.
После того как завербованная отцом Даниэль неделю не выходит на связь, Кэмерон срывается на Ли, а три недели спустя во время операции по задержанию альфа-преступников, команда обнаруживает Хикса на стороне противника. Между тем сам Кэмерон пытается добиться аудиенции у Пэриша, однако для начала мужчине придется пройти неприятную проверку. В это же время команда Розена пытается разобраться, действительно ли в их рядах появился предатель, или это лишь уловка Хикса ради спасения любимой?
После случившейся трагедии каждый член команды пытается поддержать Хикса, а последний тем временем просит Нину об услуге. Между тем в отдел попадает ребенок, оказавший необъяснимое влияние на Гари, а Рэйчел наконец-то решается продвинуться в отношениях с Джоном. Нэйтан же сообщает команде о переконструировании отдела в центр по разрушению организаций Пэриша, Билл с Ниной добывают весьма любопытную информацию о младенце, а Лу обращается к Хиксу с просьбой о содействии.
Используя ФБР и способности Теру для задержания и допросов сообщников Пэриша, доктор Розен натыкается на ниточку, которую решает проверить в обход Нэйтана, для чего посылает по добытому адресу Хикса с Кэт. Обнаруженный в доме безобидный мужчина оказывается хранителем воспоминаний Стэнтона, но для того, чтобы забрать его, напарникам сперва предстоит сразиться с альфа-надзирателем. Тем временем сенатор выходит на отдел Ли и узнает о источнике влияния на ее разум, Гари оказывается в нелегком положении, а Розен использует умения новоприбывшего альфы, чтобы узнать кое-что новое о своей дочери.
Приближается знаковый для Пэриша день, перед которым тот совершает серию атак на электростанции города. Это позволяет ФБР предположить, что Стэнтон затевает что-то масштабное, и Ли предлагает еще раз использовать способности хранителя памяти в надежде найти подсказку о грядущей операции противника. Для этого последнего необходимо перевезти из седьмого отделения, однако лишь некоторым членам команды становится известен настоящий план доктора по поимке неприятеля. Вскоре Ли в своем желании добыть информацию переступает грань допустимого, в то время как Гари определяет местоположение заключенной в ментальной ловушке Скайлер.
Несмотря на ранение, подгоняемый галлюцинациями Ли продолжает преследование Стэнтона, вычисляя его местоположение и найдя способ, как прекратить существование противника. Тем временем расследуя несчастный случай после взрыва электроузла, Рэйчел с Кэт обнаруживают, что неполадка вызвала альфа-эффект, подобные которому скоро произойдут во многих местах этого и других городов. Пока Скайлер разрабатывает способ противостояния замыслу Пэриша, а команда пытается найти возможность отключить его приборы, Гари следует совету матери и находит Розена, который наконец-то получает шанс исполнить желаемое.